Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Tjap1-214ENSMUST00000225413 2189 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Pola2-202ENSMUST00000165143 2397 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Gata5os-201ENSMUST00000069943 1678 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Ephb4-201ENSMUST00000061244 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Sgsm2-201ENSMUST00000057631 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Mgat1-201ENSMUST00000081794 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Ranbp9-201ENSMUST00000144326 3371 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Fnbp1-205ENSMUST00000113552 1910 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Ppp2r2d-207ENSMUST00000155672 1938 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Ripk1-201ENSMUST00000021844 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Pqlc1-202ENSMUST00000091798 1989 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Ripor2-205ENSMUST00000110384 5608 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Nrxn1-206ENSMUST00000160800 5683 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Gm5901-201ENSMUST00000106805 1140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Zfp467-208ENSMUST00000114564 626 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Pdxdc1-203ENSMUST00000115803 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 2210408F21Rik-204ENSMUST00000136571 478 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Prr23a1-201ENSMUST00000170349 883 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Gm20472-201ENSMUST00000174403 1240 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Mpc2-201ENSMUST00000027853 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Crabp1-201ENSMUST00000034830 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 H2afz-201ENSMUST00000041045 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Odf1-201ENSMUST00000081966 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Ephb4-203ENSMUST00000111055 4296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Urgcp-206ENSMUST00000170116 5528 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Inppl1-201ENSMUST00000035836 4995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Naa35-201ENSMUST00000022038 3793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Sox1ot-201ENSMUST00000080795 5064 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 H2-Q4-201ENSMUST00000081435 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Atxn7l3-201ENSMUST00000073234 3688 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Rasgef1b-205ENSMUST00000161148 2430 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Thegl-202ENSMUST00000117880 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Ly6e-201ENSMUST00000051698 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Apaf1-202ENSMUST00000159110 6433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 2610301B20Rik-201ENSMUST00000080517 2116 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Sec14l1-203ENSMUST00000103026 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Htr5b-201ENSMUST00000055884 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Agpat1-201ENSMUST00000037489 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Fgfr2-215ENSMUST00000122054 3323 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Vangl2-201ENSMUST00000027837 5698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Prlh-201ENSMUST00000166281 276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Tlx1os-201ENSMUST00000173437 620 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Vkorc1-203ENSMUST00000206053 606 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 2310033P09Rik-201ENSMUST00000020719 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 AC153881.2-201ENSMUST00000214877 204 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Mtag2-201ENSMUST00000058665 714 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Izumo2-201ENSMUST00000085422 632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Gm9821-201ENSMUST00000178895 1953 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Pkp2-202ENSMUST00000161342 2931 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Ccdc51-201ENSMUST00000026735 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Soga3-201ENSMUST00000092629 4105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Cacnb1-204ENSMUST00000107561 1778 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Gnas-202ENSMUST00000087871 3903 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Krt90-201ENSMUST00000023714 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Ptprn-201ENSMUST00000027404 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Chn1-203ENSMUST00000112024 4050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Chn1-210ENSMUST00000180045 4050 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Aptx-203ENSMUST00000108103 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Lrch1-205ENSMUST00000228252 3125 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Mrpl9-201ENSMUST00000029786 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Hhatl-201ENSMUST00000035110 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Kctd15-203ENSMUST00000108070 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Rtp2-201ENSMUST00000061030 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Fdxr-201ENSMUST00000021078 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Rbmxl1-201ENSMUST00000049245 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Ptbp2-213ENSMUST00000200097 3777 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Ank1-209ENSMUST00000121802 8218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Sclt1-201ENSMUST00000026866 3005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Tulp1-202ENSMUST00000114794 1738 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Stard7-202ENSMUST00000110375 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Sf1-202ENSMUST00000113487 2649 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Gtf2a2-204ENSMUST00000119905 622 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Scamp4-202ENSMUST00000180350 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Gm3764-202ENSMUST00000180582 440 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Klf13-204ENSMUST00000185175 487 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Kcnn4-203ENSMUST00000205626 461 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Prmt1-203ENSMUST00000207370 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 AC121577.1-201ENSMUST00000227302 707 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Flywch2-201ENSMUST00000024704 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Xpa-201ENSMUST00000030013 955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Myoz1-201ENSMUST00000090469 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Ghrhr-202ENSMUST00000203241 1328 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Praf2-201ENSMUST00000033489 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Wdr45-201ENSMUST00000043045 1609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Trp73-203ENSMUST00000105643 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Fiz1-201ENSMUST00000077385 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Fbxl21-201ENSMUST00000045428 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Tcta-201ENSMUST00000044725 1668 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Gm16201-202ENSMUST00000139218 2330 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Adcy7-203ENSMUST00000169037 5198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Mydgf-201ENSMUST00000019723 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Hnrnpa1-202ENSMUST00000087351 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Rtn3-201ENSMUST00000025667 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Rbm47-203ENSMUST00000113724 2186 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Cdc27-202ENSMUST00000106961 1863 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Elf2-201ENSMUST00000062009 3353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Spg21-201ENSMUST00000034955 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Kcnn1-207ENSMUST00000212509 1608 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Hsbp1-202ENSMUST00000212468 638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Wdr13-202ENSMUST00000115623 1749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 47.7 ms