| RUNX3 | Q13761 | CNKSR2-202 | ENST00000379510 | 5315 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.34 | □□□□□ -1.71 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RABGAP1L-205 | ENST00000367687 | 1849 nt | TSL 2 BASIC | 4.34 | □□□□□ -1.71 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CDK15-204 | ENST00000450471 | 3659 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 4.34 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PDE10A-201 | ENST00000366882 | 8233 nt | APPRIS P3 TSL 5 BASIC | 4.34 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CDK14-201 | ENST00000265741 | 4953 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PDCD1LG2-201 | ENST00000397747 | 2365 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | IGF2BP3-218 | ENST00000619562 | 2126 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ELF1-204 | ENST00000625359 | 2032 nt | TSL 2 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | WDR7-201 | ENST00000254442 | 14083 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | STON1-201 | ENST00000404752 | 5511 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CYP1D1P-201 | ENST00000416662 | 1433 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FAM26D-202 | ENST00000368597 | 1311 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR11H4-201 | ENST00000315409 | 1082 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BCL2A1-202 | ENST00000335661 | 809 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL078604.1-201 | ENST00000404609 | 466 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RN7SKP159-201 | ENST00000410657 | 292 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL117381.1-201 | ENST00000412972 | 374 nt | TSL 3 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | MYCBP2-AS1-201 | ENST00000422231 | 519 nt | TSL 3 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC104170.2-201 | ENST00000424246 | 678 nt | TSL 3 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC020559.1-201 | ENST00000444229 | 583 nt | TSL 2 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC091959.2-201 | ENST00000477363 | 321 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | PLSCR5-203 | ENST00000492200 | 1058 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RN7SL604P-201 | ENST00000492589 | 296 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC108022.1-201 | ENST00000493466 | 478 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | MTND1P36-201 | ENST00000522384 | 936 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR8K2P-201 | ENST00000524645 | 927 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC006064.5-201 | ENST00000541782 | 248 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC087636.1-201 | ENST00000554787 | 573 nt | TSL 4 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BLOC1S6-207 | ENST00000565216 | 573 nt | TSL 3 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC027455.1-201 | ENST00000574104 | 594 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR3158-1-201 | ENST00000583596 | 81 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC011824.3-201 | ENST00000585093 | 563 nt | TSL 4 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01028-202 | ENST00000588782 | 458 nt | TSL 3 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC008752.1-201 | ENST00000590046 | 408 nt | TSL 3 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC010511.1-202 | ENST00000590229 | 573 nt | TSL 4 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BNIP3P22-201 | ENST00000593399 | 556 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC084036.1-201 | ENST00000609190 | 508 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR11H4-203 | ENST00000641525 | 1082 nt | APPRIS P1 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TRIQK-214 | ENST00000521988 | 3672 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RIF1-203 | ENST00000428287 | 7722 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ABI3BP-201 | ENST00000284322 | 4498 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PPP1R9A-205 | ENST00000424654 | 4058 nt | TSL 5 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL590399.5-201 | ENST00000428709 | 3325 nt | TSL 2 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BBX-206 | ENST00000415149 | 8930 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ADGRL2-204 | ENST00000370715 | 5585 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | GPAM-201 | ENST00000348367 | 6371 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ANK2-202 | ENST00000357077 | 14196 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC139713.2-215 | ENST00000641428 | 5037 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RIMS2-201 | ENST00000262231 | 3854 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DYNC2H1-201 | ENST00000334267 | 2984 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU1-44P-201 | ENST00000384453 | 163 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TRAV23DV6-201 | ENST00000390451 | 409 nt | APPRIS P1 BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MFAP5-202 | ENST00000396549 | 1195 nt | TSL 2 BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ATP5F1P3-201 | ENST00000397213 | 657 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HYKK-202 | ENST00000408962 | 847 nt | TSL 5 BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR1911-201 | ENST00000410783 | 80 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU2-72P-201 | ENST00000411175 | 163 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC003975.1-201 | ENST00000411856 | 837 nt | TSL 3 BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SEPT7P8-201 | ENST00000413308 | 775 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ARAFP2-201 | ENST00000440565 | 559 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL589765.3-201 | ENST00000446084 | 462 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC011897.1-201 | ENST00000450715 | 346 nt | TSL 3 BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC010894.4-201 | ENST00000454203 | 457 nt | TSL 3 BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC073636.1-202 | ENST00000457756 | 558 nt | TSL 4 BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS29P19-201 | ENST00000479709 | 171 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AF213884.1-201 | ENST00000488102 | 463 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HPRT1P2-201 | ENST00000505250 | 544 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC005823.2-201 | ENST00000505978 | 650 nt | TSL 3 BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC021192.1-201 | ENST00000510169 | 791 nt | TSL 3 BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01088-208 | ENST00000511895 | 795 nt | TSL 2 BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FTH1P21-201 | ENST00000512179 | 511 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-491P-201 | ENST00000516099 | 110 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU1-45P-201 | ENST00000517191 | 141 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NRG1-IT1-201 | ENST00000520444 | 758 nt | TSL 3 BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | IFITM8P-201 | ENST00000522529 | 394 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC015468.4-201 | ENST00000523496 | 568 nt | TSL 4 BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP000462.1-201 | ENST00000535704 | 818 nt | TSL 3 BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC008126.1-201 | ENST00000549019 | 480 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC02277-201 | ENST00000553386 | 453 nt | TSL 2 BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | GLRXP2-201 | ENST00000555594 | 321 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AMZ2-204 | ENST00000577273 | 895 nt | TSL 5 BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL7P50-201 | ENST00000600588 | 727 nt | BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DNAJC9-AS1-204 | ENST00000440197 | 2865 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.32 | □□□□□ -1.72 | | |