Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Tgfb1i1-205ENSMUST00000165667 1812 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col18a1P39061 Dut-201ENSMUST00000051605 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col18a1P39061 Acyp1-203ENSMUST00000117138 735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col18a1P39061 2410080I02Rik-201ENSMUST00000142712 414 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col18a1P39061 Gm36967-201ENSMUST00000193814 266 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
Col18a1P39061 Pecr-201ENSMUST00000027381 1186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col18a1P39061 Gtpbp10-201ENSMUST00000088842 941 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col18a1P39061 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
Col18a1P39061 Ift74-201ENSMUST00000030311 2139 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
Col18a1P39061 Hikeshi-206ENSMUST00000153470 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Meig1-203ENSMUST00000115082 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gm21984-201ENSMUST00000123117 822 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Zfp524-202ENSMUST00000207901 1263 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Actg1-202ENSMUST00000071555 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Znhit6-201ENSMUST00000098534 2339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Rassf7-208ENSMUST00000209500 1560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Prnp-201ENSMUST00000091288 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 D030062O11Rik-201ENSMUST00000192660 2806 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Trip10-205ENSMUST00000224885 2136 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Eral1-201ENSMUST00000021183 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Abi2-206ENSMUST00000188594 1658 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Laptm4b-201ENSMUST00000022867 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gm15635-203ENSMUST00000148972 554 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gm17271-201ENSMUST00000165535 355 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Pomgnt2-201ENSMUST00000084743 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Sytl1-202ENSMUST00000105908 1730 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Plpp7-201ENSMUST00000057423 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Sh3bp1-202ENSMUST00000061239 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Slc25a20-201ENSMUST00000035222 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Slc6a8-206ENSMUST00000164449 2151 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Vps53-202ENSMUST00000094015 2645 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Nrip2-202ENSMUST00000120405 1468 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Slc38a10-203ENSMUST00000076697 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Krt12-201ENSMUST00000017741 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gm32369-201ENSMUST00000222630 1467 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gm15427-201ENSMUST00000117288 531 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Rpl18-ps1-201ENSMUST00000121555 525 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gpx4-207ENSMUST00000183037 735 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 1190007I07Rik-204ENSMUST00000183416 637 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Rps2-ps5-201ENSMUST00000184266 849 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Cmtm8-201ENSMUST00000047013 1064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Dact2-201ENSMUST00000053218 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Trim7-201ENSMUST00000046903 2161 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Lrrfip2-207ENSMUST00000197256 1819 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Pgap2-203ENSMUST00000120119 1979 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gm13306-202ENSMUST00000108018 542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Commd5-202ENSMUST00000109793 920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gm12999-201ENSMUST00000124471 485 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Slc25a5-201ENSMUST00000016463 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Sap25-206ENSMUST00000177466 1005 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Smim4-202ENSMUST00000064032 791 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Elac2-201ENSMUST00000071891 2771 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gm26663-201ENSMUST00000181105 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Tnfsf14-201ENSMUST00000005976 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 F12-201ENSMUST00000021948 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Atp6v1c1-201ENSMUST00000022904 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Aimp2-202ENSMUST00000100483 1073 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gm25948-201ENSMUST00000175334 112 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 AC140375.2-201ENSMUST00000225283 584 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Aimp2-201ENSMUST00000031613 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Pmf1-201ENSMUST00000056370 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Pfn2-201ENSMUST00000066882 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gstt2-201ENSMUST00000038257 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Shkbp1-201ENSMUST00000003857 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 4930512B01Rik-201ENSMUST00000021378 1856 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Adck1-204ENSMUST00000222695 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Insig2-201ENSMUST00000003818 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Hoxc4-202ENSMUST00000165375 2121 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gm44596-201ENSMUST00000204223 647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Lce1c-201ENSMUST00000047055 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 D730003I15Rik-202ENSMUST00000194375 1667 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Fars2-205ENSMUST00000224241 1665 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 1700010B13Rik-202ENSMUST00000189435 1549 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Chtf8-206ENSMUST00000177068 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gtf2e2-201ENSMUST00000167264 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Slc39a14-201ENSMUST00000022688 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Papola-212ENSMUST00000168186 2436 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Snx2-201ENSMUST00000037850 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gm43125-201ENSMUST00000201724 730 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gm9898-201ENSMUST00000065469 1161 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Il17re-205ENSMUST00000203661 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Cdk8-201ENSMUST00000031640 2973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Coq6-201ENSMUST00000021661 1602 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Hsf4-201ENSMUST00000036127 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Klc1-202ENSMUST00000118471 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Brwd3-202ENSMUST00000101283 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Mafg-203ENSMUST00000106181 840 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Ppcs-202ENSMUST00000106316 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gm11788-201ENSMUST00000142520 562 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Gm20337-201ENSMUST00000219062 1118 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Dcps-201ENSMUST00000034539 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Wfdc6b-201ENSMUST00000094346 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Adgrv1-207ENSMUST00000128585 2580 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col18a1P39061 Dmtn-210ENSMUST00000228824 2377 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
Col18a1P39061 Car7-201ENSMUST00000056051 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Col18a1P39061 A730089K16Rik-201ENSMUST00000194526 2427 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
Col18a1P39061 Gm12892-201ENSMUST00000117367 1146 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
Col18a1P39061 Gm11745-201ENSMUST00000121669 448 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
Col18a1P39061 Gm13375-201ENSMUST00000126967 854 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col18a1P39061 Timm9-202ENSMUST00000166120 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.2 ms