Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Apbb1-214ENSMUST00000189378 2878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Lhx6-208ENSMUST00000148852 1481 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Retreg1-201ENSMUST00000022881 3248 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Pmpcb-201ENSMUST00000030882 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Ppan-201ENSMUST00000004203 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gpr137-201ENSMUST00000025909 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Ino80e-201ENSMUST00000050833 1944 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Klf14-201ENSMUST00000101589 3056 ntAPPRIS P1 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gne-202ENSMUST00000102936 2920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 1110004F10Rik-203ENSMUST00000106608 927 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Chchd2-ps-201ENSMUST00000117487 462 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm11336-201ENSMUST00000118168 334 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm12350-201ENSMUST00000121208 462 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Nipsnap3b-201ENSMUST00000015391 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Klhl33-201ENSMUST00000164415 1602 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm37374-201ENSMUST00000194954 1829 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Vsig2-201ENSMUST00000002008 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Tac4-201ENSMUST00000021242 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Misp-205ENSMUST00000219305 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Tm7sf2-201ENSMUST00000025713 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Atad3a-201ENSMUST00000030903 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Hist1h2ai-201ENSMUST00000070124 393 ntAPPRIS P1 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Krt19-201ENSMUST00000007317 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Tmem128-201ENSMUST00000087511 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Hist1h2an-201ENSMUST00000091751 393 ntAPPRIS P1 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Nin-203ENSMUST00000095666 7183 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Rragd-201ENSMUST00000029946 5055 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Zfp623-201ENSMUST00000037260 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Bend6-202ENSMUST00000115161 2231 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm19554-201ENSMUST00000220934 2076 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Ift74-202ENSMUST00000107104 1713 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Vps72-201ENSMUST00000009102 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Flot1-209ENSMUST00000174080 1383 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Osgin2-201ENSMUST00000037198 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Ankib1-201ENSMUST00000043551 6426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Ndufb6-202ENSMUST00000108108 480 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm13524-201ENSMUST00000125869 662 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm12359-202ENSMUST00000141696 713 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Ccl27a-217ENSMUST00000155240 343 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Ctsg-201ENSMUST00000015583 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Tex30-213ENSMUST00000156392 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Timm23-206ENSMUST00000170331 777 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Tdrkh-208ENSMUST00000200486 1231 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Rbpms-202ENSMUST00000033995 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Dusp8-201ENSMUST00000039926 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Arid1a-205ENSMUST00000145664 8187 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Yipf3-201ENSMUST00000095263 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Csnk2a2-203ENSMUST00000212214 6779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Uso1-204ENSMUST00000202155 3707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Col15a1-202ENSMUST00000102917 5172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Atp5c1-202ENSMUST00000114896 1735 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Prps1l3-201ENSMUST00000139049 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Hoxb4-201ENSMUST00000049241 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 8030462N17Rik-201ENSMUST00000074653 3418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Sim1-202ENSMUST00000219436 1687 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Asnsd1-201ENSMUST00000027264 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Atp8b2-201ENSMUST00000069805 5559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Ptpdc1-204ENSMUST00000222028 3164 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Nrxn1-217ENSMUST00000174337 3021 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Hikeshi-206ENSMUST00000153470 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Ppp2r5d-201ENSMUST00000002839 2926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Mipol1-201ENSMUST00000123498 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm6190-201ENSMUST00000220683 1374 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Dtd1-201ENSMUST00000028917 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Vgf-201ENSMUST00000041543 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Olfr1564-201ENSMUST00000112162 1091 ntAPPRIS P2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm11779-201ENSMUST00000118541 368 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm27702-201ENSMUST00000184512 56 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm7063-201ENSMUST00000186840 981 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm5364-201ENSMUST00000216789 889 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Tamm41-201ENSMUST00000032461 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Ube2f-201ENSMUST00000059743 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Mtus2-201ENSMUST00000071878 1211 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Skp1a-203ENSMUST00000109072 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Sprtn-201ENSMUST00000034467 4464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Ecel1-201ENSMUST00000027463 2695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Whrn-206ENSMUST00000102867 4013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Vkorc1l1-203ENSMUST00000201855 4809 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Crebbp-201ENSMUST00000023165 10820 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Ap1s1-201ENSMUST00000111080 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Zdhhc6-201ENSMUST00000076891 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Fam221a-202ENSMUST00000121903 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Krt73-201ENSMUST00000063292 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Sncaip-205ENSMUST00000178011 3433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Ppp1r27-201ENSMUST00000026121 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Apba1-201ENSMUST00000025830 6632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Camk2d-228ENSMUST00000200171 5396 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Vsig10l-204ENSMUST00000203769 2473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Myh7b-201ENSMUST00000092995 6163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Abcg5-202ENSMUST00000163375 1613 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Ubxn11-202ENSMUST00000074690 1573 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Arhgef7-205ENSMUST00000110909 4926 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Coil-201ENSMUST00000036649 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Mff-202ENSMUST00000078332 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Uhmk1-202ENSMUST00000123399 7775 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Krt15-201ENSMUST00000107411 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Eif6-202ENSMUST00000109638 1382 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Shq1-204ENSMUST00000170667 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Ctdsp2-202ENSMUST00000105256 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Col6a1Q04857 Ascl2-202ENSMUST00000121862 814 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.9 ms