Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Rab28-205ENSMUST00000202913 863 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Tbc1d7-201ENSMUST00000021797 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Bmyc-201ENSMUST00000061483 983 ntAPPRIS P1 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Axin1-202ENSMUST00000118904 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Ptprf-201ENSMUST00000049074 7656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Igf2-205ENSMUST00000121128 4722 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Prkag2-203ENSMUST00000114975 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Rflna-201ENSMUST00000036109 1681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Pgap3-202ENSMUST00000090827 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Nisch-221ENSMUST00000171735 1763 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Men1-203ENSMUST00000079327 2639 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Dzip3-202ENSMUST00000121869 5820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Tbx3os2-201ENSMUST00000135385 1345 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Ndufs2-202ENSMUST00000111318 1545 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Psmd8-201ENSMUST00000059642 1540 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 2810408A11Rik-203ENSMUST00000102580 1640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Cadps2-212ENSMUST00000163871 4969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 AK157302-201ENSMUST00000104942 1924 ntAPPRIS P1 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 1700034J05Rik-202ENSMUST00000111622 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Ranbp9-201ENSMUST00000144326 3371 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Alkbh1-212ENSMUST00000185301 408 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Acot7-203ENSMUST00000105652 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Isg20l2-201ENSMUST00000055984 2893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Lactbl1-201ENSMUST00000178843 2954 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Dlgap4-205ENSMUST00000109567 4840 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Cacna1b-202ENSMUST00000070864 9655 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Aifm1-201ENSMUST00000037349 2237 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Kcnn1-207ENSMUST00000212509 1608 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Doc2g-201ENSMUST00000025806 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Spock1-201ENSMUST00000172326 1320 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Fam135a-201ENSMUST00000027337 5536 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Srpr-201ENSMUST00000034541 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Lonp2-201ENSMUST00000034141 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Esrp1-202ENSMUST00000108310 2781 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 A230072E10Rik-203ENSMUST00000175942 2940 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Pitx2-201ENSMUST00000029657 1680 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Tcta-201ENSMUST00000044725 1668 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Tmem170-201ENSMUST00000034431 3878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Mink1-202ENSMUST00000072873 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Edn2-201ENSMUST00000030384 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Zpbp2-205ENSMUST00000107513 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Dnajb3-201ENSMUST00000119972 1051 ntAPPRIS P1 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Aldh1a3-204ENSMUST00000174215 1066 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Fgfr1op2-202ENSMUST00000058245 918 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Psmd4-201ENSMUST00000071664 1276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Camsap2-201ENSMUST00000048309 7823 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Pias4-201ENSMUST00000005064 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Ilk-212ENSMUST00000163389 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Tnfrsf25-202ENSMUST00000035275 1603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 K230015D01Rik-201ENSMUST00000211969 1516 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Zfp740-202ENSMUST00000119168 3932 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Aqp2-201ENSMUST00000023752 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Tfap2a-206ENSMUST00000224665 1958 ntAPPRIS ALT1 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Praf2-201ENSMUST00000033489 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Tra2a-204ENSMUST00000204189 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 2900052L18Rik-201ENSMUST00000139014 1588 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Atp6v1b1-206ENSMUST00000206911 1591 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Cbl-204ENSMUST00000205968 2809 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Tspan4-201ENSMUST00000026585 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Casp3-204ENSMUST00000211115 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Lrrc73-201ENSMUST00000095262 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Tmem117-201ENSMUST00000080141 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Nrn1-202ENSMUST00000122286 691 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Gm10138-203ENSMUST00000206952 366 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 AC122465.1-201ENSMUST00000220813 1209 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Klhl33-201ENSMUST00000164415 1602 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Stk33-201ENSMUST00000090414 2221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Gpr6-201ENSMUST00000061796 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Mta1-203ENSMUST00000109723 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Mta1-204ENSMUST00000109726 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Mta1-205ENSMUST00000109727 2789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Erich2-201ENSMUST00000100041 1749 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Mtif3-201ENSMUST00000016654 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Sfrp1-201ENSMUST00000033952 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Xrcc1-205ENSMUST00000205573 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Rhobtb1-202ENSMUST00000067908 4422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Wipf1-202ENSMUST00000102679 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Tnnt2-202ENSMUST00000112085 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Tnnt2-203ENSMUST00000112086 1094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Tnnt2-204ENSMUST00000112087 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Tnnt2-206ENSMUST00000178854 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Fau-203ENSMUST00000179142 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Tnnt2-211ENSMUST00000189355 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Tnnt2-212ENSMUST00000189732 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Gm19610-201ENSMUST00000202894 408 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Enah-202ENSMUST00000111024 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Pskh1-201ENSMUST00000049699 3255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Hyls1-201ENSMUST00000115110 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Arid3b-202ENSMUST00000098686 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Adra2c-201ENSMUST00000049545 3445 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Stam-202ENSMUST00000102960 5000 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Wnt2b-201ENSMUST00000029429 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Fbxo42-201ENSMUST00000030757 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Slc35a1-201ENSMUST00000029970 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Papd4-201ENSMUST00000048702 2990 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Zmynd19-201ENSMUST00000028350 3903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Rcc1-203ENSMUST00000105951 2326 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Ddx50-201ENSMUST00000020270 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Usp4P35123 L3hypdh-201ENSMUST00000019862 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Usp4P35123 Elf2-201ENSMUST00000062009 3353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.3 ms