Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Gm38345-201ENSMUST00000192635 1748 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Tpra1-223ENSMUST00000204765 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Rev1-201ENSMUST00000027251 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 2210408F21Rik-208ENSMUST00000144612 450 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Gm11973-203ENSMUST00000155498 867 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Igflr1-202ENSMUST00000172251 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Mrpl13-205ENSMUST00000172387 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Mir6349-201ENSMUST00000184059 97 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Ankrd39-202ENSMUST00000194894 664 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 4732471J01Rik-202ENSMUST00000205787 991 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Calml4-206ENSMUST00000215870 803 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Dcxr-201ENSMUST00000026144 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Mrps28-201ENSMUST00000042148 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Pdk3-201ENSMUST00000045748 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Sesn1-202ENSMUST00000099931 3809 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 March8-201ENSMUST00000079012 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Ncmap-205ENSMUST00000105860 2000 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Cacng6-202ENSMUST00000183200 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Mmp28-204ENSMUST00000119346 1517 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Pdgfa-201ENSMUST00000046901 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Parg-204ENSMUST00000164137 3013 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Cenpa-205ENSMUST00000144742 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Bmp8b-201ENSMUST00000002457 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Lats1-202ENSMUST00000165952 7209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Samd4-204ENSMUST00000125688 1773 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Lsp1-204ENSMUST00000105967 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Nanp-201ENSMUST00000066640 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Notch3-201ENSMUST00000087723 8044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Atxn7l2-202ENSMUST00000117409 2321 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Prickle4-201ENSMUST00000113299 990 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Prickle4-202ENSMUST00000113300 1110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Lire1P11260 4930554G22Rik-201ENSMUST00000196102 686 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Gm16042-201ENSMUST00000204813 1247 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Lire1P11260 Trim63-202ENSMUST00000105875 1886 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Fam214a-202ENSMUST00000170846 4355 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Tbc1d9-201ENSMUST00000034145 4631 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Sh2b1-202ENSMUST00000205340 3366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Dhh-201ENSMUST00000023737 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Chd4-202ENSMUST00000112390 6537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Lire1P11260 E230001N04Rik-202ENSMUST00000181029 2091 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Rtn4-201ENSMUST00000060992 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Casp6-201ENSMUST00000029626 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Dlgap4-212ENSMUST00000169464 4851 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Ablim2-205ENSMUST00000114205 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Desi2-201ENSMUST00000027783 8802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Ctsf-201ENSMUST00000119694 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Orai3-201ENSMUST00000061587 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Crtap-201ENSMUST00000084881 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Ggn-204ENSMUST00000208330 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Rab5c-202ENSMUST00000107364 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Gm15408-201ENSMUST00000124198 1379 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 AC163637.2-201ENSMUST00000213826 1945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 D17Wsu92e-203ENSMUST00000114863 3828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Rgs7-203ENSMUST00000192227 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Zfp697-202ENSMUST00000178372 4703 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Fam229a-201ENSMUST00000106043 558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Naa10-205ENSMUST00000114390 797 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Rps14-202ENSMUST00000118551 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Zfp428-203ENSMUST00000177205 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Gm16475-201ENSMUST00000207306 512 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Mtag2-201ENSMUST00000058665 714 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Coq5-201ENSMUST00000040421 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Snx16-201ENSMUST00000029047 2288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Plbd2-201ENSMUST00000031597 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Dnajc6-205ENSMUST00000106933 5191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Schip1-203ENSMUST00000170788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 2810410L24Rik-202ENSMUST00000155681 2615 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Cacnb4-201ENSMUST00000078324 8225 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Nid1-201ENSMUST00000005532 6091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Pcdha9-201ENSMUST00000115659 5341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Cyb5a-204ENSMUST00000160180 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Bend5-201ENSMUST00000030274 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Tgds-204ENSMUST00000228543 1594 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Ecel1-203ENSMUST00000160810 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Fem1b-201ENSMUST00000034775 6785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Gramd4-204ENSMUST00000138134 4292 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Gm13559-201ENSMUST00000120476 863 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 A730015C16Rik-201ENSMUST00000164855 1221 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Tlx1os-201ENSMUST00000173437 620 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Cib1-207ENSMUST00000206084 772 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Gm32151-201ENSMUST00000223521 915 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Zfpl1-201ENSMUST00000025707 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Tfap4-201ENSMUST00000005862 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Cib1-202ENSMUST00000071457 702 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Ewsr1-204ENSMUST00000093365 1290 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Fam98b-201ENSMUST00000028825 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Fam107a-202ENSMUST00000120411 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Kctd20-208ENSMUST00000168507 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Mtch2-205ENSMUST00000136872 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Trmt2a-203ENSMUST00000115640 2367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 H2-DMa-201ENSMUST00000042121 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Opa3-202ENSMUST00000161711 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Sema6b-201ENSMUST00000001256 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Lire1P11260 1700066B19Rik-201ENSMUST00000097617 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Atxn7l3-201ENSMUST00000073234 3688 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Klf9-201ENSMUST00000036884 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Dnajb5-201ENSMUST00000037872 3291 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Zbtb2-201ENSMUST00000100077 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Lire1P11260 Rassf1-201ENSMUST00000010211 1727 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.9 ms