Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Lce3c-201ENSMUST00000055375 567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 A130051J06Rik-201ENSMUST00000180649 2618 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Hexb-201ENSMUST00000022169 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Gps1-207ENSMUST00000172809 2000 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Dlg3-201ENSMUST00000000901 4885 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Sec61g-206ENSMUST00000166950 754 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Sec61g-207ENSMUST00000178855 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Krtcap3-208ENSMUST00000201937 889 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 AC161829.1-201ENSMUST00000220298 281 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Fcnb-201ENSMUST00000028179 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Rps4l-201ENSMUST00000071745 943 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Qprt-201ENSMUST00000032912 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Pid1-201ENSMUST00000168574 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Slc30a4-202ENSMUST00000099457 3170 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26858-201ENSMUST00000180608 2040 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Trmt112-202ENSMUST00000116551 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8349-201ENSMUST00000182720 1003 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29629-201ENSMUST00000187926 386 ntTSL 3 BASIC27.23■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Ubac2-201ENSMUST00000039803 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5617-201ENSMUST00000048824 531 ntAPPRIS P1 BASIC27.23■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Perp-201ENSMUST00000019998 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Mlxip-202ENSMUST00000111596 2653 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Derl3-202ENSMUST00000217811 1316 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp2w1-201ENSMUST00000031521 1512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Man1a-201ENSMUST00000003843 5137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Mmd-201ENSMUST00000004050 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Amacr-201ENSMUST00000070877 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 B3gat2-203ENSMUST00000144602 1488 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Tssc4-206ENSMUST00000177841 1364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Smarca5-ps-202ENSMUST00000171805 1284 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Bag2-203ENSMUST00000187602 378 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 1700001G17Rik-201ENSMUST00000191779 889 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42456-201ENSMUST00000196840 387 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Rfc4-201ENSMUST00000023598 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Ptprcap-201ENSMUST00000061086 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 A330070K13Rik-201ENSMUST00000063656 633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Drd2-201ENSMUST00000075764 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Hs6st1-201ENSMUST00000088174 3719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Ewsr1-203ENSMUST00000079949 2588 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Sar1a-201ENSMUST00000020285 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Anapc5-218ENSMUST00000200645 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Npcd-202ENSMUST00000089299 1453 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Mdm1-204ENSMUST00000169817 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Mif4gd-201ENSMUST00000021087 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Prdm8-201ENSMUST00000112959 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Park7-203ENSMUST00000105674 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 AC148328.1-201ENSMUST00000216448 920 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Gm33054-201ENSMUST00000216588 313 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Krt12-201ENSMUST00000017741 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Sdf4-203ENSMUST00000105578 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Smpdl3b-201ENSMUST00000030709 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Otx2-204ENSMUST00000122009 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Cxcl12-202ENSMUST00000112866 1878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Mpc1-205ENSMUST00000142594 961 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Nagk-201ENSMUST00000037376 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc5-201ENSMUST00000035840 4706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp26b1-203ENSMUST00000204109 1340 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Tbx21-201ENSMUST00000001484 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 1810026B05Rik-203ENSMUST00000184587 5738 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Ubtf-206ENSMUST00000107123 2759 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Ptn-201ENSMUST00000101534 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnn1-207ENSMUST00000212509 1608 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Capzb-202ENSMUST00000042675 1604 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 AK157302-201ENSMUST00000104942 1924 ntAPPRIS P1 BASIC27.2■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Ubtf-204ENSMUST00000107117 3258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Cd164l2-201ENSMUST00000105910 986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Trappc6a-202ENSMUST00000108455 651 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Cyhr1-204ENSMUST00000177359 1110 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Pard6a-204ENSMUST00000212352 1234 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Icam4-202ENSMUST00000215077 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2694-204ENSMUST00000181898 1303 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26548-201ENSMUST00000181165 2029 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufaf3-201ENSMUST00000074208 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 E330011M16Rik-201ENSMUST00000193614 1794 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Ubp1-201ENSMUST00000009885 3742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 1600014C10Rik-209ENSMUST00000179992 568 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 4930519L02Rik-201ENSMUST00000197683 619 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Fosb-206ENSMUST00000208446 1090 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr572-203ENSMUST00000215782 1233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 AC171004.1-201ENSMUST00000221723 664 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2270-201ENSMUST00000222858 797 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Stradb-201ENSMUST00000027185 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Stard3nl-209ENSMUST00000221380 1268 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Mtus2-201ENSMUST00000071878 1211 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Pdxdc1-202ENSMUST00000115802 2466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Bud23-201ENSMUST00000071677 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Lins1-203ENSMUST00000121777 2729 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Pick1-206ENSMUST00000166155 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Mvk-201ENSMUST00000043760 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Flot1-209ENSMUST00000174080 1383 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Paqr4-201ENSMUST00000024702 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Ero1lb-203ENSMUST00000221560 1964 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Igf2bp2-201ENSMUST00000100052 3899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 A430078I02Rik-202ENSMUST00000154066 2233 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Miga1-205ENSMUST00000199397 2842 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Thap3-202ENSMUST00000105665 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Gm1818-201ENSMUST00000169406 1184 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 5430416N02Rik-202ENSMUST00000181873 626 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7063-201ENSMUST00000186840 981 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Tm4sf5-201ENSMUST00000019063 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11 ms