Protein–RNA interactions for Protein: Q3UDK1

Trafd1, TRAF-type zinc finger domain-containing protein 1, mousemouse

Predictions only

Length 580 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trafd1Q3UDK1 Pld2-201ENSMUST00000018429 3659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 Map4k5-201ENSMUST00000049239 4452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 Inpp5e-202ENSMUST00000114090 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 Nisch-208ENSMUST00000165981 2415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 Txndc11-201ENSMUST00000038424 3095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 Pex5-202ENSMUST00000080557 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 Rbbp7-202ENSMUST00000112326 1430 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 Prmt2-202ENSMUST00000099571 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 Coro1a-202ENSMUST00000106364 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 Pgap3-205ENSMUST00000128897 1264 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 Gm16105-201ENSMUST00000156926 697 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 2510002D24Rik-201ENSMUST00000055413 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 Slk-201ENSMUST00000026043 7278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 Foxq1-201ENSMUST00000042118 4843 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 Prss53-202ENSMUST00000205300 1662 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 Usb1-201ENSMUST00000034245 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 Pqlc1-202ENSMUST00000091798 1989 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trafd1Q3UDK1 Ctu1-201ENSMUST00000038332 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Brpf1-203ENSMUST00000113121 4603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Alcam-201ENSMUST00000023312 6036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Ndufs2-202ENSMUST00000111318 1545 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Yipf4-201ENSMUST00000024873 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Cdc25a-201ENSMUST00000094324 3632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Whrn-201ENSMUST00000063650 4016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Avl9-201ENSMUST00000031805 6670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Dnm2-204ENSMUST00000165766 3063 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Edn2-201ENSMUST00000030384 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Cyp4f13-204ENSMUST00000139353 1389 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Gm45736-201ENSMUST00000210592 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Lrig3-201ENSMUST00000074807 4016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Tlcd1-203ENSMUST00000108338 714 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Josd2-206ENSMUST00000121922 684 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Lrrc7-201ENSMUST00000106044 5918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Napa-201ENSMUST00000006181 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Snip1-201ENSMUST00000052183 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Stam-202ENSMUST00000102960 5000 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Foxp4-203ENSMUST00000113263 3156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Spout1-201ENSMUST00000100220 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Dnajb2-208ENSMUST00000188346 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Necab3-202ENSMUST00000109716 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Ivns1abp-203ENSMUST00000111887 2783 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Sox4-201ENSMUST00000067230 4795 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Elf2-202ENSMUST00000091144 2366 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Ddhd1-201ENSMUST00000051310 5012 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 B4galt3-205ENSMUST00000126699 1758 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Spef1-201ENSMUST00000028801 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Disp3-201ENSMUST00000047720 5282 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Gdpd5-201ENSMUST00000037528 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Hoxc4-202ENSMUST00000165375 2121 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Wipf1-202ENSMUST00000102679 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Kdm2a-202ENSMUST00000075856 7242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Gm15378-201ENSMUST00000121894 207 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Ost4-201ENSMUST00000132034 576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Insig2-203ENSMUST00000159085 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Gm9731-201ENSMUST00000209480 747 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 AC135963.1-201ENSMUST00000211640 717 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Casp3-204ENSMUST00000211115 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Phf7-201ENSMUST00000022459 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Uhmk1-201ENSMUST00000027979 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Cldn7-201ENSMUST00000018713 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Rflna-201ENSMUST00000036109 1681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Ptges2-201ENSMUST00000028162 4978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Akt2-214ENSMUST00000167435 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Mdfi-202ENSMUST00000066368 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Nudt16-201ENSMUST00000035179 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Wdr1-201ENSMUST00000005234 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Cenps-202ENSMUST00000105695 544 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Gm16998-201ENSMUST00000181899 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Gm27000-201ENSMUST00000182943 842 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Cmc1-202ENSMUST00000215799 531 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Dctn3-201ENSMUST00000030158 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Pacs2-202ENSMUST00000220541 3101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Rbm12b2-202ENSMUST00000095143 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Slc5a10-203ENSMUST00000148584 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Itgb4-205ENSMUST00000106461 6208 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Nbea-201ENSMUST00000029374 10986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Atp5b-201ENSMUST00000026459 1916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Comp-201ENSMUST00000003659 2416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Ak3-201ENSMUST00000025696 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Spata6-201ENSMUST00000038868 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 A830018L16Rik-208ENSMUST00000171690 6158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Cdc27-202ENSMUST00000106961 1863 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Lonrf2-202ENSMUST00000147695 6932 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Klhl31-201ENSMUST00000057781 6494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Prelid3a-201ENSMUST00000025411 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Casp3-201ENSMUST00000093517 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Cygb-201ENSMUST00000021166 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Atp5g1-203ENSMUST00000107686 691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Tpm1-208ENSMUST00000113689 904 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Gm14321-201ENSMUST00000127441 632 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Gm9484-201ENSMUST00000195892 1159 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Ppic-201ENSMUST00000025419 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Plpp1-202ENSMUST00000070951 1272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Usf3-201ENSMUST00000088356 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Aig1-201ENSMUST00000019942 1439 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Btbd11-203ENSMUST00000105307 5788 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Mta3-203ENSMUST00000112350 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Mrpl49-201ENSMUST00000007482 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Prr14-201ENSMUST00000033095 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Trafd1Q3UDK1 Tmed3-201ENSMUST00000058488 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.4 ms