Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxb4-201ENSMUST00000049241 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9889-202ENSMUST00000206983 1577 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Macrod2-207ENSMUST00000110067 4730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Chchd2-ps-201ENSMUST00000117487 462 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Btbd10-203ENSMUST00000119278 2394 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15510-201ENSMUST00000123644 1172 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Pank2-204ENSMUST00000150843 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Mroh5-201ENSMUST00000071419 2766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl27-204ENSMUST00000111219 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Timm44-201ENSMUST00000003029 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Ccdc88bQ4QRL3 Ext2-212ENSMUST00000184931 2629 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 4930458A03Rik-201ENSMUST00000198197 961 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Cenpp-201ENSMUST00000021818 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Atp9a-211ENSMUST00000178504 3668 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Tgfb1i1-205ENSMUST00000165667 1812 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 S1pr5-201ENSMUST00000122088 2500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a2-201ENSMUST00000058635 1369 ntAPPRIS P1 BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Pofut1-203ENSMUST00000099192 1385 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11452-201ENSMUST00000122376 690 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13830-201ENSMUST00000124378 417 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Tnnt2-205ENSMUST00000178204 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Tnnt2-207ENSMUST00000179863 1097 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Tnnt2-209ENSMUST00000188028 1200 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 AC108846.1-201ENSMUST00000214531 513 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt14-203ENSMUST00000221497 355 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Vamp8-201ENSMUST00000059983 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Nrl-201ENSMUST00000062232 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Kcng3-201ENSMUST00000051482 3356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Cfap206-201ENSMUST00000029971 2246 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Aspscr1-205ENSMUST00000106160 1550 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 A430057M04Rik-202ENSMUST00000170150 2176 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Tsfm-207ENSMUST00000152054 655 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp747-202ENSMUST00000205832 618 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 AC160338.1-201ENSMUST00000214232 705 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Dupd1-201ENSMUST00000073870 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Pla2g12b-201ENSMUST00000009790 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Elac2-202ENSMUST00000101049 2884 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Casp3-204ENSMUST00000211115 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Mtrf1l-201ENSMUST00000019908 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h1c-201ENSMUST00000040914 1560 ntAPPRIS P1 BASIC27.3■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Irak1-205ENSMUST00000114353 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp648-201ENSMUST00000086195 1892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Sytl3-201ENSMUST00000097430 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r3f-201ENSMUST00000115742 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Kptn-201ENSMUST00000006178 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Ehmt2-201ENSMUST00000013931 4026 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Rbbp7-203ENSMUST00000112327 1862 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Gbe1-206ENSMUST00000170464 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Psen2-205ENSMUST00000111108 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Zkscan3-202ENSMUST00000116433 1421 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Sigirr-203ENSMUST00000209294 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 D10Jhu81e-201ENSMUST00000001242 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Fam57b-207ENSMUST00000207020 1777 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Prss22-201ENSMUST00000041649 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrfip1-212ENSMUST00000189617 2155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Spata33-204ENSMUST00000212346 715 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Ndor1-202ENSMUST00000114349 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd9-205ENSMUST00000152243 2528 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkl3-207ENSMUST00000109080 2749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Anks1b-219ENSMUST00000182600 1697 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Glra1-202ENSMUST00000102716 2390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxw5-201ENSMUST00000015239 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Ahsa1-201ENSMUST00000021425 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Dyrk2-201ENSMUST00000004281 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r1b-201ENSMUST00000078694 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Selenoh-201ENSMUST00000102646 783 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Msh3-205ENSMUST00000187424 666 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Selenoh-206ENSMUST00000189988 390 ntTSL 3 BASIC27.27■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Cd300c-201ENSMUST00000061637 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Cd300c-202ENSMUST00000092466 700 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Meis2-202ENSMUST00000074285 2844 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp746-203ENSMUST00000203609 3648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Coro1a-201ENSMUST00000032949 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Layn-201ENSMUST00000098782 1786 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.96
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf170-208ENSMUST00000153528 1026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 H2-T-ps-201ENSMUST00000172538 1067 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 AC132104.2-201ENSMUST00000215011 266 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Ddx41-201ENSMUST00000021956 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Tulp1-201ENSMUST00000041819 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Eomes-202ENSMUST00000111763 2869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14261-201ENSMUST00000145105 1429 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Tnnt1-203ENSMUST00000108587 1059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Prss45-202ENSMUST00000146794 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6296-201ENSMUST00000222599 943 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr601-201ENSMUST00000080474 990 ntAPPRIS P1 BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Mcfd2-201ENSMUST00000024963 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3248-201ENSMUST00000163885 2055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Rgp1-203ENSMUST00000117140 1635 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Slc1a6-201ENSMUST00000005490 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Ubb-201ENSMUST00000019649 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Pptc7-201ENSMUST00000053426 4644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Gde1-201ENSMUST00000038791 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Ccl27a-202ENSMUST00000108032 350 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Drap1-202ENSMUST00000113673 744 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Chd3os-202ENSMUST00000151617 389 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26549-201ENSMUST00000181112 1209 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26756-201ENSMUST00000181689 1294 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc88bQ4QRL3 Ino80dos-204ENSMUST00000188602 678 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 42.4 ms