Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Fbrsl1-206ENSMUST00000198834 2571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Pea15a-201ENSMUST00000013842 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Dnajc2-201ENSMUST00000030771 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Ecel1-204ENSMUST00000161002 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Wisp2-201ENSMUST00000029188 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Sqor-201ENSMUST00000005953 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Rnf112-202ENSMUST00000060255 3161 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Gnao1-201ENSMUST00000034198 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Fgf17-201ENSMUST00000022697 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Glra1-201ENSMUST00000075603 2037 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Sort1-201ENSMUST00000102632 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Rnf181-203ENSMUST00000114095 869 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Gm27217-201ENSMUST00000183438 882 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Gm38119-201ENSMUST00000192027 755 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Smim4-204ENSMUST00000203261 1219 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Tbcc-201ENSMUST00000040434 1164 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Cd300c-201ENSMUST00000061637 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Gm9925-201ENSMUST00000066583 483 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Cd300c-202ENSMUST00000092466 700 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Eps8-203ENSMUST00000111878 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Uri1-201ENSMUST00000085513 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Dgke-202ENSMUST00000107894 8347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Pus1-204ENSMUST00000112426 1389 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Rac1-202ENSMUST00000100489 2325 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Tbx2-201ENSMUST00000000095 3626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Taf6l-211ENSMUST00000177056 2006 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Slc25a3-206ENSMUST00000170810 1341 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Hpn-209ENSMUST00000168884 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Pcdhac2-201ENSMUST00000047479 5888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Ppp2ca-201ENSMUST00000020608 7102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Chst1-201ENSMUST00000065797 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Lrp5-202ENSMUST00000176867 2759 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Rgmb-201ENSMUST00000170578 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Rplp2-203ENSMUST00000106004 421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Acaa1a-203ENSMUST00000175743 1219 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Acaa1a-207ENSMUST00000176397 996 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 9530052E02Rik-201ENSMUST00000180750 949 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Klf13-202ENSMUST00000183817 599 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Tecr-201ENSMUST00000019382 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 AC153556.1-201ENSMUST00000215135 794 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Rhoc-201ENSMUST00000002303 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Ank1-201ENSMUST00000033947 1030 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Prdm8-202ENSMUST00000210477 3316 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Fbxo17-203ENSMUST00000108279 1563 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Map3k1-201ENSMUST00000109267 6978 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Cldn7-201ENSMUST00000018713 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Prss22-201ENSMUST00000041649 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Pdxdc1-202ENSMUST00000115802 2466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Cenpw-201ENSMUST00000099985 1532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Ctnnbip1-201ENSMUST00000030839 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Mta3-203ENSMUST00000112350 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Tubg1-201ENSMUST00000043680 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Cdc123-201ENSMUST00000043864 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Chpt1-201ENSMUST00000020253 3898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Atp2a2-201ENSMUST00000031423 4486 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Col4a3bp-201ENSMUST00000077672 2746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Cog2-201ENSMUST00000034460 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Kmt5b-203ENSMUST00000113968 3216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Gm128-202ENSMUST00000107197 1289 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Sirpa-213ENSMUST00000163034 677 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Mfap2-203ENSMUST00000166376 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Eif5a-203ENSMUST00000071026 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Dock9-202ENSMUST00000100299 6476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Baiap2-204ENSMUST00000106231 4005 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Tia1-203ENSMUST00000095754 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Pik3r2-201ENSMUST00000034296 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Adcy2-201ENSMUST00000022013 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Man2a2-201ENSMUST00000098346 6554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Stam2-202ENSMUST00000127316 1928 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Arpc5-201ENSMUST00000077755 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Rad23a-202ENSMUST00000109761 1842 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Rdx-202ENSMUST00000061352 1502 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Cspg5-202ENSMUST00000196060 3790 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Six3-203ENSMUST00000176081 3680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Myrip-201ENSMUST00000048121 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Nf2-205ENSMUST00000109910 4720 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Mfsd13a-201ENSMUST00000086969 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Btnl9-201ENSMUST00000046522 5273 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Efcab11-201ENSMUST00000046485 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Apbb1-209ENSMUST00000188368 1970 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Armc10-202ENSMUST00000095495 2700 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Tgds-204ENSMUST00000228543 1594 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Paqr4-201ENSMUST00000024702 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Frs3os-201ENSMUST00000136531 978 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Gm15234-201ENSMUST00000141485 1058 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Gm8000-201ENSMUST00000188378 592 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Lat-206ENSMUST00000206793 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 AC138767.1-201ENSMUST00000222661 415 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Otx2-204ENSMUST00000122009 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Arrb1-210ENSMUST00000179755 7135 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Arrb1-202ENSMUST00000098266 7132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Ndor1-202ENSMUST00000114349 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Amfr-201ENSMUST00000053766 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Gpaa1-210ENSMUST00000172281 1809 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Gm15408-201ENSMUST00000124198 1379 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Schip1-203ENSMUST00000170788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Ccnd3-208ENSMUST00000182539 931 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Dcdc2c-201ENSMUST00000020963 1041 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Sf3b6-201ENSMUST00000046207 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col6a1Q04857 Mrpl34-201ENSMUST00000048914 607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.6 ms