Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Prkar2a-201ENSMUST00000035220 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Kdelr2-201ENSMUST00000110731 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Fam20c-201ENSMUST00000026972 3582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Il1rn-201ENSMUST00000114482 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 9930012K11Rik-205ENSMUST00000153871 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Lhfpl4-201ENSMUST00000162280 4762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Phtf1-203ENSMUST00000090685 3006 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Sri-205ENSMUST00000148633 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Rsu1-201ENSMUST00000028059 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Atp6v1g2-201ENSMUST00000068261 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Sirt7-202ENSMUST00000106183 427 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 4930526A20Rik-201ENSMUST00000134228 941 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Atg101-201ENSMUST00000048393 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Ldlrad1-201ENSMUST00000094916 1093 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Abhd10-201ENSMUST00000066983 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Npas3-203ENSMUST00000223057 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Chpt1-201ENSMUST00000020253 3898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Gm42417-201ENSMUST00000191849 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Txnl4b-201ENSMUST00000034159 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Tbx2-201ENSMUST00000000095 3626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 BC029722-201ENSMUST00000124586 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7008-201ENSMUST00000038121 1366 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Bud23-202ENSMUST00000085984 1516 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Kdm2a-202ENSMUST00000075856 7242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc88a-201ENSMUST00000040182 9376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Ctsf-201ENSMUST00000119694 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Tfpt-202ENSMUST00000108641 1166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Surf1-201ENSMUST00000015934 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Gm2431-201ENSMUST00000171531 519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28033-201ENSMUST00000184224 96 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 4933406B15Rik-201ENSMUST00000220065 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Mrpl14-201ENSMUST00000024734 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Pdcd2l-201ENSMUST00000002710 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Manbal-201ENSMUST00000081202 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Fam181a-203ENSMUST00000191218 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Snrpd2-201ENSMUST00000049294 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxb4-201ENSMUST00000049241 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Krt27-201ENSMUST00000017732 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Prps1l3-201ENSMUST00000139049 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Hmga1-204ENSMUST00000118570 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Eif4enif1-203ENSMUST00000110049 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Hes6-201ENSMUST00000086851 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Fam131b-203ENSMUST00000143278 4104 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Slc25a3-201ENSMUST00000076694 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Myo5a-214ENSMUST00000155282 6372 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Ddx19a-201ENSMUST00000040416 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Nadk2-202ENSMUST00000100789 3578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Map4k5-201ENSMUST00000049239 4452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Cdh2-201ENSMUST00000025166 4843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Cmip-202ENSMUST00000166750 2408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16863-201ENSMUST00000181476 2431 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Cadm1-204ENSMUST00000114548 4482 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Hspa5-202ENSMUST00000100171 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Tacc3-203ENSMUST00000114426 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Stk32c-202ENSMUST00000165870 1883 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Tdh-201ENSMUST00000022522 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Dnaja3-202ENSMUST00000115854 2505 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Mtg2-202ENSMUST00000108901 1444 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Dhx32-203ENSMUST00000106139 2233 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Tmc6-202ENSMUST00000103025 1279 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Npb-202ENSMUST00000106194 530 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Npb-203ENSMUST00000106195 542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 9130019P16Rik-201ENSMUST00000135612 1019 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Rapgef3os1-201ENSMUST00000149373 483 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Gfod2-203ENSMUST00000155038 951 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Gmnn-201ENSMUST00000006898 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 C530025M09Rik-201ENSMUST00000099264 690 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Aurkb-201ENSMUST00000021277 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Ikzf1-203ENSMUST00000065433 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Ndufv3-201ENSMUST00000046288 1537 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Ccdc3Q9D6Y1 Cacna1a-201ENSMUST00000121390 7926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Mfsd10-202ENSMUST00000114329 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ext2-212ENSMUST00000184931 2629 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm19439-201ENSMUST00000198195 2273 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 AC125311.2-201ENSMUST00000227477 1940 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Blmh-201ENSMUST00000021197 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Shroom3-201ENSMUST00000113051 6435 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16861-201ENSMUST00000181498 1647 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ache-201ENSMUST00000024099 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Zkscan8-202ENSMUST00000110481 728 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ppdpf-201ENSMUST00000016488 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Mrps12-204ENSMUST00000171183 883 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Baiap2-204ENSMUST00000106231 4005 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Bnip2-203ENSMUST00000117450 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Sh2b2-203ENSMUST00000196397 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Mterf1a-202ENSMUST00000117463 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Il17re-201ENSMUST00000053569 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Mrgprf-202ENSMUST00000117718 1935 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Mink1-202ENSMUST00000072873 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 A430057M04Rik-202ENSMUST00000170150 2176 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20604-201ENSMUST00000174651 2795 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Slc35e1-202ENSMUST00000152080 4383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Meis2-202ENSMUST00000074285 2844 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Plekha4-206ENSMUST00000211155 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Sh3yl1-202ENSMUST00000110880 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Nudt16-201ENSMUST00000035179 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Vac14-201ENSMUST00000034190 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ecel1-201ENSMUST00000027463 2695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Cadps2-212ENSMUST00000163871 4969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 2810459M11Rik-202ENSMUST00000165824 3331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.6 ms