Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Kcnh2-202ENSMUST00000115098 3193 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Abhd5-204ENSMUST00000156520 3157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Rap1gap-202ENSMUST00000097837 3168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 4932443I19Rik-204ENSMUST00000214337 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 AC130671.1-201ENSMUST00000227384 1237 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Naxe-201ENSMUST00000029708 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Nfu1-201ENSMUST00000032060 948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Ddx51-201ENSMUST00000031478 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Snrnp48-201ENSMUST00000091641 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Zfp326-201ENSMUST00000031227 2667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Csk-201ENSMUST00000034863 2749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Rundc3a-202ENSMUST00000107102 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Dclk2-208ENSMUST00000194452 2066 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Dtx2-201ENSMUST00000005072 2562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 2810425M01Rik-201ENSMUST00000180790 1850 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Sars2-201ENSMUST00000094632 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Fmnl3-203ENSMUST00000120633 4290 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Aaed1-202ENSMUST00000220895 2858 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Eda-202ENSMUST00000113775 5088 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 H2-Q10-202ENSMUST00000174525 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Large2-215ENSMUST00000176810 2477 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Tex261-201ENSMUST00000014892 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Gm18336-201ENSMUST00000180787 2298 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Rpl36al-202ENSMUST00000110619 1276 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Tomm6-202ENSMUST00000113302 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Gm715-201ENSMUST00000117865 831 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Krtap5-1-202ENSMUST00000188274 742 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Usf3-201ENSMUST00000088356 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Gm8909-202ENSMUST00000097335 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Nosip-201ENSMUST00000003513 1814 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Nipsnap3b-201ENSMUST00000015391 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Etnk1-201ENSMUST00000032413 6433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Chrd-202ENSMUST00000115423 2417 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Zdhhc6-207ENSMUST00000224897 2168 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Agtr1a-201ENSMUST00000066412 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Csrp2-201ENSMUST00000020403 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Naxd-201ENSMUST00000033901 1359 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Rasa2-201ENSMUST00000034984 5813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Chtf8-206ENSMUST00000177068 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Susd1-202ENSMUST00000107544 3220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Tia1-203ENSMUST00000095754 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Wrb-201ENSMUST00000023913 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Smim10l1-204ENSMUST00000191462 574 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Gm44899-201ENSMUST00000207451 391 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Fxn-201ENSMUST00000081333 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Gnas-222ENSMUST00000180362 1645 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Map6-207ENSMUST00000208924 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Celf6-204ENSMUST00000121266 2610 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Vstm5-201ENSMUST00000034413 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Rbck1-202ENSMUST00000109847 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Camk2n1-201ENSMUST00000050918 4444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Gna12-201ENSMUST00000000153 3416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Gprc5c-203ENSMUST00000122967 1709 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 CT010478.1-201ENSMUST00000220747 2787 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Actr8-201ENSMUST00000016115 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Hsd3b2-201ENSMUST00000107021 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Bambi-201ENSMUST00000025075 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Rgl2-201ENSMUST00000047503 3252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Sept10-203ENSMUST00000220156 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Cnksr2-201ENSMUST00000026750 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Gm26821-201ENSMUST00000181954 2652 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Tnfrsf13c-201ENSMUST00000089161 1906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Rab6a-202ENSMUST00000098252 3110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Ttpal-202ENSMUST00000109408 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Cul1-201ENSMUST00000031697 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Col11a2-202ENSMUST00000114252 5620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Asph-210ENSMUST00000108337 2836 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Gm20878-202ENSMUST00000108028 339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 2700033N17Rik-201ENSMUST00000140185 721 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Dleu2-210ENSMUST00000183054 722 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Klf13-202ENSMUST00000183817 599 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 9130019P16Rik-203ENSMUST00000185712 650 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Gm29994-201ENSMUST00000195495 1193 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Cox8a-201ENSMUST00000039758 545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Tmem270-201ENSMUST00000047305 932 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Dmgdh-201ENSMUST00000048001 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Adamtsl1-201ENSMUST00000048885 1842 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Klk9-201ENSMUST00000005891 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Dyx1c1-201ENSMUST00000034734 1975 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Smim3-201ENSMUST00000042710 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Shroom3-201ENSMUST00000113051 6435 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Myo5b-201ENSMUST00000074157 6745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Mis18bp1-208ENSMUST00000222244 2053 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Phf7-201ENSMUST00000022459 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Zfp384-208ENSMUST00000112428 3132 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Snap91-204ENSMUST00000098495 4150 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 E2f2-201ENSMUST00000061721 4739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Agbl5-208ENSMUST00000201168 3199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Zic5-201ENSMUST00000039118 4767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Rgs7-203ENSMUST00000192227 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Fam72a-201ENSMUST00000068613 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Lrp12-202ENSMUST00000110305 4244 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Mboat4-201ENSMUST00000095345 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Insig2-203ENSMUST00000159085 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Snapc3-202ENSMUST00000071544 942 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Sh3glb1-202ENSMUST00000198254 5945 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Tspoap1-202ENSMUST00000100644 7390 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Htr3a-201ENSMUST00000003826 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 Zcchc17-202ENSMUST00000134159 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col28a1Q2UY11 St8sia1-201ENSMUST00000032421 8991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.5 ms