Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Zkscan6-202ENSMUST00000071465 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Foxd1-201ENSMUST00000105098 5064 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Lpgat1-202ENSMUST00000110856 2792 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 C030037D09Rik-202ENSMUST00000136201 1216 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Gm40457-201ENSMUST00000205319 1174 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 AC124569.2-201ENSMUST00000225998 818 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Hoxb4-201ENSMUST00000049241 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Fxr1-201ENSMUST00000001620 2459 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Rpl3l-202ENSMUST00000170239 1375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 2810459M11Rik-202ENSMUST00000165824 3331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Babam1-201ENSMUST00000002473 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Ccdc69-201ENSMUST00000055040 1402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Cnksr1-201ENSMUST00000030645 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Nrl-201ENSMUST00000062232 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Yif1b-203ENSMUST00000108238 1126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Pafah1b3-207ENSMUST00000155118 679 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Ciao1-204ENSMUST00000174030 1109 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Rpp40-202ENSMUST00000174230 1053 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Gm28051-201ENSMUST00000179306 445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Gm43077-201ENSMUST00000200602 491 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Gm34391-201ENSMUST00000203706 907 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 CAAA01066804.1-201ENSMUST00000217800 611 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 AL731706.1-201ENSMUST00000227806 944 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Calm2-201ENSMUST00000040440 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Trim33-201ENSMUST00000029444 8875 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Relb-201ENSMUST00000049912 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Kcng4-202ENSMUST00000164382 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Slc29a1-222ENSMUST00000171847 2033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Eomes-202ENSMUST00000111763 2869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Gm43702-201ENSMUST00000198772 2546 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Gm128-202ENSMUST00000107197 1289 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Zkscan8-202ENSMUST00000110481 728 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 D030044L04Rik-201ENSMUST00000204220 1291 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Nrbp1-207ENSMUST00000202576 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Nrbp1-201ENSMUST00000031034 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Eif4enif1-203ENSMUST00000110049 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Zcchc14-201ENSMUST00000046386 7444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Snip1-201ENSMUST00000052183 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Ino80e-203ENSMUST00000106343 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Gnb1-203ENSMUST00000165335 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Sytl3-201ENSMUST00000097430 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Capzb-202ENSMUST00000042675 1604 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Ubtf-204ENSMUST00000107117 3258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Otub1-202ENSMUST00000123594 1728 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Taf6l-213ENSMUST00000189739 1794 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Atp6v1g2-203ENSMUST00000130992 524 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Gm15295-201ENSMUST00000139874 488 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Mpst-202ENSMUST00000167140 1279 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Epsti1-202ENSMUST00000169978 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Gm20675-201ENSMUST00000175861 338 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Epsti1-203ENSMUST00000227903 1178 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Tesc-201ENSMUST00000031304 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Cmtm7-202ENSMUST00000084867 874 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Nxn-201ENSMUST00000021204 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Ubac2-201ENSMUST00000039803 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Mst1-204ENSMUST00000162886 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Psen2-205ENSMUST00000111108 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Tulp1-201ENSMUST00000041819 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Lcmt2-201ENSMUST00000099486 2047 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Rara-204ENSMUST00000107475 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Klk12-202ENSMUST00000107970 1115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Hikeshi-207ENSMUST00000207309 835 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Mroh5-201ENSMUST00000071419 2766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Bcl7b-203ENSMUST00000111188 1434 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Arhgef16-201ENSMUST00000030898 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Plekhf2-201ENSMUST00000054776 2977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Gm15442-201ENSMUST00000117905 1527 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Map3k9-201ENSMUST00000035987 4564 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 D730003I15Rik-202ENSMUST00000194375 1667 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Ruvbl2-201ENSMUST00000107771 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Cacna2d2-201ENSMUST00000010210 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Arpc5-201ENSMUST00000077755 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Klc1-202ENSMUST00000118471 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Xk-201ENSMUST00000015486 5076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Rnaseh2a-202ENSMUST00000109736 2981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Ssc4d-204ENSMUST00000111153 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Gm15234-201ENSMUST00000141485 1058 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Casp8-204ENSMUST00000191201 1849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 1810010D01Rik-204ENSMUST00000208788 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 AC153889.1-201ENSMUST00000219257 330 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Atxn7-203ENSMUST00000223880 2946 ntAPPRIS P2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Npcd-201ENSMUST00000023060 1162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Pdcd2l-201ENSMUST00000002710 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Anxa2-201ENSMUST00000034756 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Hunk-201ENSMUST00000065856 5009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Sult2b1-201ENSMUST00000075571 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Cldn19-201ENSMUST00000084309 924 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Slc30a4-202ENSMUST00000099457 3170 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Irak1-205ENSMUST00000114353 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Rbm12b1-202ENSMUST00000069128 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Tmem176a-201ENSMUST00000101426 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Dok3-201ENSMUST00000047877 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Rnf141-201ENSMUST00000106682 1101 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Tfpt-202ENSMUST00000108641 1166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 2310009B15Rik-201ENSMUST00000112025 565 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Rnf186-201ENSMUST00000116094 1249 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Mras-203ENSMUST00000122384 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Uba52-203ENSMUST00000125184 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Spr-ps1-201ENSMUST00000089584 605 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim28Q62318 Gfy-201ENSMUST00000179443 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.3 ms