Protein–RNA interactions for Protein: Q8C9S8

Atg4a, Cysteine protease ATG4A, mousemouse

Predictions only

Length 396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Atg4aQ8C9S8 Ttyh3-202ENSMUST00000197452 4576 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Fam171a1-204ENSMUST00000115099 4149 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Csk-201ENSMUST00000034863 2749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Jph1-201ENSMUST00000038382 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Dclk2-208ENSMUST00000194452 2066 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Irgc1-204ENSMUST00000205776 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Spsb2-203ENSMUST00000112473 1322 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Sh3gl2-203ENSMUST00000107188 2286 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Cwh43-201ENSMUST00000031040 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Pex11a-201ENSMUST00000032761 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Hnrnpul2-201ENSMUST00000096753 5726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Echdc2-203ENSMUST00000116307 893 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 4930526A20Rik-201ENSMUST00000134228 941 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Gm3272-201ENSMUST00000181181 1229 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Gm3764-209ENSMUST00000181550 1093 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 AC153881.2-201ENSMUST00000214877 204 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Gm10566-201ENSMUST00000086739 996 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Ppm1h-201ENSMUST00000067918 6369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Rab6a-201ENSMUST00000032946 3214 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Lzts2-203ENSMUST00000179108 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Fcho1-209ENSMUST00000146100 3188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Zkscan6-202ENSMUST00000071465 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Trim31-201ENSMUST00000078438 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Pou2f2-202ENSMUST00000108413 1599 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Hmgb3-202ENSMUST00000072699 1571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Atp6v1b2-201ENSMUST00000006435 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Crebzf-201ENSMUST00000061767 3376 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Bdkrb1-202ENSMUST00000182899 1313 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Bdkrb1-201ENSMUST00000041229 1338 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Zbtb25-201ENSMUST00000167011 1681 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Gm16061-201ENSMUST00000122167 857 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Krtap5-1-202ENSMUST00000188274 742 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 AC159205.6-201ENSMUST00000224935 887 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 H2afz-201ENSMUST00000041045 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Usf3-201ENSMUST00000088356 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Gzme-201ENSMUST00000089549 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Pacs2-202ENSMUST00000220541 3101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Agpat3-203ENSMUST00000105388 3681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Slc46a1-201ENSMUST00000001126 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Slc35e1-202ENSMUST00000152080 4383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Osbpl1a-205ENSMUST00000119512 1947 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Ap1m1-201ENSMUST00000003117 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Smarca4-201ENSMUST00000034707 6354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Acot7-206ENSMUST00000167926 1505 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Gas6-201ENSMUST00000033828 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Ccnl1-201ENSMUST00000029416 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Ascl2-201ENSMUST00000009392 1605 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Syt8-202ENSMUST00000105976 1289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Gm20878-202ENSMUST00000108028 339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Syt8-205ENSMUST00000122393 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Slc25a51-203ENSMUST00000132815 1005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Slc2a8-204ENSMUST00000153484 1168 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Prr23a1-201ENSMUST00000170349 883 ntAPPRIS P1 BASIC20.58■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Gm44965-201ENSMUST00000204121 360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Gpaa1-201ENSMUST00000023221 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Nelfb-201ENSMUST00000059849 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Atg4aQ8C9S8 Nfib-205ENSMUST00000107247 3267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Tspan9-201ENSMUST00000032503 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Ripor2-202ENSMUST00000058009 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Psmd6-201ENSMUST00000022256 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Actl10-201ENSMUST00000104928 1501 ntAPPRIS P1 BASIC20.58■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Actl10-202ENSMUST00000226583 1501 ntBASIC20.58■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Trmo-201ENSMUST00000030015 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Pcmt1-202ENSMUST00000159917 2491 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Sf1-202ENSMUST00000113487 2649 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Mtmr1-201ENSMUST00000015358 4634 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Cdca7-201ENSMUST00000102691 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Slc16a7-205ENSMUST00000210780 2562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 4930455H04Rik-201ENSMUST00000117592 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Ttyh1-217ENSMUST00000206869 1491 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Mgea5-201ENSMUST00000026243 5024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Slc35e3-201ENSMUST00000079041 3489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Ociad2-202ENSMUST00000200776 2359 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Znrf1-201ENSMUST00000095176 3108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Lrch3-203ENSMUST00000135193 2794 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Krt27-201ENSMUST00000017732 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Thrsp-201ENSMUST00000043077 1277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Vkorc1l1-203ENSMUST00000201855 4809 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Adamtsl1-201ENSMUST00000048885 1842 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Gm7008-201ENSMUST00000038121 1366 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Cbx6-203ENSMUST00000109627 5806 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Lsm1-201ENSMUST00000038421 2663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Ptp4a2-201ENSMUST00000030578 3646 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 L3hypdh-201ENSMUST00000019862 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Nphp3-201ENSMUST00000035167 5899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Gm6433-201ENSMUST00000118634 875 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Comtd1-204ENSMUST00000177527 714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Med29-201ENSMUST00000003536 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Rara-202ENSMUST00000107473 3238 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Taf6l-213ENSMUST00000189739 1794 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 St7l-201ENSMUST00000059271 5728 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Acvr1c-204ENSMUST00000112608 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Gm26781-201ENSMUST00000181385 1477 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Adat2-201ENSMUST00000019944 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Erich2-201ENSMUST00000100041 1749 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Bean1-204ENSMUST00000171018 3386 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Bend3-202ENSMUST00000167488 6337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Ccser1-203ENSMUST00000126214 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Pigz-201ENSMUST00000052174 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Atg4aQ8C9S8 Fnbp1-205ENSMUST00000113552 1910 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.3 ms