Protein–RNA interactions for Protein: Q3UWA4

Trim40, Tripartite motif-containing protein 40, mousemouse

Predictions only

Length 246 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim40Q3UWA4 Tfeb-204ENSMUST00000113288 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Rccd1-202ENSMUST00000121882 2324 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Cend1-202ENSMUST00000124444 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Taf6l-201ENSMUST00000003777 1869 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Fubp3-202ENSMUST00000113482 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Trmt2a-203ENSMUST00000115640 2367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Urgcp-206ENSMUST00000170116 5528 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Stxbp6-201ENSMUST00000053768 4553 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 H2-Q10-202ENSMUST00000174525 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Stard6-203ENSMUST00000168249 1167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Gm37820-201ENSMUST00000194021 2147 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Foxk1-202ENSMUST00000198422 687 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Gm42882-201ENSMUST00000201788 506 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Lrrfip2-201ENSMUST00000035078 3260 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Dnajb5-201ENSMUST00000037872 3291 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Trpc1-204ENSMUST00000189137 4559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Znfx1-201ENSMUST00000048988 7218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Chst5-201ENSMUST00000034430 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 March8-201ENSMUST00000079012 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Elf2-201ENSMUST00000062009 3353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 9530018F02Rik-201ENSMUST00000219513 2599 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Chtop-207ENSMUST00000107346 1321 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 1190002N15Rik-201ENSMUST00000113028 3950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Scrt1-202ENSMUST00000164703 3478 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Lrriq4-203ENSMUST00000172350 1797 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Gm5421-201ENSMUST00000181698 2354 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Gm10418-201ENSMUST00000100943 576 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Hps5-202ENSMUST00000107653 4702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Ranbp9-201ENSMUST00000144326 3371 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 4931413I07Rik-201ENSMUST00000173637 764 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Zfp428-203ENSMUST00000177205 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Gm26674-201ENSMUST00000180770 1446 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Gm42642-201ENSMUST00000200683 355 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 a-201ENSMUST00000029123 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Car9-201ENSMUST00000030183 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Faim-201ENSMUST00000035038 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Fgfr2-215ENSMUST00000122054 3323 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Btbd1-201ENSMUST00000026093 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Wscd1-203ENSMUST00000108511 2866 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Espn-209ENSMUST00000105655 1350 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Espn-211ENSMUST00000105657 1375 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Zscan25-201ENSMUST00000094116 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Endov-203ENSMUST00000106245 5126 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Zfc3h1-201ENSMUST00000036044 6957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Fbxl7-201ENSMUST00000059204 4632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Sptbn4-203ENSMUST00000108363 4724 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Sptbn4-204ENSMUST00000108364 4740 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Proc-201ENSMUST00000171765 1566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Dennd4b-202ENSMUST00000129564 5647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Tfap2a-209ENSMUST00000225180 1828 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Nadk-203ENSMUST00000105613 3152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 AI507597-201ENSMUST00000140726 880 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 1700125G02Rik-201ENSMUST00000154947 519 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Gm38165-201ENSMUST00000191654 486 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 4933406B15Rik-201ENSMUST00000220065 1182 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 G3bp2-204ENSMUST00000169094 2716 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Lactbl1-201ENSMUST00000178843 2954 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Pkp2-202ENSMUST00000161342 2931 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Nipa2-201ENSMUST00000032635 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Apoa5-202ENSMUST00000121598 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Gm17509-201ENSMUST00000165680 2375 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 AW011738-201ENSMUST00000105140 1848 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Ttc39b-202ENSMUST00000048274 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Slc15a3-201ENSMUST00000025646 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Gm16867-201ENSMUST00000179116 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Ankrd50-202ENSMUST00000120875 4945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Clk4-201ENSMUST00000093132 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Trhde-201ENSMUST00000061632 5714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Isg20l2-201ENSMUST00000055984 2893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Rbck1-202ENSMUST00000109847 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Agap1-204ENSMUST00000190096 4078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Zdhhc12-202ENSMUST00000102865 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Tmem54-203ENSMUST00000106064 1066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Gm39115-201ENSMUST00000211350 699 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Ccdc84-211ENSMUST00000217270 681 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Haspin-201ENSMUST00000052140 2810 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Ptbp2-213ENSMUST00000200097 3777 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Iscu-202ENSMUST00000112311 1395 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Ergic3-201ENSMUST00000006035 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Mars-201ENSMUST00000037290 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Syngap1-204ENSMUST00000194598 6011 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Caln1-203ENSMUST00000111288 9327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Trim40Q3UWA4 Tmtc4-204ENSMUST00000126867 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
Trim40Q3UWA4 Rfx7-202ENSMUST00000163401 7880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
Trim40Q3UWA4 Nudcd2-201ENSMUST00000020578 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Trim40Q3UWA4 Rabep1-201ENSMUST00000076270 5408 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Trim40Q3UWA4 Ptges3-202ENSMUST00000084771 1559 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
Trim40Q3UWA4 Cct6b-201ENSMUST00000021040 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Trim40Q3UWA4 Cygb-201ENSMUST00000021166 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Trim40Q3UWA4 Entpd7-201ENSMUST00000081079 5911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Trim40Q3UWA4 A230103J11Rik-202ENSMUST00000156084 2086 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Trim40Q3UWA4 Fscn1-207ENSMUST00000198017 2157 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Trim40Q3UWA4 Sumo2-205ENSMUST00000121185 911 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Trim40Q3UWA4 Pole4-204ENSMUST00000160281 648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Trim40Q3UWA4 Gm10033-202ENSMUST00000211874 928 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Trim40Q3UWA4 Erh-205ENSMUST00000218740 981 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Trim40Q3UWA4 Ankrd37-201ENSMUST00000053558 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Trim40Q3UWA4 Git2-215ENSMUST00000178440 4944 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 55.9 ms