Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Dnaaf3-201ENSMUST00000094897 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Dlgap1-207ENSMUST00000133983 7173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Gm19610-201ENSMUST00000202894 408 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Zfp787-204ENSMUST00000207628 576 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 AC163280.1-201ENSMUST00000228194 1100 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Plk3-201ENSMUST00000076859 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Emx2-201ENSMUST00000062216 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Xxylt1-201ENSMUST00000055389 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Zkscan3-204ENSMUST00000117721 5788 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Ccdc124-201ENSMUST00000007865 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Med7-203ENSMUST00000109232 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Dtx2-203ENSMUST00000111144 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 9930012K11Rik-201ENSMUST00000058240 1986 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Gm26858-201ENSMUST00000180608 2040 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Lrrfip2-201ENSMUST00000035078 3260 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Il15ra-201ENSMUST00000078834 1600 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Itgb4-201ENSMUST00000021107 6014 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Galnt18-202ENSMUST00000106663 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Mycn-202ENSMUST00000130990 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Thumpd2-201ENSMUST00000025093 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Smox-209ENSMUST00000110189 1919 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Sipa1l1-202ENSMUST00000166429 8215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gfra3-201ENSMUST00000025224 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gm21974-201ENSMUST00000126662 2037 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gm20695-202ENSMUST00000176233 1012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gabarapl1-202ENSMUST00000204487 902 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Lire1P11260 AC122465.1-201ENSMUST00000220813 1209 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Prrg2-201ENSMUST00000007981 1295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Slc47a2-201ENSMUST00000093029 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Chchd4-201ENSMUST00000040835 3472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gm26634-201ENSMUST00000181146 1511 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Rrp9-201ENSMUST00000047721 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Dhfr-201ENSMUST00000022218 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Casp9-201ENSMUST00000030747 3897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Sh3bp1-201ENSMUST00000001226 2510 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Myb-201ENSMUST00000020158 3074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Tbc1d2b-202ENSMUST00000128874 3473 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Alad-202ENSMUST00000107444 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gm15565-201ENSMUST00000118890 427 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Nrn1-202ENSMUST00000122286 691 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Kcnn4-203ENSMUST00000205626 461 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Nr2c2ap-202ENSMUST00000211898 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gm7856-201ENSMUST00000117514 1493 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Thegl-202ENSMUST00000117880 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 CT010444.2-201ENSMUST00000217877 1629 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Lysmd4-209ENSMUST00000208998 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Creg1-202ENSMUST00000111432 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Hoxb4-201ENSMUST00000049241 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Fancg-201ENSMUST00000030165 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Cbl-204ENSMUST00000205968 2809 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Sh2b1-201ENSMUST00000032978 3393 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Cadps2-201ENSMUST00000018122 4723 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Vkorc1l1-203ENSMUST00000201855 4809 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Ifrd1-201ENSMUST00000001672 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Coch-202ENSMUST00000164782 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Tcf7l1-202ENSMUST00000114053 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Celf1-201ENSMUST00000005643 4830 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Galk1-201ENSMUST00000021114 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Pdxdc1-203ENSMUST00000115803 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Lire1P11260 AC140264.2-202ENSMUST00000218746 817 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Crabp1-201ENSMUST00000034830 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Rex1bd-201ENSMUST00000075175 671 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Vhl-201ENSMUST00000035673 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Trappc5-201ENSMUST00000044857 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Knl1-201ENSMUST00000028799 5527 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Cbarp-201ENSMUST00000105369 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Fam171b-201ENSMUST00000051454 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Taz-201ENSMUST00000069722 1851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Tbx3os1-206ENSMUST00000202307 1787 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Fxyd6-201ENSMUST00000085939 1788 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Ythdc2-201ENSMUST00000037763 7215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Crem-239ENSMUST00000165086 2778 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Sh2b2-203ENSMUST00000196397 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Xpo1-202ENSMUST00000102869 6004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Fdft1-204ENSMUST00000224625 3698 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Xpo6-213ENSMUST00000168189 4552 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Tm7sf2-202ENSMUST00000113543 1498 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Prkar2b-202ENSMUST00000036497 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Psmd6-201ENSMUST00000022256 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Sybu-207ENSMUST00000227305 3124 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Slc39a7-201ENSMUST00000025186 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Ghrhr-202ENSMUST00000203241 1328 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Tnnt2-202ENSMUST00000112085 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Tnnt2-203ENSMUST00000112086 1094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Tnnt2-204ENSMUST00000112087 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Tnnt2-206ENSMUST00000178854 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Tnnt2-211ENSMUST00000189355 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Tnnt2-212ENSMUST00000189732 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gm9484-201ENSMUST00000195892 1159 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Fkbp11-201ENSMUST00000003445 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 2510002D24Rik-201ENSMUST00000055413 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Bmyc-201ENSMUST00000061483 983 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gtf3c4-204ENSMUST00000171404 7127 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Mars-201ENSMUST00000037290 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Mapre3-201ENSMUST00000031058 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Lzts2-203ENSMUST00000179108 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Grhl2-203ENSMUST00000161405 1996 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Pick1-201ENSMUST00000018295 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Acads-201ENSMUST00000031524 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Nrros-201ENSMUST00000099991 2548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 70.5 ms