Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Tspan10-201ENSMUST00000044105 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Sqstm1-201ENSMUST00000015981 2673 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Mapk7-203ENSMUST00000108714 3069 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Tmem80-201ENSMUST00000026578 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 4930432B10Rik-202ENSMUST00000181330 1612 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Esyt2-205ENSMUST00000220816 4287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Ak5-201ENSMUST00000045262 3323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Map4k5-201ENSMUST00000049239 4452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Zfp943-202ENSMUST00000153985 1598 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Slc35g2-201ENSMUST00000093792 1590 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Rnf112-202ENSMUST00000060255 3161 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 9030624G23Rik-201ENSMUST00000101538 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Meox1-201ENSMUST00000057054 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Josd2-206ENSMUST00000121922 684 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Gm7284-201ENSMUST00000131667 944 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Gm14968-201ENSMUST00000155528 769 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Mir2861-201ENSMUST00000175539 82 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Insl6-201ENSMUST00000052380 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Gm7609-201ENSMUST00000113402 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Inpp4a-201ENSMUST00000027287 5691 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Ckap4-202ENSMUST00000167671 2606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Ext2-212ENSMUST00000184931 2629 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Mpst-201ENSMUST00000043865 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Zbtb8a-201ENSMUST00000030610 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Arhgef7-205ENSMUST00000110909 4926 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Nfil3-201ENSMUST00000071065 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Ctdsp2-202ENSMUST00000105256 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Krt82-201ENSMUST00000023713 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Cldn18-203ENSMUST00000131922 860 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ShhQ62226 4930554G22Rik-201ENSMUST00000196102 686 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
ShhQ62226 AC153845.2-202ENSMUST00000213372 807 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Slc35d2-204ENSMUST00000222168 472 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Mrps6-201ENSMUST00000047429 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Meg3-201ENSMUST00000124106 1988 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Ermp1-203ENSMUST00000159692 7058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Gm20604-201ENSMUST00000174651 2795 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Dhx30-224ENSMUST00000200066 4623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Ppm1j-201ENSMUST00000002298 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Snx14-205ENSMUST00000173011 2238 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Tmem198-201ENSMUST00000050899 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Pacsin1-204ENSMUST00000114873 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Bcar1-201ENSMUST00000166232 3142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Rbpj-203ENSMUST00000113865 5440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Mpig6b-201ENSMUST00000097337 2252 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Bend4-204ENSMUST00000201972 8268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 C030037D09Rik-202ENSMUST00000136201 1216 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Gm22697-201ENSMUST00000175194 63 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Hint2-201ENSMUST00000030192 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Guca1a-201ENSMUST00000059348 871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Nespas-203ENSMUST00000151472 2248 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Col27a1-201ENSMUST00000036300 7612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Fbxo42-201ENSMUST00000030757 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Nrl-201ENSMUST00000062232 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Gmcl1-201ENSMUST00000001185 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Gnao1-201ENSMUST00000034198 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Mmp11-201ENSMUST00000000924 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Pacsin1-203ENSMUST00000114872 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Gm10654-201ENSMUST00000098653 1633 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Tsc22d1-201ENSMUST00000022587 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Tfap2a-208ENSMUST00000224999 2058 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Mycn-202ENSMUST00000130990 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Gpaa1-210ENSMUST00000172281 1809 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Arf1-202ENSMUST00000163300 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Otud5-202ENSMUST00000115665 3821 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Josd2-203ENSMUST00000118493 922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Mipol1-201ENSMUST00000123498 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Gm2274-201ENSMUST00000184539 609 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 AC133598.3-202ENSMUST00000224219 531 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Rplp2-201ENSMUST00000084434 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Pih1d1-201ENSMUST00000085375 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Tbpl1-201ENSMUST00000095794 1195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Slain2-201ENSMUST00000143829 4828 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Gm27029-202ENSMUST00000107259 1855 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Fignl2-201ENSMUST00000178140 4206 ntAPPRIS P1 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Gm26860-201ENSMUST00000181674 1489 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Pmpcb-201ENSMUST00000030882 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Isyna1-201ENSMUST00000019283 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gpat3-203ENSMUST00000112887 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Myb-201ENSMUST00000020158 3074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Smad1-202ENSMUST00000066091 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Zfp512b-201ENSMUST00000108789 5714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Matn4-204ENSMUST00000109359 2179 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Mff-202ENSMUST00000078332 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Otx2-204ENSMUST00000122009 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Tmem81-201ENSMUST00000058167 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Rasgrp1-201ENSMUST00000102534 5229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Spata2l-201ENSMUST00000098327 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Krtap1-4-201ENSMUST00000100479 593 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gm17661-201ENSMUST00000170317 270 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Tppp3-202ENSMUST00000176419 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gm44771-201ENSMUST00000206975 626 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gm29791-202ENSMUST00000207888 369 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gm31727-201ENSMUST00000210102 360 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Pym1-201ENSMUST00000065210 1156 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Sertad4-204ENSMUST00000155579 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Car2-201ENSMUST00000029078 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Bcat2-201ENSMUST00000033098 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Prdm6-201ENSMUST00000091900 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Kat2b-ps-201ENSMUST00000128468 2490 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Rap2a-201ENSMUST00000062117 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.6 ms