Protein–RNA interactions for Protein: Q9ESN2

Trim39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, mousemouse

Predictions only

Length 488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim39Q9ESN2 Vegfc-201ENSMUST00000033919 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Tpra1-223ENSMUST00000204765 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Tead1-201ENSMUST00000059768 9964 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Ell2-201ENSMUST00000001583 4382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Eif6-201ENSMUST00000029142 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Sphk1-201ENSMUST00000063396 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Parg-201ENSMUST00000022470 4413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 6430573F11Rik-202ENSMUST00000135373 2573 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Luc7l2-213ENSMUST00000163047 3141 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Dancr-204ENSMUST00000132389 2347 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Cacng6-201ENSMUST00000108647 868 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Gm12896-201ENSMUST00000118430 226 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Gm16764-202ENSMUST00000148931 433 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Crybb1-201ENSMUST00000031286 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Ube2cbp-201ENSMUST00000034986 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Sirt7-201ENSMUST00000080202 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Camk2n1-201ENSMUST00000050918 4444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Ankle1-202ENSMUST00000120725 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Tfap2a-208ENSMUST00000224999 2058 ntAPPRIS ALT1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Zfx-201ENSMUST00000088102 7002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Ptges3-202ENSMUST00000084771 1559 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Nepro-201ENSMUST00000048788 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Lgmn-201ENSMUST00000021607 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Tfap2c-201ENSMUST00000030391 2838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Kdelc2-201ENSMUST00000037853 3642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Zfp691-201ENSMUST00000052715 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Caln1-203ENSMUST00000111288 9327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Gm16386-201ENSMUST00000181397 1423 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Gpr137-202ENSMUST00000099774 1434 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Hnrnph3-201ENSMUST00000020263 2213 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Lgr6-201ENSMUST00000044828 6675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Ipo8-201ENSMUST00000048418 5360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Ubr3-201ENSMUST00000055758 8072 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Paqr3-201ENSMUST00000069453 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
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Trim39Q9ESN2 Wdr41-203ENSMUST00000160115 2851 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Tomm6-202ENSMUST00000113302 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
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Trim39Q9ESN2 Spr-202ENSMUST00000174286 775 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Moap1-202ENSMUST00000178384 1284 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
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Trim39Q9ESN2 Pfn2-201ENSMUST00000066882 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Endov-203ENSMUST00000106245 5126 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Fbxl7-201ENSMUST00000059204 4632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Gm26676-201ENSMUST00000181877 2226 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Sash1-201ENSMUST00000015449 7183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
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Trim39Q9ESN2 Phtf1-203ENSMUST00000090685 3006 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Atp5d-203ENSMUST00000105367 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Mapre3-201ENSMUST00000031058 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Dlgap4-205ENSMUST00000109567 4840 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Rilpl2-201ENSMUST00000031347 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Kctd13-201ENSMUST00000032924 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Gm26657-201ENSMUST00000181745 1308 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
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Trim39Q9ESN2 Zfp691-202ENSMUST00000106355 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Trim39Q9ESN2 Rbfox2-204ENSMUST00000171751 3558 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
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Trim39Q9ESN2 AC167978.1-201ENSMUST00000182488 456 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
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Trim39Q9ESN2 Cops8-201ENSMUST00000036153 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 Ppm1e-201ENSMUST00000055438 6344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
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Trim39Q9ESN2 App-201ENSMUST00000005406 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 Ubr2-202ENSMUST00000113337 7633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 Zdhhc2-201ENSMUST00000049389 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 9930012K11Rik-201ENSMUST00000058240 1986 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 Mrps10-203ENSMUST00000119945 1018 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 Scamp4-202ENSMUST00000180350 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 Plcl1-201ENSMUST00000042986 6580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 Sdsl-201ENSMUST00000031594 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 Fads3-201ENSMUST00000115995 3269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 Fam214a-202ENSMUST00000170846 4355 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 Ctnna2-205ENSMUST00000161846 4018 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 Rab1a-201ENSMUST00000020358 2827 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 Dhh-201ENSMUST00000023737 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 Bean1-201ENSMUST00000093245 3199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 Ano8-204ENSMUST00000213382 3785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 Pgm3-202ENSMUST00000072585 1920 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
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Trim39Q9ESN2 Tasp1-201ENSMUST00000046656 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim39Q9ESN2 Svbp-203ENSMUST00000106345 684 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21 ms