Protein–RNA interactions for Protein: Q8CHD8

Rab11fip3, Rab11 family-interacting protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 1,047 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rab11fip3Q8CHD8 Cdkl3-207ENSMUST00000109080 2749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rab11fip3Q8CHD8 Gm29518-201ENSMUST00000190858 372 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
Rab11fip3Q8CHD8 Gm4316-202ENSMUST00000212490 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rab11fip3Q8CHD8 Prss40-201ENSMUST00000047840 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rab11fip3Q8CHD8 Tctex1d4-201ENSMUST00000062206 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rab11fip3Q8CHD8 Fthl17f-201ENSMUST00000097029 847 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rab11fip3Q8CHD8 Lca5l-201ENSMUST00000054855 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rab11fip3Q8CHD8 Renbp-202ENSMUST00000116578 1418 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rab11fip3Q8CHD8 Adsl-204ENSMUST00000164806 1595 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rab11fip3Q8CHD8 Rasd1-201ENSMUST00000062405 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
Rab11fip3Q8CHD8 Ncor1-203ENSMUST00000069456 3171 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Mapre3-201ENSMUST00000031058 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Ccdc17-201ENSMUST00000051869 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Atxn2-201ENSMUST00000051950 4472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Polr2m-202ENSMUST00000163972 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Gm10459-201ENSMUST00000202708 1155 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Otud7a-201ENSMUST00000058476 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Sgta-201ENSMUST00000005067 1969 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Dnajc2-201ENSMUST00000030771 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Nespas-203ENSMUST00000151472 2248 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Tspan5-201ENSMUST00000029800 6653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Gm12781-201ENSMUST00000146269 395 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Rpl13a-204ENSMUST00000209711 495 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Spata33-206ENSMUST00000212637 569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Snrnp35-201ENSMUST00000031349 1115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Mrps6-201ENSMUST00000047429 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 4933402J07Rik-201ENSMUST00000093342 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Rimklb-201ENSMUST00000068242 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Rprd1b-207ENSMUST00000152452 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Smarcc1-207ENSMUST00000199896 5773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Gm10300-201ENSMUST00000094662 2296 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Ubr5-201ENSMUST00000110336 9242 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Anapc5-218ENSMUST00000200645 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Rhbdd3-202ENSMUST00000101610 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Pitx2-207ENSMUST00000174661 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Skp1a-203ENSMUST00000109072 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Lhx8-205ENSMUST00000205251 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Senp2-201ENSMUST00000023561 4499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 2810408A11Rik-204ENSMUST00000108621 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Rapgef3os1-201ENSMUST00000149373 483 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Has3-202ENSMUST00000175987 1154 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Gm37722-201ENSMUST00000193757 208 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Nudt21-204ENSMUST00000212981 1184 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Imp3-201ENSMUST00000034827 924 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Med29-201ENSMUST00000003536 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Crocc-211ENSMUST00000168157 6244 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Crocc-201ENSMUST00000040222 6248 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Dixdc1-207ENSMUST00000121634 2420 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Nrxn2-204ENSMUST00000113461 5505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Lman2l-202ENSMUST00000115011 2290 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Ttc34-203ENSMUST00000207854 4733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Tbc1d9-202ENSMUST00000093393 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Lifr-202ENSMUST00000164529 2844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 9330111N05Rik-202ENSMUST00000181043 2449 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Dcps-202ENSMUST00000119847 1445 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Zswim8-208ENSMUST00000224751 5951 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Arhgef9-208ENSMUST00000128565 2285 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Gm19569-202ENSMUST00000184658 1305 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Gm10358-201ENSMUST00000212864 1250 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 1700022H01Rik-201ENSMUST00000219142 387 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 AC154471.1-201ENSMUST00000224418 436 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Wnk2-210ENSMUST00000162403 6147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 4833445I07Rik-201ENSMUST00000193193 1642 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Ddx39b-203ENSMUST00000173731 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Zdhhc6-207ENSMUST00000224897 2168 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Ciz1-201ENSMUST00000048964 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Il9r-204ENSMUST00000142396 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Pkp4-210ENSMUST00000168631 4484 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Il17rb-202ENSMUST00000122205 2094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Proca1-203ENSMUST00000108317 1359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Tmem136-202ENSMUST00000213544 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Plekhm2-202ENSMUST00000084203 4136 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Spg21-202ENSMUST00000213957 1302 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Mdfi-203ENSMUST00000113280 1281 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Calu-207ENSMUST00000173216 673 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Acaa1a-203ENSMUST00000175743 1219 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Acaa1a-207ENSMUST00000176397 996 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Gm27704-201ENSMUST00000185094 107 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Gm17808-201ENSMUST00000200859 894 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Ndufs7-201ENSMUST00000020361 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Gm44973-201ENSMUST00000207050 1003 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Nthl1-201ENSMUST00000047611 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 C1qbp-201ENSMUST00000078528 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Hikeshi-206ENSMUST00000153470 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Asap2-202ENSMUST00000064595 5678 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Cenpw-201ENSMUST00000099985 1532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Atp9a-211ENSMUST00000178504 3668 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Tm7sf2-201ENSMUST00000025713 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Itgb1bp1-201ENSMUST00000076260 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Agpat3-201ENSMUST00000001240 5980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Ahcyl2-202ENSMUST00000102995 5155 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Camkk2-211ENSMUST00000200109 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Rarb-207ENSMUST00000225921 2756 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Sfrp2-201ENSMUST00000029625 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Flt3l-206ENSMUST00000210197 834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Ak6-201ENSMUST00000022135 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Pym1-201ENSMUST00000065210 1156 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 4933427J07Rik-201ENSMUST00000156275 1533 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Cxcl14-202ENSMUST00000224801 1467 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
Rab11fip3Q8CHD8 Herpud2-201ENSMUST00000008573 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.9 ms