Protein–RNA interactions for Protein: Q3V0C5

Usp48, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 48, mousemouse

Predictions only

Length 1,052 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp48Q3V0C5 Zfp804a-201ENSMUST00000047527 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Vsig10-201ENSMUST00000086464 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Runx1t1-201ENSMUST00000006761 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Tsnax-202ENSMUST00000212603 2169 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Prdm6-203ENSMUST00000115399 2227 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Rps27a-202ENSMUST00000102845 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Dpy30-201ENSMUST00000112571 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Gm3331-201ENSMUST00000183423 1017 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Upk3a-201ENSMUST00000023070 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Agfg2-202ENSMUST00000100544 2858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Ppp2ca-201ENSMUST00000020608 7102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Gpsm3-201ENSMUST00000038244 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Hes6-201ENSMUST00000086851 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Otud7a-201ENSMUST00000058476 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Cpsf4-207ENSMUST00000162244 1387 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 1700018L02Rik-201ENSMUST00000187897 2485 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 1600012H06Rik-201ENSMUST00000052691 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Rpp25-201ENSMUST00000080514 1423 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Eif3j2-201ENSMUST00000057110 2379 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 3110043O21Rik-203ENSMUST00000108127 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Rbms1-209ENSMUST00000164147 2543 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Mrpl15-203ENSMUST00000130201 1894 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Pcdhac2-201ENSMUST00000047479 5888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Zfp219-204ENSMUST00000226522 2804 ntAPPRIS P2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Tulp1-201ENSMUST00000041819 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Mthfd2-201ENSMUST00000005810 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Prkcz-203ENSMUST00000105624 694 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Znhit2-201ENSMUST00000162726 1281 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Rpl14-201ENSMUST00000165532 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Gm43791-201ENSMUST00000202914 468 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Gm18115-201ENSMUST00000221209 621 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Hist1h2af-201ENSMUST00000073261 399 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Rnf208-202ENSMUST00000114355 1333 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Pdgfa-203ENSMUST00000110896 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Gm7854-202ENSMUST00000187409 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Bin2-204ENSMUST00000182775 1908 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 AC163637.2-201ENSMUST00000213826 1945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Rd3-201ENSMUST00000175680 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Aatk-203ENSMUST00000103020 5687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Mtrf1l-201ENSMUST00000019908 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Prob1-203ENSMUST00000190196 4888 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Spdya-202ENSMUST00000124001 1247 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Gm12963-201ENSMUST00000131846 783 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Gm16105-201ENSMUST00000156926 697 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Gm26661-201ENSMUST00000181025 471 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Pdxk-ps-203ENSMUST00000183934 680 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Gm38948-201ENSMUST00000210035 688 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Exosc5-201ENSMUST00000079634 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Mrpl37-201ENSMUST00000030365 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Mtx1-201ENSMUST00000073572 1617 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Ddx59-201ENSMUST00000027655 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Htr6-202ENSMUST00000105802 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Sqstm1-201ENSMUST00000015981 2673 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Wac-207ENSMUST00000167020 5208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Skap1-203ENSMUST00000100521 1539 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Skap1-204ENSMUST00000103154 1507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Cpeb2-204ENSMUST00000166713 6846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Otx2os1-206ENSMUST00000228153 787 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Rpl36al-201ENSMUST00000054544 526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Gm16897-201ENSMUST00000180780 2492 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Trim24-201ENSMUST00000031859 4042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Lysmd4-209ENSMUST00000208998 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Ddit4-201ENSMUST00000020308 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Cyp26c1-201ENSMUST00000073391 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 C1ql3-201ENSMUST00000061545 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Plxdc1-202ENSMUST00000107564 619 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Tmsb10-202ENSMUST00000114049 690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Gm11355-201ENSMUST00000121120 306 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Pih1d2-201ENSMUST00000000171 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 D830030K20Rik-204ENSMUST00000225885 1142 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Txndc5-201ENSMUST00000035988 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Efnb2-201ENSMUST00000001319 4793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 9330111N05Rik-202ENSMUST00000181043 2449 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 4933427J07Rik-201ENSMUST00000156275 1533 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 Myrip-201ENSMUST00000048121 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Usp48Q3V0C5 A930024E05Rik-201ENSMUST00000148466 1896 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Fam109a-201ENSMUST00000056654 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Gm14964-202ENSMUST00000149574 716 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Slc19a2-204ENSMUST00000169394 894 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Rbm4-203ENSMUST00000178615 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Icmt-201ENSMUST00000048892 4919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Krt77-201ENSMUST00000087996 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Eva1c-202ENSMUST00000099543 1554 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Ppm1a-201ENSMUST00000021514 7668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Scrib-202ENSMUST00000063747 5440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Srpx-202ENSMUST00000115543 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Flg-207ENSMUST00000180293 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Thoc7-201ENSMUST00000065865 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Btnl9-201ENSMUST00000046522 5273 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Six3-203ENSMUST00000176081 3680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Raver2-201ENSMUST00000038463 4045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Trmo-202ENSMUST00000086563 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Gm43702-201ENSMUST00000198772 2546 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Itm2c-203ENSMUST00000185569 1465 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Egln2-202ENSMUST00000108382 1756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Smim15-205ENSMUST00000225972 2097 ntAPPRIS P1 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Hoxa10-201ENSMUST00000121043 1436 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Alas2-201ENSMUST00000066337 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Fam20c-201ENSMUST00000026972 3582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp48Q3V0C5 Fam171a1-204ENSMUST00000115099 4149 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.4 ms