Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Snx27-202ENSMUST00000107283 3531 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Ankrd63-201ENSMUST00000104937 4861 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Ptpn5-201ENSMUST00000033142 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Gm26596-201ENSMUST00000180464 2655 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Cct4-201ENSMUST00000020562 1634 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Stx18-201ENSMUST00000031008 1471 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Tmed3-201ENSMUST00000058488 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Nkpd1-202ENSMUST00000207576 2916 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Blmh-201ENSMUST00000021197 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Coro2a-202ENSMUST00000107756 4154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Tmem170-201ENSMUST00000034431 3878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Zfp446-202ENSMUST00000108535 2594 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Snx25-203ENSMUST00000110378 3445 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Gm11249-201ENSMUST00000117071 859 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Gm12356-201ENSMUST00000122854 353 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Gm19426-201ENSMUST00000181711 726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Zcchc13-201ENSMUST00000033692 1085 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Gm26755-201ENSMUST00000180703 2657 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Six3os1-212ENSMUST00000177220 5601 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Depdc7-201ENSMUST00000028595 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Wnt1-201ENSMUST00000023734 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Trmt2a-202ENSMUST00000100099 2235 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Azi2-207ENSMUST00000134433 2499 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Mrpl57-201ENSMUST00000022538 2877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Clvs2-201ENSMUST00000019920 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Esx1-201ENSMUST00000074698 1600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Gm15853-202ENSMUST00000195518 2041 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Fev-201ENSMUST00000068631 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Nrsn1-204ENSMUST00000167305 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Tubgcp4-203ENSMUST00000110658 4250 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Bhlhe41-201ENSMUST00000032386 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Lrp6-201ENSMUST00000032322 9368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Pacsin3-203ENSMUST00000111349 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Eif4enif1-203ENSMUST00000110049 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Dmtn-201ENSMUST00000022694 5418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Spc24-205ENSMUST00000217382 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Ccdc107-201ENSMUST00000030181 817 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Snapc3-202ENSMUST00000071544 942 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 8030462N17Rik-201ENSMUST00000074653 3418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Il4i1-201ENSMUST00000033015 2048 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Aaed1-202ENSMUST00000220895 2858 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Slc10a4-201ENSMUST00000031127 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 F2rl1-201ENSMUST00000022185 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Tgif1-209ENSMUST00000166395 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Creld1-201ENSMUST00000032422 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Trim41-201ENSMUST00000047145 3432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Echs1-201ENSMUST00000026538 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Angptl6-201ENSMUST00000043726 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Gm45472-201ENSMUST00000211295 1426 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Gm37166-201ENSMUST00000195473 2474 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Piezo2-201ENSMUST00000046860 2849 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Tle4-201ENSMUST00000052011 4555 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Pacsin1-204ENSMUST00000114873 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Tlcd1-203ENSMUST00000108338 714 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Snca-201ENSMUST00000114268 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Zfp467-208ENSMUST00000114564 626 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Josd2-205ENSMUST00000120852 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 2900072N19Rik-201ENSMUST00000123840 806 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Foxq1-201ENSMUST00000042118 4843 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Lrrtm1-202ENSMUST00000159616 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Prr22-201ENSMUST00000168666 1350 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Tfdp2-206ENSMUST00000185644 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Foxp1-225ENSMUST00000177229 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Fez2-201ENSMUST00000070039 1939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lire1P11260 Otud5-202ENSMUST00000115665 3821 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Jade2-202ENSMUST00000109090 6230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Mpped2-202ENSMUST00000111063 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Dbr1-201ENSMUST00000066650 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Fbxo30-201ENSMUST00000070300 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Cenps-202ENSMUST00000105695 544 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Cacng6-201ENSMUST00000108647 868 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Mir1199-201ENSMUST00000117015 119 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Gm20390-201ENSMUST00000170303 991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Lire1P11260 H2-K2-201ENSMUST00000174250 1049 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
Lire1P11260 AC153881.1-201ENSMUST00000214448 284 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Id1-201ENSMUST00000038368 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Chuk-202ENSMUST00000119591 3481 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Rbpms-213ENSMUST00000191473 2547 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Dhx30-224ENSMUST00000200066 4623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Lire1P11260 4930560O18Rik-201ENSMUST00000207051 1595 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Nfe2-210ENSMUST00000156927 1608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Tcp1-201ENSMUST00000089024 1902 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Rab11fip4-201ENSMUST00000017783 7156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Dexi-203ENSMUST00000184863 2537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Msl1-204ENSMUST00000107487 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Lrp8-201ENSMUST00000030356 4555 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Phtf1-201ENSMUST00000055425 3060 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Hivep3-201ENSMUST00000084306 2973 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Ldlrad4-201ENSMUST00000063775 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Negr1-203ENSMUST00000106065 1953 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 P2rx4-202ENSMUST00000081554 1887 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Klk9-201ENSMUST00000005891 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Gm20878-202ENSMUST00000108028 339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Gm13158-201ENSMUST00000122007 736 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 9130019P16Rik-203ENSMUST00000185712 650 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Atp23-201ENSMUST00000026504 903 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Usf3-201ENSMUST00000088356 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Gm8909-202ENSMUST00000097335 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Nudt4-201ENSMUST00000020217 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Lire1P11260 Ankrd13b-201ENSMUST00000037593 3105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.8 ms