Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Cyp2r1-201ENSMUST00000032908 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Myb-201ENSMUST00000020158 3074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Dtx2-204ENSMUST00000111145 2493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Tlcd1-203ENSMUST00000108338 714 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Zfp467-208ENSMUST00000114564 626 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Npm3-ps1-201ENSMUST00000119728 528 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Ost4-201ENSMUST00000132034 576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Gm6576-201ENSMUST00000169678 883 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Npm3-201ENSMUST00000070215 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Tmem91-201ENSMUST00000079439 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Wdr33-202ENSMUST00000082319 1152 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Tm7sf3-201ENSMUST00000037709 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Tspan10-201ENSMUST00000044105 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Slc35g2-201ENSMUST00000093792 1590 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Ttpal-202ENSMUST00000109408 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Tbxas1-201ENSMUST00000003017 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 9930012K11Rik-201ENSMUST00000058240 1986 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Prdm6-201ENSMUST00000091900 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Fmr1-201ENSMUST00000088546 4409 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 CT010444.2-201ENSMUST00000217877 1629 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Mapre3-201ENSMUST00000031058 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 A730089K16Rik-201ENSMUST00000194526 2427 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Apbb1-214ENSMUST00000189378 2878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Tex30-204ENSMUST00000128190 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Mir2861-201ENSMUST00000175539 82 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Eloc-203ENSMUST00000185771 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Gm8969-201ENSMUST00000199694 526 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Gm42545-201ENSMUST00000202755 922 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Ube2a-208ENSMUST00000202812 719 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Tbc1d7-201ENSMUST00000021797 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Lancl2-202ENSMUST00000072954 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Irgc1-204ENSMUST00000205776 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Ppp2r5d-201ENSMUST00000002839 2926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Wnt4-201ENSMUST00000045747 4194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Lmtk2-201ENSMUST00000041804 8114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Pmpcb-201ENSMUST00000030882 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Zbtb9-201ENSMUST00000120016 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Csnk1g3-201ENSMUST00000069597 4394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Abhd10-201ENSMUST00000066983 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Adam15-203ENSMUST00000107446 1686 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 8030462N17Rik-201ENSMUST00000074653 3418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Gm44618-201ENSMUST00000208431 2262 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Nfib-204ENSMUST00000107246 3075 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Mir1199-201ENSMUST00000117015 119 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Arl4aos-201ENSMUST00000135883 748 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Zfp943-202ENSMUST00000153985 1598 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Gm43183-201ENSMUST00000200632 547 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Nme4-201ENSMUST00000025007 912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Mpst-201ENSMUST00000043865 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Tmem81-201ENSMUST00000058167 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Nelfb-201ENSMUST00000059849 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Ankdd1a-201ENSMUST00000061766 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Ddx19a-201ENSMUST00000040416 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Bean1-201ENSMUST00000093245 3199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Nrxn1-217ENSMUST00000174337 3021 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Psmd4-202ENSMUST00000107237 1332 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Hoxb4-201ENSMUST00000049241 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Cdc14b-203ENSMUST00000109770 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Dach1-201ENSMUST00000069334 5063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Gm27029-202ENSMUST00000107259 1855 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Ociad2-202ENSMUST00000200776 2359 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Lat2-202ENSMUST00000077636 1717 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Bend6-202ENSMUST00000115161 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Actr3-201ENSMUST00000027579 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Ttc6-203ENSMUST00000172939 5782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Pitx2-207ENSMUST00000174661 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Polr3gl-201ENSMUST00000091924 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Rtn4-204ENSMUST00000102842 2257 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Gm42417-201ENSMUST00000191849 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Usp47-201ENSMUST00000106653 5540 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 9130019P16Rik-203ENSMUST00000185712 650 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Gm36736-201ENSMUST00000206060 646 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Scarf2-201ENSMUST00000012161 3302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Olfr94-203ENSMUST00000222190 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Ptpdc1-204ENSMUST00000222028 3164 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Ncoa5-201ENSMUST00000040381 3179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Phtf1-203ENSMUST00000090685 3006 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Stx18-201ENSMUST00000031008 1471 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Pigl-201ENSMUST00000014389 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Sh3glb1-202ENSMUST00000198254 5945 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Clstn2-201ENSMUST00000035027 4365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Usp21-202ENSMUST00000111305 2278 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Tcf7l2-203ENSMUST00000111646 2839 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Cisd2-202ENSMUST00000120988 1363 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Pgm3-202ENSMUST00000072585 1920 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Bicc1-203ENSMUST00000143791 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Anp32a-201ENSMUST00000085519 2113 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Racgap1-213ENSMUST00000171702 3052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Kbtbd11-201ENSMUST00000069399 6973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Gm10654-201ENSMUST00000098653 1633 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Naf1-201ENSMUST00000118009 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Acsl3-205ENSMUST00000142704 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Tsks-201ENSMUST00000080233 1806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Polr3d-201ENSMUST00000000793 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Dnaaf5-203ENSMUST00000196441 2426 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Plppr2-201ENSMUST00000046371 2626 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 2510002D24Rik-204ENSMUST00000191388 995 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Smim10l1-204ENSMUST00000191462 574 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Gm37292-201ENSMUST00000192062 758 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim3Q9R1R2 Stard10-211ENSMUST00000210192 1258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.6 ms