Protein–RNA interactions for Protein: P59708

Sf3b6, Splicing factor 3B subunit 6, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 125 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b6P59708 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Sf3b6P59708 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Sf3b6P59708 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Sf3b6P59708 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
Sf3b6P59708 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Sf3b6P59708 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
Sf3b6P59708 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Sf3b6P59708 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Sf3b6P59708 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Sf3b6P59708 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Sf3b6P59708 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Sf3b6P59708 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Sf3b6P59708 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Sf3b6P59708 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Sf3b6P59708 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Sf3b6P59708 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Sf3b6P59708 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Sf3b6P59708 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Sf3b6P59708 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Sf3b6P59708 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 118.1 ms