Protein–RNA interactions for Protein: E9PWQ3

Col6a3, Collagen, type VI, alpha 3, mousemouse

Predictions only

Length 3,284 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a3E9PWQ3 Stbd1-202ENSMUST00000200941 523 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Arpp19-206ENSMUST00000168301 599 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Gm16437-201ENSMUST00000025669 507 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Gm15820-201ENSMUST00000201566 728 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Nek6-202ENSMUST00000112895 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Col6a3E9PWQ3 Polr1d-201ENSMUST00000050970 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Col6a3E9PWQ3 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Col6a3E9PWQ3 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Col6a3E9PWQ3 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Col6a3E9PWQ3 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Col6a3E9PWQ3 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Col6a3E9PWQ3 1700097N02Rik-201ENSMUST00000188852 845 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Col6a3E9PWQ3 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Col6a3E9PWQ3 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col6a3E9PWQ3 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col6a3E9PWQ3 Spryd7-202ENSMUST00000100496 1459 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Col6a3E9PWQ3 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Col6a3E9PWQ3 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Col6a3E9PWQ3 Gm5522-201ENSMUST00000189483 1242 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
Col6a3E9PWQ3 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Col6a3E9PWQ3 Crct1-201ENSMUST00000029521 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Col6a3E9PWQ3 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
Col6a3E9PWQ3 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Col6a3E9PWQ3 Pkig-202ENSMUST00000099105 640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Col6a3E9PWQ3 Gm15918-201ENSMUST00000137259 689 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Col6a3E9PWQ3 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
Col6a3E9PWQ3 Gm29442-201ENSMUST00000188725 724 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col6a3E9PWQ3 Rps24-207ENSMUST00000224568 714 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
Col6a3E9PWQ3 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col6a3E9PWQ3 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col6a3E9PWQ3 Mt2-201ENSMUST00000034214 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col6a3E9PWQ3 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col6a3E9PWQ3 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col6a3E9PWQ3 Scand1-201ENSMUST00000079125 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col6a3E9PWQ3 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.63
Col6a3E9PWQ3 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
Col6a3E9PWQ3 Zfp703-201ENSMUST00000127097 587 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
Col6a3E9PWQ3 Mrps15-201ENSMUST00000030675 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col6a3E9PWQ3 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Col6a3E9PWQ3 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
Col6a3E9PWQ3 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Col6a3E9PWQ3 Hagh-201ENSMUST00000024974 1101 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Col6a3E9PWQ3 Crlf2-201ENSMUST00000044579 1323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col6a3E9PWQ3 Ost4-202ENSMUST00000132253 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col6a3E9PWQ3 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Col6a3E9PWQ3 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Col6a3E9PWQ3 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Col6a3E9PWQ3 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Col6a3E9PWQ3 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Col6a3E9PWQ3 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
Col6a3E9PWQ3 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Col6a3E9PWQ3 Pde6d-203ENSMUST00000146220 879 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Col6a3E9PWQ3 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Col6a3E9PWQ3 Krtap17-1-201ENSMUST00000105049 761 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Col6a3E9PWQ3 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Col6a3E9PWQ3 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
Col6a3E9PWQ3 Tbr1-202ENSMUST00000102737 1406 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Col6a3E9PWQ3 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Col6a3E9PWQ3 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Col6a3E9PWQ3 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Col6a3E9PWQ3 Msrb1-201ENSMUST00000101800 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Col6a3E9PWQ3 Dusp15-201ENSMUST00000037715 715 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Col6a3E9PWQ3 Gm45102-201ENSMUST00000207427 857 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
Col6a3E9PWQ3 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Col6a3E9PWQ3 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Col6a3E9PWQ3 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC25.08■■□□□ 1.6
Col6a3E9PWQ3 Socs2-202ENSMUST00000119917 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col6a3E9PWQ3 Phf2os1-201ENSMUST00000123212 498 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col6a3E9PWQ3 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Col6a3E9PWQ3 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Col6a3E9PWQ3 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Col6a3E9PWQ3 Rp9-201ENSMUST00000034763 1134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Col6a3E9PWQ3 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col6a3E9PWQ3 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col6a3E9PWQ3 Pfdn4-204ENSMUST00000109148 736 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col6a3E9PWQ3 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col6a3E9PWQ3 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
Col6a3E9PWQ3 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col6a3E9PWQ3 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col6a3E9PWQ3 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Col6a3E9PWQ3 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Col6a3E9PWQ3 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Col6a3E9PWQ3 Gm14117-201ENSMUST00000122417 843 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
Col6a3E9PWQ3 Gm26917-201ENSMUST00000182520 869 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
Col6a3E9PWQ3 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Col6a3E9PWQ3 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Col6a3E9PWQ3 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Col6a3E9PWQ3 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Col6a3E9PWQ3 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Col6a3E9PWQ3 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.6 ms