Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Ube2b-202ENSMUST00000109086 585 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Pi16-201ENSMUST00000114699 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Atraid-201ENSMUST00000013766 966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Gm8495-201ENSMUST00000188740 694 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Gm40460-201ENSMUST00000211591 735 ntAPPRIS P1 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Arl10-201ENSMUST00000026988 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Tceanc2-201ENSMUST00000030362 935 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Puf60-201ENSMUST00000002599 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Clip2-202ENSMUST00000100647 4994 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Zbtb9-201ENSMUST00000120016 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Gm45244-201ENSMUST00000211328 2200 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Pacsin3-215ENSMUST00000168916 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Pacsin3-201ENSMUST00000028694 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Gjb3-201ENSMUST00000046532 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Inpp5f-201ENSMUST00000043138 4734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Cyb5a-204ENSMUST00000160180 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Fam213a-202ENSMUST00000118466 1567 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 2010016I18Rik-204ENSMUST00000190356 1562 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Zdhhc24-201ENSMUST00000006632 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Gm16386-201ENSMUST00000181397 1423 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Rpl27-202ENSMUST00000107249 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Boll-203ENSMUST00000159398 658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Tmem234-215ENSMUST00000173758 453 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
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Use1Q9CQ56 Gnb5-201ENSMUST00000076889 1188 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Selenom-201ENSMUST00000094469 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Clk4-201ENSMUST00000093132 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 P2rx5-201ENSMUST00000006104 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Arf1-202ENSMUST00000163300 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Fam171a2-201ENSMUST00000049057 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Kbtbd11-201ENSMUST00000069399 6973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
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Use1Q9CQ56 Scube2-202ENSMUST00000106728 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Xpo6-213ENSMUST00000168189 4552 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Rhod-202ENSMUST00000117462 1495 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Tm2d3-202ENSMUST00000065574 1478 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Ddx39b-201ENSMUST00000068056 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Cep68-204ENSMUST00000162811 2788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Coro1a-209ENSMUST00000173108 1170 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Axin1-203ENSMUST00000163421 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Aspscr1-205ENSMUST00000106160 1550 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 1810010K12Rik-201ENSMUST00000070378 1324 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Gm37820-201ENSMUST00000194021 2147 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Olfr94-203ENSMUST00000222190 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Synpo-206ENSMUST00000130360 5159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Mapkapk3-201ENSMUST00000035194 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Lrrc43-202ENSMUST00000121444 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Rai1-201ENSMUST00000064190 7348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 5031425F14Rik-201ENSMUST00000127920 2098 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Mag-201ENSMUST00000040548 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Dhx32-203ENSMUST00000106139 2233 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 St3gal3-203ENSMUST00000106410 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
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Use1Q9CQ56 Dmrta2os-202ENSMUST00000141893 691 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Cracr2b-207ENSMUST00000170879 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Mir2861-201ENSMUST00000175539 82 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Zfp428-203ENSMUST00000177205 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Krtcap3-205ENSMUST00000201625 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Gm16475-201ENSMUST00000207306 512 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Nme4-201ENSMUST00000025007 912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Wasl-202ENSMUST00000041737 1298 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Cystm1-201ENSMUST00000050584 831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Fam57b-207ENSMUST00000207020 1777 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Zc3h14-203ENSMUST00000110104 3146 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Arhgef25-212ENSMUST00000222006 1896 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Arhgap42-201ENSMUST00000093893 6116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Jade2-202ENSMUST00000109090 6230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Actr3-201ENSMUST00000027579 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Mrpl9-202ENSMUST00000196143 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 St8sia1-201ENSMUST00000032421 8991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Trabd-201ENSMUST00000081702 2439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Adamtsl5-202ENSMUST00000105352 989 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Gm11927-201ENSMUST00000118472 759 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Gm27405-201ENSMUST00000184201 112 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Gm36210-201ENSMUST00000210663 1279 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Nrn1l-201ENSMUST00000060167 617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Use1Q9CQ56 Pcsk5-202ENSMUST00000050715 5783 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29 ms