Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Tsacc-202ENSMUST00000107556 584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Tmsb10-202ENSMUST00000114049 690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Pabpc1l2b-ps-201ENSMUST00000124538 690 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Hist1h2bc-201ENSMUST00000018246 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm34391-201ENSMUST00000203706 907 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm10358-201ENSMUST00000212864 1250 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm7213-201ENSMUST00000215977 950 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Hist1h2ba-201ENSMUST00000052776 384 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Cbx1-201ENSMUST00000018810 1824 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 AC123834.2-201ENSMUST00000224038 2340 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Bcl9l-206ENSMUST00000220303 5760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Tgif1-209ENSMUST00000166395 1714 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Kcnk4-201ENSMUST00000025908 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Cdca4-202ENSMUST00000220899 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Dpy19l1-203ENSMUST00000142064 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Epn1-202ENSMUST00000098845 2565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Ccdc149-201ENSMUST00000059428 3295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Kdm1a-202ENSMUST00000105847 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Itga9-201ENSMUST00000044165 7020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Antxr1-201ENSMUST00000042025 5253 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Bex1-203ENSMUST00000113120 718 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm27742-201ENSMUST00000184667 60 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Nudt1-201ENSMUST00000050205 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Nudt1-202ENSMUST00000071881 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Trim71-201ENSMUST00000111816 9332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm7856-201ENSMUST00000117514 1493 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm3020-202ENSMUST00000167430 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm10409-201ENSMUST00000170123 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Ythdc1-202ENSMUST00000119339 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Smad7-201ENSMUST00000026999 4278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm26689-201ENSMUST00000180927 1818 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm26553-201ENSMUST00000181531 1818 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Rragd-203ENSMUST00000098190 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Pgrmc2-201ENSMUST00000058578 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 St7l-201ENSMUST00000059271 5728 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Fam46a-202ENSMUST00000187711 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm19569-202ENSMUST00000184658 1305 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Zfp382-201ENSMUST00000098596 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Syde1-201ENSMUST00000040580 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Anks1b-217ENSMUST00000182550 1868 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Slc19a2-204ENSMUST00000169394 894 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Epsti1-202ENSMUST00000169978 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Flg-202ENSMUST00000178008 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Flg-205ENSMUST00000179250 765 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Flg-206ENSMUST00000179477 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm21887-202ENSMUST00000179760 483 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Tmem178b-203ENSMUST00000180886 712 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 AW822252-206ENSMUST00000208904 237 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Epsti1-203ENSMUST00000227903 1178 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Tsks-202ENSMUST00000120929 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Anks1b-208ENSMUST00000182053 1649 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Espn-203ENSMUST00000070018 1618 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Anxa2-201ENSMUST00000034756 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Man1c1-201ENSMUST00000038628 4285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Tmem260-209ENSMUST00000226422 6333 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Mboat1-201ENSMUST00000047311 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Trak1-209ENSMUST00000210798 5363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Hdgfl3-201ENSMUST00000026094 2865 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Slain2-202ENSMUST00000144843 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm45141-201ENSMUST00000206502 1888 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Mfsd4a-203ENSMUST00000112370 2565 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Chst3-202ENSMUST00000135158 6108 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Nptx1-201ENSMUST00000026670 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Ndufa10-201ENSMUST00000027478 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Fam71b-201ENSMUST00000063166 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 AC108858.1-201ENSMUST00000228461 1498 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Ddx39b-203ENSMUST00000173731 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Vgf-204ENSMUST00000190827 2834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Npb-202ENSMUST00000106194 530 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Npb-203ENSMUST00000106195 542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Ppil3-202ENSMUST00000114345 1175 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Utp23-204ENSMUST00000161651 582 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Ppdpf-201ENSMUST00000016488 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Jagn1-202ENSMUST00000204254 1147 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm44930-202ENSMUST00000208733 689 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm45606-201ENSMUST00000209836 2795 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Hirip3-201ENSMUST00000037248 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Sh3bp1-202ENSMUST00000061239 1917 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Klhl25-201ENSMUST00000092073 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Atp9a-211ENSMUST00000178504 3668 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 A930024E05Rik-201ENSMUST00000148466 1896 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Rasl10b-202ENSMUST00000108140 3156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 0610040J01Rik-201ENSMUST00000081747 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Brpf1-204ENSMUST00000113122 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Tyw5-209ENSMUST00000162686 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Ism1-201ENSMUST00000099307 2944 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Sptbn4-201ENSMUST00000011895 8747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Nudt16-201ENSMUST00000035179 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Pigu-201ENSMUST00000077626 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Bmp8a-202ENSMUST00000102641 1917 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Laptm4b-201ENSMUST00000022867 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Oxct2b-201ENSMUST00000102648 1735 ntAPPRIS P1 BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Fgf20-202ENSMUST00000118639 587 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm24841-201ENSMUST00000158676 357 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm26644-201ENSMUST00000181365 958 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gtf3c2-202ENSMUST00000200871 318 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm44832-201ENSMUST00000208849 2303 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Dctn3-201ENSMUST00000030158 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Ciz1-201ENSMUST00000048964 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Ldlrad1-201ENSMUST00000094916 1093 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.1 ms