Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Rps2-ps11-201ENSMUST00000195283 868 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
Usp4P35123 AC122769.4-201ENSMUST00000228166 901 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
Usp4P35123 a-201ENSMUST00000029123 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Usp4P35123 A530016L24Rik-202ENSMUST00000223266 1547 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Usp4P35123 AC122335.2-201ENSMUST00000213901 6181 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
Usp4P35123 F12-201ENSMUST00000021948 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 4833418N02Rik-202ENSMUST00000146560 1495 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Rragd-201ENSMUST00000029946 5055 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Slc47a1-201ENSMUST00000010267 2639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 H13-204ENSMUST00000125366 5204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Ern1-203ENSMUST00000106800 654 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Speg-204ENSMUST00000113589 833 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Pabpn1-205ENSMUST00000141446 912 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Fam131b-203ENSMUST00000143278 4104 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Rprd1b-207ENSMUST00000152452 1910 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Ptpn5-201ENSMUST00000033142 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Btnl9-201ENSMUST00000046522 5273 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Atp2c1-204ENSMUST00000112558 5642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Zfyve19-201ENSMUST00000090174 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Ppp1r9b-201ENSMUST00000038696 4508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Mpst-201ENSMUST00000043865 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Ap2a2-201ENSMUST00000003038 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Tarbp1-201ENSMUST00000170518 6383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Henmt1-202ENSMUST00000098680 1466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Ets1-201ENSMUST00000034534 5080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Svbp-203ENSMUST00000106345 684 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Mpz-202ENSMUST00000111334 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Kcmf1-206ENSMUST00000206378 544 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Myl6-206ENSMUST00000218127 691 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Gm10812-201ENSMUST00000099864 546 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Relt-201ENSMUST00000008462 2851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Acaa1a-201ENSMUST00000039784 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Pole4-201ENSMUST00000095786 1769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Trim44-201ENSMUST00000102573 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Tmem125-201ENSMUST00000060214 1864 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Nudt4-201ENSMUST00000020217 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Gm21974-201ENSMUST00000126662 2037 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Tgds-201ENSMUST00000022727 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Igdcc3-201ENSMUST00000034961 3146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Eefsec-201ENSMUST00000165242 2679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Rex1bd-206ENSMUST00000136913 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Atp23-202ENSMUST00000168520 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Rab7-206ENSMUST00000203674 424 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Hmga1-204ENSMUST00000118570 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Arrb2-203ENSMUST00000102563 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Gabarap-201ENSMUST00000018711 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Gm20628-201ENSMUST00000177363 3215 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 1600012H06Rik-203ENSMUST00000174004 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 9430097D07Rik-201ENSMUST00000100190 1501 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Lrch3-211ENSMUST00000170899 2752 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Fancg-201ENSMUST00000030165 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Mirt1-201ENSMUST00000180489 5292 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Fbxl12os-202ENSMUST00000136376 2349 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Ctu1-201ENSMUST00000038332 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Mlxip-202ENSMUST00000111596 2653 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Mmd-201ENSMUST00000004050 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Isca1-201ENSMUST00000057115 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Ngly1-201ENSMUST00000022310 2935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Snx3-202ENSMUST00000105499 1057 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Gm15556-201ENSMUST00000122904 663 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Rpl18-202ENSMUST00000209287 1027 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Gpr137b-201ENSMUST00000021738 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Smn1-201ENSMUST00000022147 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Tmem239-201ENSMUST00000055421 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Pdlim5-202ENSMUST00000058626 873 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Cdv3-207ENSMUST00000190226 3107 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Sart3-201ENSMUST00000019118 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Slc35e3-201ENSMUST00000079041 3489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 9330151L19Rik-201ENSMUST00000181850 2545 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Tspan10-201ENSMUST00000044105 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Tor3a-207ENSMUST00000188964 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Cdc123-201ENSMUST00000043864 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Cpeb2-204ENSMUST00000166713 6846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Mid1ip1-201ENSMUST00000008179 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Rpl26-202ENSMUST00000101014 657 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Taz-208ENSMUST00000132437 768 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Gm2990-201ENSMUST00000180662 1118 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Tspan2-203ENSMUST00000196611 682 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Trmt13-210ENSMUST00000198454 880 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Timp4-202ENSMUST00000205131 945 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Gm44672-201ENSMUST00000206944 1098 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Gng10-201ENSMUST00000041160 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Bex2-201ENSMUST00000049130 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Bricd5-201ENSMUST00000054946 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 A230083G16Rik-201ENSMUST00000069553 991 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Wdr20-205ENSMUST00000193053 1351 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Ern1-204ENSMUST00000106801 1957 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Epha10-201ENSMUST00000059343 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Sphk1-201ENSMUST00000063396 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Ppm1d-201ENSMUST00000020835 2899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Plpp6-201ENSMUST00000045674 2859 ntAPPRIS P1 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Guf1-202ENSMUST00000087228 3433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Mtmr3-202ENSMUST00000109943 5674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Sprtn-201ENSMUST00000034467 4464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Shisa2-201ENSMUST00000053949 3119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Lrfn1-202ENSMUST00000108288 3060 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Hivep3-201ENSMUST00000084306 2973 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Katnbl1-201ENSMUST00000028552 2886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Usp4P35123 Tm9sf1-205ENSMUST00000122358 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Usp4P35123 D16Ertd472e-203ENSMUST00000114220 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21 ms