Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Ppp2r2d-207ENSMUST00000155672 1938 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Atg16l2-202ENSMUST00000122116 2083 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 1700025L06Rik-203ENSMUST00000211477 1623 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Gm11750-201ENSMUST00000146016 583 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Fahd2a-201ENSMUST00000028848 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Anapc15-202ENSMUST00000035395 836 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Myl12b-201ENSMUST00000038446 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Lfng-201ENSMUST00000031555 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Snupn-201ENSMUST00000068856 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Pxdc1-202ENSMUST00000053459 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Krt16-201ENSMUST00000007280 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Tubb6-201ENSMUST00000001513 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Gm15165-201ENSMUST00000118140 502 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Tex30-213ENSMUST00000156392 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Gm44450-201ENSMUST00000199528 114 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Timm13-203ENSMUST00000218481 471 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Tesc-201ENSMUST00000031304 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Epc1-202ENSMUST00000050542 565 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Tesmin-201ENSMUST00000025840 2234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Rab40c-207ENSMUST00000167626 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Ovol2-202ENSMUST00000103171 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Ppp1r14c-201ENSMUST00000043374 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 BC021767-201ENSMUST00000126387 1716 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Zscan25-201ENSMUST00000094116 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Ccnd3-202ENSMUST00000171031 2113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Gm15295-201ENSMUST00000139874 488 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Urah-204ENSMUST00000185612 716 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 AV026068-207ENSMUST00000187718 400 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Gm2756-201ENSMUST00000195851 400 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 CT943659.1-201ENSMUST00000215459 326 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Pdcd6-201ENSMUST00000022060 1131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 Pik3ip1-202ENSMUST00000093399 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col18a1P39061 4933433G15Rik-201ENSMUST00000180533 1481 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Gss-203ENSMUST00000130881 1724 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Picalm-212ENSMUST00000208730 3427 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Ccdc50-201ENSMUST00000039443 2192 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Ptges3-201ENSMUST00000052798 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Tpm1-215ENSMUST00000113705 1759 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Taz-202ENSMUST00000114180 1786 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Tagln-201ENSMUST00000034590 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Auts2-212ENSMUST00000178555 309 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Gm26768-201ENSMUST00000181097 966 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Gm26517-201ENSMUST00000181279 1172 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Gm32050-201ENSMUST00000209793 638 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Ern1-204ENSMUST00000106801 1957 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Dbi-207ENSMUST00000151708 491 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Fcnb-201ENSMUST00000028179 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Gm11127-201ENSMUST00000113742 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Ap2s1-204ENSMUST00000205607 372 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Npcd-201ENSMUST00000023060 1162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Rad51d-203ENSMUST00000092844 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Naa60-212ENSMUST00000186375 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Cln5-201ENSMUST00000022721 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Slc25a35-202ENSMUST00000102606 1828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Cbfb-201ENSMUST00000052209 2883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 AC154527.4-201ENSMUST00000224364 1667 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Crct1-202ENSMUST00000107301 460 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Znhit1-204ENSMUST00000111091 1070 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Znhit1-206ENSMUST00000156963 1208 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Hint3-203ENSMUST00000161074 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Gm44107-201ENSMUST00000203242 573 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Gm18421-201ENSMUST00000204122 625 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 1110038F14Rik-201ENSMUST00000071792 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Cxcl14-201ENSMUST00000021970 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Spg7-211ENSMUST00000153285 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Snrnp48-201ENSMUST00000091641 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Tenm3-204ENSMUST00000110346 2267 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Gm14494-201ENSMUST00000118786 435 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Gm13312-201ENSMUST00000119631 718 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Gm29456-201ENSMUST00000189894 768 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Lmo1-203ENSMUST00000208136 772 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Srrd-201ENSMUST00000031289 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Rnpc3-203ENSMUST00000106536 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Sfrp4-201ENSMUST00000002883 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Kiz-201ENSMUST00000099278 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Hsf1-205ENSMUST00000227478 2084 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Gm43272-201ENSMUST00000200599 1584 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Tha1-201ENSMUST00000033230 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Negr1-203ENSMUST00000106065 1953 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Acbd4-203ENSMUST00000107040 1959 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Gm7230-201ENSMUST00000173026 815 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Hsd3b2-203ENSMUST00000177651 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Sox2ot-202ENSMUST00000196058 753 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Gm44123-201ENSMUST00000204662 577 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Gm40849-201ENSMUST00000222330 603 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Wdyhv1-204ENSMUST00000226955 1094 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Pfn3-201ENSMUST00000054146 545 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Fam26f-201ENSMUST00000062784 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Nubp1-201ENSMUST00000023146 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Chst8-203ENSMUST00000154629 2079 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Agfg1-205ENSMUST00000187899 2078 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Zic1-202ENSMUST00000065360 2811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Kirrel-201ENSMUST00000041732 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 4930528D03Rik-201ENSMUST00000181528 1339 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Gprc5c-203ENSMUST00000122967 1709 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Ubb-201ENSMUST00000019649 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Qdpr-204ENSMUST00000120867 1234 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col18a1P39061 Mrpl17-201ENSMUST00000033170 1028 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.6 ms