Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Disc1-208ENSMUST00000122389 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Atg16l2-202ENSMUST00000122116 2083 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Rab3ip-201ENSMUST00000020375 2690 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Iqsec2-202ENSMUST00000112604 5967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Neil2-201ENSMUST00000038229 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Clint1-202ENSMUST00000109261 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Fcgrt-201ENSMUST00000003512 1770 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Proca1-203ENSMUST00000108317 1359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Yipf2-203ENSMUST00000180365 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Slc25a16-201ENSMUST00000044977 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Pigu-201ENSMUST00000077626 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Map3k7cl-201ENSMUST00000026700 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 A230050P20Rik-201ENSMUST00000043911 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Kcns2-201ENSMUST00000072868 5456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Pqlc1-201ENSMUST00000070135 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Gm26781-201ENSMUST00000181385 1477 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Ssu72-201ENSMUST00000030905 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Pdcd5-202ENSMUST00000120714 767 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Asnsd1-202ENSMUST00000123519 983 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Gm14453-201ENSMUST00000139677 553 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 4930544D05Rik-204ENSMUST00000180052 755 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Gm7791-201ENSMUST00000219066 539 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Efcab11-207ENSMUST00000223114 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Lsm10-201ENSMUST00000055575 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Tbpl1-201ENSMUST00000095794 1195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Stx2-201ENSMUST00000031378 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Mpdu1-201ENSMUST00000018905 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Nsmf-206ENSMUST00000114388 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Gtf3a-201ENSMUST00000132102 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Lrig1-201ENSMUST00000032105 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Ppfia1-201ENSMUST00000168134 5181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Atxn7-201ENSMUST00000022257 6853 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 1810043G02Rik-201ENSMUST00000105397 1818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Dolk-201ENSMUST00000100219 2104 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Hist1h2bf-201ENSMUST00000105106 461 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 2410002F23Rik-217ENSMUST00000188111 2131 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Fxr2-201ENSMUST00000018909 2951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Rgcc-201ENSMUST00000022595 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Lce1i-201ENSMUST00000090866 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Usp48-201ENSMUST00000055131 5722 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Praf2-201ENSMUST00000033489 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Pdp1-206ENSMUST00000108302 2525 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Fbxl5-204ENSMUST00000119523 2801 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Nsfl1c-201ENSMUST00000028949 1364 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Crocc-203ENSMUST00000102491 6582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Arhgef1-204ENSMUST00000117796 3508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Lrfn4-202ENSMUST00000113822 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Ccnd3-215ENSMUST00000183044 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Mirt1-201ENSMUST00000180489 5292 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Cacnb1-204ENSMUST00000107561 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Farsa-201ENSMUST00000003906 1826 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Nkx3-1P97436 Usp21-201ENSMUST00000065941 2219 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Phldb3-201ENSMUST00000073325 2273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Gm6093-201ENSMUST00000221792 1623 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Lce1j-201ENSMUST00000107304 420 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Ndufb11-201ENSMUST00000116621 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Mzt2-202ENSMUST00000117136 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Gm29791-202ENSMUST00000207888 369 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Stx3-208ENSMUST00000211641 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 AC130711.1-201ENSMUST00000224277 906 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Erlin1-202ENSMUST00000112028 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Plxnd1-201ENSMUST00000015511 6907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 1300014J16Rik-201ENSMUST00000219015 1337 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Stim2-204ENSMUST00000201469 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Gm9774-202ENSMUST00000192538 1392 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Chtop-203ENSMUST00000076639 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Csf3-201ENSMUST00000038886 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 P2ry2-204ENSMUST00000207916 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Gm7609-201ENSMUST00000113402 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Rasgef1a-201ENSMUST00000164960 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Papola-212ENSMUST00000168186 2436 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Scrib-201ENSMUST00000002603 5599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 4430402I18Rik-205ENSMUST00000162110 1559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Smarca4-201ENSMUST00000034707 6354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Phf20l1-201ENSMUST00000048188 6670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Rpap3-201ENSMUST00000023104 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Mpig6b-201ENSMUST00000097337 2252 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Krt80-201ENSMUST00000077196 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Gm13474-201ENSMUST00000122466 815 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Zfp629-206ENSMUST00000132524 215 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Steap1-201ENSMUST00000015796 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Hint2-201ENSMUST00000030192 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Hoxa6-201ENSMUST00000062829 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 2310039H08Rik-201ENSMUST00000071430 773 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Zfp689-202ENSMUST00000106299 1417 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Ptges3l-202ENSMUST00000103102 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Csf1-203ENSMUST00000120243 2097 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Vsig10-201ENSMUST00000086464 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Dock3-201ENSMUST00000044532 9063 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Cyp4f16-201ENSMUST00000003416 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Mrpl9-201ENSMUST00000029786 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Tmem196-201ENSMUST00000058644 1678 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Arfrp1-209ENSMUST00000170190 2483 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Nlrp5-ps-201ENSMUST00000044683 1913 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Pard3-209ENSMUST00000160272 5815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Krt86-201ENSMUST00000088049 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Frrs1l-201ENSMUST00000053681 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Fbxl5-201ENSMUST00000047857 2858 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Phox2b-202ENSMUST00000174251 1177 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.1 ms