Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Socs2-202ENSMUST00000119917 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
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Rnf40Q3U319 Trim8-201ENSMUST00000026008 3230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Rnf40Q3U319 Adgrb2-204ENSMUST00000106015 4982 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Rnf40Q3U319 Dhx32-203ENSMUST00000106139 2233 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
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Rnf40Q3U319 Fam72a-201ENSMUST00000068613 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Rnf40Q3U319 Cnppd1-208ENSMUST00000190679 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Rnf40Q3U319 Psen2-205ENSMUST00000111108 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Rnf40Q3U319 Itgb1bp1-201ENSMUST00000076260 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Rnf40Q3U319 Chka-202ENSMUST00000072055 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Rnf40Q3U319 Zswim8-201ENSMUST00000022358 6073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Rnf40Q3U319 Rnf44-208ENSMUST00000128257 1689 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
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Rnf40Q3U319 C230062I16Rik-202ENSMUST00000207746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
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Rnf40Q3U319 Rhobtb1-202ENSMUST00000067908 4422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Rnf40Q3U319 Lypd3-201ENSMUST00000080718 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Rnf40Q3U319 Lrrtm1-203ENSMUST00000161677 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
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Rnf40Q3U319 1810013L24Rik-201ENSMUST00000023150 4066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Rnf40Q3U319 Prkcb-201ENSMUST00000064921 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Rnf40Q3U319 Zbtb2-201ENSMUST00000100077 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
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Rnf40Q3U319 Pcbp1-201ENSMUST00000053015 1830 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
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Rnf40Q3U319 Gm10516-201ENSMUST00000180598 2615 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Vstm2b-203ENSMUST00000205845 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Inpp5e-202ENSMUST00000114090 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
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Rnf40Q3U319 Nt5c3b-204ENSMUST00000107398 1635 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Glt28d2-201ENSMUST00000033643 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Pdf-201ENSMUST00000055316 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
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Rnf40Q3U319 Cactin-201ENSMUST00000050867 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Slc13a3-202ENSMUST00000109279 3131 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Espn-205ENSMUST00000084114 1645 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Hipk2-206ENSMUST00000161779 7684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Samd4-211ENSMUST00000228404 3039 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Klf5-201ENSMUST00000005279 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Stk32c-202ENSMUST00000165870 1883 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Il17rb-202ENSMUST00000122205 2094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Cacna1b-204ENSMUST00000102939 9736 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Igsf8-201ENSMUST00000039506 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Prelid3a-201ENSMUST00000025411 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Chst2-201ENSMUST00000036267 7328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Prpsap1-201ENSMUST00000106391 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Xpo4-209ENSMUST00000174545 8680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
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Rnf40Q3U319 Camkk2-202ENSMUST00000196742 1084 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Gm9922-201ENSMUST00000066461 435 ntAPPRIS P1 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.6 ms