Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Gm42922-201ENSMUST00000195887 2078 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 Setdb2-202ENSMUST00000111253 1774 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 Mettl4-ps1-202ENSMUST00000130218 1323 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 Ppp1r1b-204ENSMUST00000137634 1343 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 Ctdsp2-202ENSMUST00000105256 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 Gm7628-201ENSMUST00000134690 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 Aig1-205ENSMUST00000162610 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 Rcc1-202ENSMUST00000084250 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 Gm1673-202ENSMUST00000114382 451 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 Lyzl4-202ENSMUST00000120918 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 Zfas1-205ENSMUST00000189909 738 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 Arpc4-204ENSMUST00000204802 794 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 Olfr279-201ENSMUST00000050451 933 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 Krcc1-203ENSMUST00000204436 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 Tesmin-201ENSMUST00000025840 2234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 Syt3-203ENSMUST00000120262 2096 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 Pgf-204ENSMUST00000223220 2080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Nkx3-1P97436 4933428P19Rik-201ENSMUST00000199616 1376 ntBASIC15.21■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Atxn7l2-202ENSMUST00000117409 2321 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Stk11-201ENSMUST00000003152 2566 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Eno1-202ENSMUST00000080926 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Prkci-201ENSMUST00000108249 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Itsn1-205ENSMUST00000113996 5147 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Lrrc36-202ENSMUST00000109355 2411 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Tlcd2-202ENSMUST00000108435 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Ccdc125-202ENSMUST00000170347 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Gm6728-201ENSMUST00000178117 1065 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Gm10459-201ENSMUST00000202708 1155 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Tor3a-207ENSMUST00000188964 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Ppp1r21-201ENSMUST00000038551 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Zpbp2-202ENSMUST00000081033 1300 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Nr2f1-201ENSMUST00000091458 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Ankle1-201ENSMUST00000119976 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Tjp1-202ENSMUST00000102592 7049 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Arf1-202ENSMUST00000163300 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Tekt5-202ENSMUST00000115831 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Inmt-201ENSMUST00000003569 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Ripply2-201ENSMUST00000058846 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Nkx2-9-201ENSMUST00000072631 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Birc5-201ENSMUST00000081387 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Zfp804a-201ENSMUST00000047527 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Cpsf4-207ENSMUST00000162244 1387 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 4930426L09Rik-201ENSMUST00000028069 1459 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Kdm2a-202ENSMUST00000075856 7242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Eva1c-202ENSMUST00000099543 1554 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Shroom3-211ENSMUST00000225438 5742 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Ehmt2-201ENSMUST00000013931 4026 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Fbxl15-201ENSMUST00000026256 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Nr1h2-201ENSMUST00000073488 1999 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Nek9-201ENSMUST00000040992 5386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Ptprf-201ENSMUST00000049074 7656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Sox10-201ENSMUST00000040019 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Gm11747-201ENSMUST00000142751 1648 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Mink1-201ENSMUST00000072237 4994 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Hes3-201ENSMUST00000094438 1829 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Golga7-202ENSMUST00000121783 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Slc25a26-201ENSMUST00000061118 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Cul4a-202ENSMUST00000121426 1044 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 AA414768-201ENSMUST00000121924 1257 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Nubp1-201ENSMUST00000023146 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Spsb2-202ENSMUST00000052727 1219 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Zfp524-201ENSMUST00000086349 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 B3gnt9-201ENSMUST00000093217 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Tmem185a-201ENSMUST00000101506 2429 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Zfp943-202ENSMUST00000153985 1598 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Abhd13-201ENSMUST00000048216 5074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Podxl2-202ENSMUST00000061262 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Cacul1-201ENSMUST00000081790 5790 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Fam105a-202ENSMUST00000226145 2950 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Ptpre-201ENSMUST00000073961 5410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Igfbp2-201ENSMUST00000047328 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Ctsh-201ENSMUST00000034915 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Hs3st5-202ENSMUST00000167191 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Tle4-202ENSMUST00000167776 4545 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Rimklb-201ENSMUST00000068242 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Atp8b2-201ENSMUST00000069805 5559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Rragd-201ENSMUST00000029946 5055 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Npepl1-201ENSMUST00000044415 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 C630004M23Rik-201ENSMUST00000194765 1682 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Gapdh-202ENSMUST00000117757 1273 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Mir142hg-201ENSMUST00000123700 269 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Gm14114-201ENSMUST00000139345 287 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Tsr3-201ENSMUST00000063574 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Fez2-202ENSMUST00000112487 2020 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Pde1b-201ENSMUST00000023132 3218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Tob1-201ENSMUST00000041589 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Myo1b-203ENSMUST00000114537 4618 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Scrib-203ENSMUST00000109946 5545 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Gm37820-201ENSMUST00000194021 2147 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 2810408A11Rik-201ENSMUST00000018714 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Efnb2-201ENSMUST00000001319 4793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Smap2-201ENSMUST00000043200 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Rab1b-201ENSMUST00000025804 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Tmem60-201ENSMUST00000115259 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Cldn18-203ENSMUST00000131922 860 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Cnih3-204ENSMUST00000209607 564 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Sae1-203ENSMUST00000210999 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Stk11-210ENSMUST00000213772 1239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Gm18101-201ENSMUST00000215769 548 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Nkx3-1P97436 Flywch2-201ENSMUST00000024704 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.4 ms