Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Ccnd3-215ENSMUST00000183044 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Ovol2-202ENSMUST00000103171 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Stam2-202ENSMUST00000127316 1928 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Nkapl-201ENSMUST00000068235 1463 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Azi2-205ENSMUST00000133580 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Zbtb7c-202ENSMUST00000167921 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Ctnnal1-202ENSMUST00000107612 850 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Gm25911-201ENSMUST00000157621 56 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Sox2ot-202ENSMUST00000196058 753 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Larp1b-205ENSMUST00000191805 1581 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Cenpw-201ENSMUST00000099985 1532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Celf6-201ENSMUST00000034840 2765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Pink1-201ENSMUST00000030536 2375 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Dbr1-201ENSMUST00000066650 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Sigmar1-201ENSMUST00000059354 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Gins4-201ENSMUST00000033950 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Gm44107-201ENSMUST00000203242 573 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Cxcl10-202ENSMUST00000118006 1353 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Rhou-201ENSMUST00000045487 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Cpeb3-205ENSMUST00000126781 2095 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Gm26752-201ENSMUST00000181086 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Sytl3-204ENSMUST00000159880 1296 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Gm3667-201ENSMUST00000171906 2053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Dnajb2-208ENSMUST00000188346 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Iqck-201ENSMUST00000098087 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Acss2-203ENSMUST00000103142 2145 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Nol9-202ENSMUST00000103197 2271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 AC158982.1-201ENSMUST00000228377 901 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Rpl28-201ENSMUST00000032597 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Carm1-201ENSMUST00000034703 3220 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 BC029722-201ENSMUST00000124586 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Donson-202ENSMUST00000114031 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Nr1h2-204ENSMUST00000107912 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Ero1lb-203ENSMUST00000221560 1964 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Zfp688-201ENSMUST00000106300 1015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Spata33-204ENSMUST00000212346 715 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Gm40513-201ENSMUST00000217258 411 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Zfp943-202ENSMUST00000153985 1598 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Amn1-201ENSMUST00000095319 1369 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Cpne7-201ENSMUST00000037900 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Ptpn12-201ENSMUST00000030556 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Gm13127-201ENSMUST00000118978 1389 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Krt82-201ENSMUST00000023713 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Nfs1-201ENSMUST00000029147 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Gm29430-202ENSMUST00000191453 2015 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Ndufv1-202ENSMUST00000128787 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Gm42413-201ENSMUST00000196216 338 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Fam26f-201ENSMUST00000062784 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Dupd1-201ENSMUST00000073870 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Abcg5-202ENSMUST00000163375 1613 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 1500011B03Rik-202ENSMUST00000112160 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Gtf2h4-201ENSMUST00000001565 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Mtus2-205ENSMUST00000110515 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Carmn-201ENSMUST00000181155 1778 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Brf1-201ENSMUST00000011302 2615 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Sdhaf4-201ENSMUST00000027338 683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 Vsig2-201ENSMUST00000002008 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Fosb-206ENSMUST00000208446 1090 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Bhlha9-201ENSMUST00000056184 1207 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Ap1s1-201ENSMUST00000111080 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Npcd-202ENSMUST00000089299 1453 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Ercc6l2-202ENSMUST00000021926 1592 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Dpm3-202ENSMUST00000107462 827 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Gm15706-201ENSMUST00000139612 899 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Gm20675-201ENSMUST00000175861 338 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Sbsn-202ENSMUST00000182227 432 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Sbsn-203ENSMUST00000182229 732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Apoa1-201ENSMUST00000034588 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Prdm5-201ENSMUST00000031973 1488 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Arrdc1-201ENSMUST00000028349 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Gm27321-201ENSMUST00000185021 205 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Ica1-203ENSMUST00000115519 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Nagk-201ENSMUST00000037376 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Tm9sf2-203ENSMUST00000171318 1494 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Tmed5-204ENSMUST00000118036 1045 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Gssos1-201ENSMUST00000142509 716 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Gm13830-202ENSMUST00000144202 381 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Gm11750-201ENSMUST00000146016 583 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Ankrd65-202ENSMUST00000165000 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Gm44081-201ENSMUST00000204406 643 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Cbr2-201ENSMUST00000026148 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Myl12b-201ENSMUST00000038446 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Gm7628-201ENSMUST00000134690 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Actl6a-201ENSMUST00000029214 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Coq10b-201ENSMUST00000027125 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Gm37280-201ENSMUST00000194583 375 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Msl1-203ENSMUST00000107485 2091 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Gprc5c-201ENSMUST00000021071 2200 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Mta3-203ENSMUST00000112350 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Tmbim1-201ENSMUST00000016309 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Nr1h3-204ENSMUST00000111356 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Osbpl2-201ENSMUST00000040668 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Egfl8-201ENSMUST00000015611 1150 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Psmg3-201ENSMUST00000031531 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Snrnp25-201ENSMUST00000039601 821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.2 ms