Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Carmn-201ENSMUST00000181155 1778 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Pigw-202ENSMUST00000108080 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Mir1668-201ENSMUST00000184114 107 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 BC048679-201ENSMUST00000073406 522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt6-201ENSMUST00000006716 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Laptm4b-201ENSMUST00000022867 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Mef2d-202ENSMUST00000107558 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Ctsf-201ENSMUST00000119694 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Orai3-201ENSMUST00000061587 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Pabpc1l2b-ps-201ENSMUST00000124538 690 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13420-201ENSMUST00000129574 1091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15545-202ENSMUST00000141011 899 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21057-201ENSMUST00000206022 670 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Stx3-208ENSMUST00000211641 1018 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4316-202ENSMUST00000212490 1115 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Prss27-201ENSMUST00000059482 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnk3-201ENSMUST00000066295 3811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr317-201ENSMUST00000075607 1128 ntAPPRIS P1 BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Lce1i-201ENSMUST00000090866 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Nfatc2-205ENSMUST00000137451 2369 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Negr1-201ENSMUST00000041425 2095 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Zscan25-201ENSMUST00000094116 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Yipf2-201ENSMUST00000034700 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnc3-207ENSMUST00000209177 2960 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Fez2-201ENSMUST00000070039 1939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Hmga1-204ENSMUST00000118570 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Yif1b-203ENSMUST00000108238 1126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Sap18-203ENSMUST00000111269 459 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17349-201ENSMUST00000163472 300 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl18a-206ENSMUST00000212709 700 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 AC120002.2-201ENSMUST00000220205 773 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Insl3-201ENSMUST00000034261 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Pagr1a-202ENSMUST00000200948 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42742-205ENSMUST00000202798 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc43-201ENSMUST00000094327 2046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Bhlhe22-201ENSMUST00000026120 3344 ntAPPRIS P1 BASIC28.81■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Calu-207ENSMUST00000173216 673 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Elac2-203ENSMUST00000108697 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxd3-201ENSMUST00000047830 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44924-201ENSMUST00000138087 421 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Serac1-201ENSMUST00000024570 2033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Rtkn-203ENSMUST00000121093 2597 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Rilp-201ENSMUST00000042972 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Hmg20b-213ENSMUST00000167481 1321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Serinc2-201ENSMUST00000105996 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Krt15-201ENSMUST00000107411 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Mta3-203ENSMUST00000112350 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Gpn3-201ENSMUST00000031420 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Tmc6-202ENSMUST00000103025 1279 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21559-201ENSMUST00000220638 855 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8587-201ENSMUST00000076538 843 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Ola1-201ENSMUST00000028517 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Dab2-208ENSMUST00000160134 1374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Uqcc2-203ENSMUST00000119227 452 ntTSL 3 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38282-201ENSMUST00000192751 695 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Kiss1r-202ENSMUST00000219745 979 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Ak6-201ENSMUST00000022135 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxa6-201ENSMUST00000062829 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Abcd4-210ENSMUST00000223107 2410 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajb2-208ENSMUST00000188346 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Plekha4-206ENSMUST00000211155 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 9130024F11Rik-201ENSMUST00000135238 1300 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem51os1-202ENSMUST00000141769 2131 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp629-206ENSMUST00000132524 215 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Sec61a2-202ENSMUST00000102981 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Atp6v1g2-201ENSMUST00000068261 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Hdgfl3-201ENSMUST00000026094 2865 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Matk-201ENSMUST00000105328 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Mgme1-203ENSMUST00000110028 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13474-201ENSMUST00000122466 815 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Psma6-201ENSMUST00000021412 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7213-201ENSMUST00000215977 950 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43272-201ENSMUST00000200599 1584 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Krt13-201ENSMUST00000007275 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Epn1-207ENSMUST00000208634 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Praf2-201ENSMUST00000033489 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef1-204ENSMUST00000117796 3508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11748-201ENSMUST00000153825 1498 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2431-201ENSMUST00000171531 519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Pcyox1-206ENSMUST00000204116 546 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Pagr1a-203ENSMUST00000206416 558 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Znhit1-202ENSMUST00000085941 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl43-201ENSMUST00000097715 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Nipa2-202ENSMUST00000117812 3039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl33-201ENSMUST00000164415 1602 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Nectin2-202ENSMUST00000108450 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 4930526A20Rik-201ENSMUST00000134228 941 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Sh3yl1-202ENSMUST00000110880 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Acbd4-203ENSMUST00000107040 1959 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8258-201ENSMUST00000055593 1449 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Tubb4b-ps1-201ENSMUST00000179460 1336 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Mtmr14-201ENSMUST00000113146 2676 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Gm19721-201ENSMUST00000195284 1764 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10358-201ENSMUST00000212864 1250 ntAPPRIS P1 BASIC28.74■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Shc3-203ENSMUST00000223543 1241 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Hhat-203ENSMUST00000128619 1819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 BC029722-201ENSMUST00000124586 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Scarb1-201ENSMUST00000086075 2521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.9 ms