Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Gaa-202ENSMUST00000106258 1369 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Col6a1Q04857 Btbd2-201ENSMUST00000003434 3026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
Col6a1Q04857 Neil2-201ENSMUST00000038229 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Col6a1Q04857 Crhr1-201ENSMUST00000093925 2460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Col6a1Q04857 Ttyh3-201ENSMUST00000042661 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Cnih3-202ENSMUST00000161880 1995 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Ppp1r1b-204ENSMUST00000137634 1343 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Gm8258-201ENSMUST00000055593 1449 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Gm11747-201ENSMUST00000142751 1648 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Vav2-201ENSMUST00000056176 5221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Dnpep-204ENSMUST00000185797 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Ramp2-204ENSMUST00000129680 1178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Slc11a1-211ENSMUST00000187516 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Dlg1-202ENSMUST00000064477 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Panx1-202ENSMUST00000164273 5732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Marcks-201ENSMUST00000092584 4048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Tpbgl-201ENSMUST00000178124 3022 ntAPPRIS P1 BASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Rabgap1l-201ENSMUST00000028049 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Prmt3-201ENSMUST00000032715 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Larp6-201ENSMUST00000038407 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Usp21-201ENSMUST00000065941 2219 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Gm10654-201ENSMUST00000098653 1633 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Mmp23-201ENSMUST00000030937 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Alkbh5-201ENSMUST00000044250 5730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Dlg3-204ENSMUST00000113736 4940 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Csf1-203ENSMUST00000120243 2097 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Cacnb3-201ENSMUST00000003442 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 C630004M23Rik-201ENSMUST00000194765 1682 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Slc25a41-202ENSMUST00000169012 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Prr3-209ENSMUST00000174849 581 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Gm27704-201ENSMUST00000185094 107 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Anapc13-203ENSMUST00000188398 727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 1700022H01Rik-201ENSMUST00000219142 387 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 AC133598.3-202ENSMUST00000224219 531 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Hdhd5-201ENSMUST00000075303 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Zfp579-206ENSMUST00000162731 2489 ntAPPRIS P1 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 P2ry2-204ENSMUST00000207916 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Cyb5d2-201ENSMUST00000079681 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Dhx15-201ENSMUST00000031061 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Rpap3-201ENSMUST00000023104 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Kcnb1-201ENSMUST00000059826 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Gtf3a-201ENSMUST00000132102 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Ndfip2-206ENSMUST00000181969 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Alg1-202ENSMUST00000100196 1755 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Nlgn2-202ENSMUST00000108634 5568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Yipf2-203ENSMUST00000180365 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Mtg1-201ENSMUST00000036977 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Csnk1e-203ENSMUST00000122044 3174 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Hcn2-202ENSMUST00000099513 3195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Maneal-201ENSMUST00000064444 2727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Ism1-202ENSMUST00000184404 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Mchr1-201ENSMUST00000166855 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Echdc2-204ENSMUST00000116309 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Gm17349-201ENSMUST00000163472 300 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Gm20544-201ENSMUST00000174338 690 ntTSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Gm38027-201ENSMUST00000192315 235 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Gm44771-201ENSMUST00000206975 626 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 AC124601.2-201ENSMUST00000222888 759 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Mtnr1b-201ENSMUST00000057920 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Mafg-201ENSMUST00000058162 4923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Ogg1-201ENSMUST00000032406 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Atxn2-201ENSMUST00000051950 4472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Cdkl3-207ENSMUST00000109080 2749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Mgarp-202ENSMUST00000108046 1409 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Gfra1-208ENSMUST00000152507 1937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Xylt1-201ENSMUST00000032892 9020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Bdkrb1-202ENSMUST00000182899 1313 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Bdkrb1-201ENSMUST00000041229 1338 ntAPPRIS P1 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Pgs1-203ENSMUST00000132676 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Mdfi-201ENSMUST00000035375 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Plpbp-202ENSMUST00000098851 1368 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Sirt7-202ENSMUST00000106183 427 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Gm45442-201ENSMUST00000210038 411 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Kat14-201ENSMUST00000028911 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Fam167b-201ENSMUST00000052835 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Alkbh2-201ENSMUST00000053657 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Ripply2-201ENSMUST00000058846 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Fam78b-205ENSMUST00000165874 4986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 0610012G03Rik-201ENSMUST00000202722 1445 ntAPPRIS P1 BASIC19.48■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Irx5-201ENSMUST00000034184 2450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Nck2-201ENSMUST00000086421 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Coq10b-201ENSMUST00000027125 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Zdhhc1-201ENSMUST00000044286 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Tmod1-201ENSMUST00000107773 3158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Klc3-203ENSMUST00000108458 1823 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Blvrb-204ENSMUST00000133750 509 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Nubp1-201ENSMUST00000023146 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Hoxa6-201ENSMUST00000062829 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Gmpr-201ENSMUST00000000260 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Fam53a-202ENSMUST00000065119 2009 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Fev-201ENSMUST00000068631 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Ttc9-202ENSMUST00000218362 4754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Slc30a4-202ENSMUST00000099457 3170 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Mark2-203ENSMUST00000051711 2867 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Lsp1-204ENSMUST00000105967 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 AL591207.1-203ENSMUST00000222401 1380 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Eno1-202ENSMUST00000080926 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Runx2-210ENSMUST00000162373 1565 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Aqp5-202ENSMUST00000169082 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Col6a1Q04857 Gm3764-202ENSMUST00000180582 440 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.5 ms