Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Lce1h-201ENSMUST00000051521 706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Xkr4-201ENSMUST00000070533 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt19-201ENSMUST00000040962 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Map7d2-203ENSMUST00000112471 3670 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Mmp23-201ENSMUST00000030937 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Bdkrb1-202ENSMUST00000182899 1313 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Bdkrb1-201ENSMUST00000041229 1338 ntAPPRIS P1 BASIC29.06■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Pfdn6-201ENSMUST00000025163 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt10a-201ENSMUST00000006718 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Polr3d-201ENSMUST00000000793 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Pde1b-201ENSMUST00000023132 3218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Proc-201ENSMUST00000171765 1566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Plac9a-201ENSMUST00000052286 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 AW011738-201ENSMUST00000105140 1848 ntAPPRIS P1 BASIC29.05■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Fgf11-201ENSMUST00000011285 2534 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc3-201ENSMUST00000027988 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26885-201ENSMUST00000181920 1688 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 3110043O21Rik-203ENSMUST00000108127 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Prr3-209ENSMUST00000174849 581 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Sept4-205ENSMUST00000107962 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Rab3ip-201ENSMUST00000020375 2690 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl15-203ENSMUST00000130201 1894 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Pgrmc1-201ENSMUST00000073339 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Arnt-204ENSMUST00000107160 783 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9731-201ENSMUST00000209480 747 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Irx3-202ENSMUST00000175795 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Iqck-206ENSMUST00000208658 2891 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Mfsd14a-201ENSMUST00000029570 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Pdxk-ps-203ENSMUST00000183934 680 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18101-201ENSMUST00000215769 548 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl39l-201ENSMUST00000044103 805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Rbms1-209ENSMUST00000164147 2543 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Ache-202ENSMUST00000085934 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc27-202ENSMUST00000106104 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Shq1-204ENSMUST00000170667 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Vegfc-201ENSMUST00000033919 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Aldh2-202ENSMUST00000129753 1799 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Anks1b-208ENSMUST00000182053 1649 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16061-201ENSMUST00000122167 857 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Mir8112-201ENSMUST00000184382 131 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Nsun2-202ENSMUST00000109699 2834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Creg1-202ENSMUST00000111432 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Naa60-212ENSMUST00000186375 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Kdelr2-201ENSMUST00000110731 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Gapdh-202ENSMUST00000117757 1273 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Mboat1-201ENSMUST00000047311 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Klc3-202ENSMUST00000108457 1632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr137-201ENSMUST00000025909 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem47-203ENSMUST00000171953 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Disc1-208ENSMUST00000122389 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45141-201ENSMUST00000206502 1888 ntBASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Mafg-202ENSMUST00000106180 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Mafg-204ENSMUST00000106182 1104 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Il3ra-202ENSMUST00000223589 738 ntBASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr279-201ENSMUST00000050451 933 ntAPPRIS P1 BASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Ly6h-202ENSMUST00000065417 985 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Fgf9-202ENSMUST00000074654 1198 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Fam92a-201ENSMUST00000087052 1292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Prcc-201ENSMUST00000005015 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Nckap1-201ENSMUST00000028386 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Akain1-201ENSMUST00000169935 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Krt77-201ENSMUST00000087996 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Il17re-205ENSMUST00000203661 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Prss53-202ENSMUST00000205300 1662 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 G730003C15Rik-202ENSMUST00000189096 2309 ntBASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Fam166b-201ENSMUST00000052829 1349 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Igfbpl1-201ENSMUST00000044297 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Arpc4-204ENSMUST00000204802 794 ntTSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 AC154471.1-201ENSMUST00000224418 436 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Rplp2-201ENSMUST00000084434 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Tbpl1-201ENSMUST00000095794 1195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Mtg2-202ENSMUST00000108901 1444 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Shc3-201ENSMUST00000021898 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Fam149b-216ENSMUST00000225942 2151 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Nptn-212ENSMUST00000177292 1390 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 AA414768-201ENSMUST00000121924 1257 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Spdya-202ENSMUST00000124001 1247 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Cltb-201ENSMUST00000049575 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Paics-201ENSMUST00000031160 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp689-202ENSMUST00000106299 1417 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7854-202ENSMUST00000187409 1433 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 4930426D05Rik-202ENSMUST00000139804 1650 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 4930448E22Rik-201ENSMUST00000181712 1581 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2bj-201ENSMUST00000110452 463 ntAPPRIS P1 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2bp-202ENSMUST00000110473 621 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Pih1d2-201ENSMUST00000000171 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2bm-201ENSMUST00000224651 524 ntAPPRIS P1 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Nthl1-201ENSMUST00000047611 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 A930029G22Rik-201ENSMUST00000181032 1710 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Tnpo2-207ENSMUST00000211601 2941 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Timm17b-201ENSMUST00000033498 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Def6-201ENSMUST00000002327 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a35-202ENSMUST00000102606 1828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Fgfrl1-201ENSMUST00000013633 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Q6-201ENSMUST00000113879 981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Tppp3-201ENSMUST00000014990 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Faap20-210ENSMUST00000178473 1076 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26827-201ENSMUST00000181911 148 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38 ms