Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Grrp1-201ENSMUST00000060050 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Arrb2-204ENSMUST00000102564 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Vti1b-201ENSMUST00000055262 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Nsun2-202ENSMUST00000109699 2834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Snap91-201ENSMUST00000036347 4237 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Adgrl1-207ENSMUST00000141158 8181 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Nkd1-201ENSMUST00000034086 3035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Gm21949-201ENSMUST00000182006 2369 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Prmt6-201ENSMUST00000106567 2450 ntAPPRIS P1 BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Ptpra-201ENSMUST00000028769 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Thumpd2-201ENSMUST00000025093 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Mid1-203ENSMUST00000079443 2815 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Gm11527-201ENSMUST00000153795 596 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Calml4-206ENSMUST00000215870 803 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 1700020N01Rik-201ENSMUST00000057341 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Fbxo47-201ENSMUST00000093939 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Soat2-201ENSMUST00000023806 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Larp6-201ENSMUST00000038407 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Gm16432-201ENSMUST00000094273 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Aamp-201ENSMUST00000006462 1817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Itgb5-201ENSMUST00000069345 3056 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Trim44-201ENSMUST00000102573 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Cdc14b-201ENSMUST00000039318 5859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Anapc5-203ENSMUST00000196640 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Pxdc1-202ENSMUST00000053459 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Gse1-202ENSMUST00000118136 4492 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
ShhQ62226 Sox30-201ENSMUST00000049038 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Btbd2-201ENSMUST00000003434 3026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Ramp2-202ENSMUST00000122006 899 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Arpc4-202ENSMUST00000171058 695 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
ShhQ62226 1600023N17Rik-201ENSMUST00000196242 1007 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Gm42477-201ENSMUST00000202427 469 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Gm44549-201ENSMUST00000208351 577 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Mrpl21-202ENSMUST00000025745 1138 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Znrf4-201ENSMUST00000052211 1236 ntAPPRIS P1 BASIC16.58■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Galk1-201ENSMUST00000021114 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Klk9-201ENSMUST00000005891 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Txndc15-201ENSMUST00000021959 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Usp36-201ENSMUST00000092382 5609 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Fst-202ENSMUST00000223640 2612 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Cyth2-202ENSMUST00000107729 2519 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Gabra4-205ENSMUST00000199357 2407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
ShhQ62226 P2ry2-204ENSMUST00000207916 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Usp21-201ENSMUST00000065941 2219 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Cdca4-202ENSMUST00000220899 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Chtop-203ENSMUST00000076639 1842 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Tradd-201ENSMUST00000034359 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Actl6b-205ENSMUST00000139395 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Gm7856-201ENSMUST00000117514 1493 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Rrp15-201ENSMUST00000001339 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Comtd1-204ENSMUST00000177527 714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
ShhQ62226 H2-Eb1-201ENSMUST00000074557 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Rex1bd-201ENSMUST00000075175 671 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Usp36-202ENSMUST00000106296 5655 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Tbc1d2b-202ENSMUST00000128874 3473 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Smox-209ENSMUST00000110189 1919 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Itgb5-202ENSMUST00000115028 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Fgf23-201ENSMUST00000000186 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Kcns1-201ENSMUST00000045196 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Tm7sf2-202ENSMUST00000113543 1498 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Tsc22d1-214ENSMUST00000177207 1476 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Slc47a2-201ENSMUST00000093029 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Prr22-201ENSMUST00000168666 1350 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
ShhQ62226 B430219N15Rik-201ENSMUST00000147230 835 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Gm42884-202ENSMUST00000202523 423 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Gm10459-201ENSMUST00000202708 1155 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
ShhQ62226 4732471J01Rik-202ENSMUST00000205787 991 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Gm5417-201ENSMUST00000079706 384 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Cckbr-201ENSMUST00000033189 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Scrn2-201ENSMUST00000021249 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Map1lc3b-204ENSMUST00000181826 2633 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Hcn2-202ENSMUST00000099513 3195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Pou2f2-206ENSMUST00000108418 1934 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Opa3-202ENSMUST00000161711 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Gm2399-201ENSMUST00000104944 225 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Pdlim5-202ENSMUST00000058626 873 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Map7-201ENSMUST00000020173 4252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Brpf1-204ENSMUST00000113122 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Akp3-201ENSMUST00000044878 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Ero1l-201ENSMUST00000022378 4418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Rraga-201ENSMUST00000091064 1618 ntAPPRIS P1 BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Ap2m1-202ENSMUST00000090023 2080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Mrm1-201ENSMUST00000018549 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Car11-201ENSMUST00000003360 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 0610040J01Rik-201ENSMUST00000081747 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Enah-205ENSMUST00000177811 4231 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Rassf8-203ENSMUST00000111704 5446 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Cacna1a-202ENSMUST00000122053 7589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Agfg1-206ENSMUST00000189220 8044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Runx1t1-201ENSMUST00000006761 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Gm43672-201ENSMUST00000199072 1731 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Znhit1-203ENSMUST00000111090 698 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Snca-201ENSMUST00000114268 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Gm13158-201ENSMUST00000122007 736 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Tsen2-203ENSMUST00000130425 638 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Mir5122-201ENSMUST00000175004 89 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
ShhQ62226 2310033P09Rik-201ENSMUST00000020719 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Nr2c2ap-202ENSMUST00000211898 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Grhpr-201ENSMUST00000045078 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.5 ms