Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Slc27a4-201ENSMUST00000080065 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Ccnyl1-202ENSMUST00000114077 3281 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Polg2-201ENSMUST00000021060 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Rasal2-201ENSMUST00000078308 10047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Prr14-201ENSMUST00000033095 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Lonrf2-202ENSMUST00000147695 6932 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Esco1-202ENSMUST00000097670 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Man2a1-201ENSMUST00000086723 6991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Fstl3-201ENSMUST00000020575 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 A430078I02Rik-202ENSMUST00000154066 2233 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Gpatch2-201ENSMUST00000044812 1639 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Tmem132e-201ENSMUST00000054245 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Esx1-201ENSMUST00000074698 1600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Il15ra-201ENSMUST00000078834 1600 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Rev1-201ENSMUST00000027251 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Ikzf1-203ENSMUST00000065433 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 D17Wsu92e-203ENSMUST00000114863 3828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Gm15546-201ENSMUST00000122095 826 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Wdr1-201ENSMUST00000005234 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Txndc5-201ENSMUST00000035988 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Sh2b1-202ENSMUST00000205340 3366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Zdhhc2-201ENSMUST00000049389 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Asph-204ENSMUST00000084915 2884 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Rhof-201ENSMUST00000031401 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Adsl-204ENSMUST00000164806 1595 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Mgll-202ENSMUST00000113581 1308 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 2410002F23Rik-217ENSMUST00000188111 2131 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 4930448E22Rik-202ENSMUST00000215242 2102 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Rnf40Q3U319 Kcnq2-201ENSMUST00000016491 3067 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Rbm12b1-202ENSMUST00000069128 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Tm7sf2-201ENSMUST00000025713 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Rnf146-202ENSMUST00000160144 4323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Ngb-203ENSMUST00000110177 1611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Gm10532-201ENSMUST00000181913 2301 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Wdr41-203ENSMUST00000160115 2851 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Fam135a-201ENSMUST00000027337 5536 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Kctd1-202ENSMUST00000168989 3456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Sin3b-203ENSMUST00000212095 1257 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Apba3-201ENSMUST00000057798 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Cadps2-212ENSMUST00000163871 4969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 A730089K16Rik-201ENSMUST00000194526 2427 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Bcam-201ENSMUST00000003061 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Gna12-201ENSMUST00000000153 3416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Apaf1-208ENSMUST00000162618 5151 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Gprin1-202ENSMUST00000135343 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Slc47a1-201ENSMUST00000010267 2639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Gm20517-202ENSMUST00000132397 4807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Chst8-203ENSMUST00000154629 2079 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Plppr4-201ENSMUST00000061071 5696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Ncmap-205ENSMUST00000105860 2000 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Iqsec2-203ENSMUST00000112605 6017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Endod1-203ENSMUST00000214236 419 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Sorcs3-201ENSMUST00000078880 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 CT010478.1-201ENSMUST00000220747 2787 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Aqp1-201ENSMUST00000004774 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Cdh24-201ENSMUST00000067784 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Osbpl1a-208ENSMUST00000121888 2674 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Snx27-202ENSMUST00000107283 3531 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Gnas-208ENSMUST00000109087 1716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Zfp691-204ENSMUST00000179290 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 5031425F14Rik-201ENSMUST00000127920 2098 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Zfp618-201ENSMUST00000030043 1582 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Hbs1l-203ENSMUST00000092674 2625 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Sema6c-214ENSMUST00000202315 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Mfsd4b1-201ENSMUST00000163705 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Gm16201-202ENSMUST00000139218 2330 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Gm11586-201ENSMUST00000123060 566 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 AC102554.1-201ENSMUST00000216236 537 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Gltpd2-201ENSMUST00000057685 1216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 1700123O20Rik-201ENSMUST00000038539 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Pgk1-201ENSMUST00000081593 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Stard7-202ENSMUST00000110375 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Kctd13-201ENSMUST00000032924 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Cblc-201ENSMUST00000043822 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Akap8l-201ENSMUST00000050214 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Mapk7-201ENSMUST00000079080 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Nxnl1-201ENSMUST00000048243 2285 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Nrg3-201ENSMUST00000166968 4011 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Gpr84-201ENSMUST00000079824 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Vegfa-201ENSMUST00000024747 2765 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 E230025N22Rik-201ENSMUST00000115682 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Apoe-206ENSMUST00000174064 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Adnp-202ENSMUST00000088001 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 2610035D17Rik-201ENSMUST00000127263 1861 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Klhl31-201ENSMUST00000057781 6494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Dtx2-203ENSMUST00000111144 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Cux1-206ENSMUST00000176172 4882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 1700023F06Rik-202ENSMUST00000107026 1127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Syt9-201ENSMUST00000073459 3817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Usp6nl-202ENSMUST00000114937 7484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Bicc1-203ENSMUST00000143791 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Mblac1-201ENSMUST00000057773 1308 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Mrpl57-201ENSMUST00000022538 2877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Prpf40b-212ENSMUST00000145482 3308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.7 ms