Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Ubald1-201ENSMUST00000037843 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Fam20c-201ENSMUST00000026972 3582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Shq1-201ENSMUST00000089245 1638 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Ncmap-205ENSMUST00000105860 2000 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Baiap2-204ENSMUST00000106231 4005 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Gm38534-201ENSMUST00000206566 1909 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Bean1-203ENSMUST00000167633 3275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Gm11627-201ENSMUST00000107080 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 AI507597-201ENSMUST00000140726 880 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Gm38205-201ENSMUST00000192243 258 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 1700017B05Rik-204ENSMUST00000215298 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Sap30-201ENSMUST00000034022 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Lmo1-201ENSMUST00000036992 1282 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Tsks-201ENSMUST00000080233 1806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 9330160F10Rik-201ENSMUST00000101007 2766 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 M5C1000I18Rik-202ENSMUST00000186205 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Shq1-204ENSMUST00000170667 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Slc2a8-201ENSMUST00000028129 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Tfap4-201ENSMUST00000005862 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Ctcf-201ENSMUST00000005841 3782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Tcf7l2-203ENSMUST00000111646 2839 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Meis2-202ENSMUST00000074285 2844 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Krt12-201ENSMUST00000017741 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Usp4P35123 Chpt1-201ENSMUST00000020253 3898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Itga9-201ENSMUST00000044165 7020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Gm43808-201ENSMUST00000202534 2065 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Rimklb-201ENSMUST00000068242 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Lats2-201ENSMUST00000022531 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Dnaaf5-203ENSMUST00000196441 2426 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Sco2-201ENSMUST00000167643 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Gm21992-201ENSMUST00000172000 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Gm21992-206ENSMUST00000179909 1435 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Myb-201ENSMUST00000020158 3074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Cox7c-202ENSMUST00000078764 433 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Larp1-203ENSMUST00000178636 6617 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Hmbox1-203ENSMUST00000175744 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Zrsr2-202ENSMUST00000112289 2735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Slc35e1-202ENSMUST00000152080 4383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Fxr1-201ENSMUST00000001620 2459 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Mapkapk3-201ENSMUST00000035194 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Il23a-201ENSMUST00000026449 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Ap2m1-202ENSMUST00000090023 2080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Rps6ka3-201ENSMUST00000033671 7244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Sgsm1-204ENSMUST00000112325 2274 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Krt80-201ENSMUST00000077196 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Rbm39-202ENSMUST00000109584 667 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Gm7514-201ENSMUST00000209475 934 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Gucd1-211ENSMUST00000219774 806 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Cnn2-201ENSMUST00000004784 2460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Meg3-201ENSMUST00000124106 1988 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Map3k10-201ENSMUST00000036453 3682 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Scarf2-201ENSMUST00000012161 3302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Ncoa5-201ENSMUST00000040381 3179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Gm43672-201ENSMUST00000199072 1731 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Sirt7-201ENSMUST00000080202 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Map3k10-202ENSMUST00000108341 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Fiz1-208ENSMUST00000208944 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Atp6v0a2-201ENSMUST00000037865 5345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Ankle1-202ENSMUST00000120725 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Cep68-204ENSMUST00000162811 2788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Rab1b-201ENSMUST00000025804 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Hnrnpul2-201ENSMUST00000096753 5726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Gm12669-201ENSMUST00000122162 1009 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Tceanc2-201ENSMUST00000030362 935 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Gm3164-201ENSMUST00000168866 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
Usp4P35123 4921536K21Rik-201ENSMUST00000020712 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Matk-202ENSMUST00000117488 1980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Usp4P35123 AC165249.1-201ENSMUST00000220031 1599 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Hjurp-202ENSMUST00000065420 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Axin1-203ENSMUST00000163421 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Atxn7l2-204ENSMUST00000119650 2274 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Bmi1-201ENSMUST00000028071 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Cadm3-201ENSMUST00000005470 2518 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Zfp382-201ENSMUST00000098596 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Mpped2-202ENSMUST00000111063 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Dcun1d1-201ENSMUST00000108182 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Fam171a2-201ENSMUST00000049057 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 3110082J24Rik-201ENSMUST00000127749 327 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Krtcap3-205ENSMUST00000201625 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Prmt1-210ENSMUST00000208829 621 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Zfand3-202ENSMUST00000226208 923 ntAPPRIS P1 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Psmb5-201ENSMUST00000022803 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Rcbtb2-226ENSMUST00000171767 2692 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Lhx6-203ENSMUST00000112963 3481 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 H2-DMa-201ENSMUST00000042121 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Cant1-205ENSMUST00000106289 1600 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Spsb3-203ENSMUST00000117890 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Map4k4-202ENSMUST00000168431 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Rab20-201ENSMUST00000033900 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Msi2-201ENSMUST00000092794 1855 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Gm16863-201ENSMUST00000181476 2431 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Bmp8a-201ENSMUST00000040496 2405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Prkci-201ENSMUST00000108249 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Keap1-204ENSMUST00000193982 2163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Bmp8a-202ENSMUST00000102641 1917 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Cd47-201ENSMUST00000084838 5277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Cyp2u1-203ENSMUST00000200236 1716 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Sh3bp1-201ENSMUST00000001226 2510 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Cops8-201ENSMUST00000036153 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Usp4P35123 Cspg5-202ENSMUST00000196060 3790 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 40.4 ms