Protein–RNA interactions for Protein: P28481

Col2a1, Collagen alpha-1(II) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,487 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col2a1P28481 Prok1-201ENSMUST00000049852 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Casp6-201ENSMUST00000029626 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Mrpl15-203ENSMUST00000130201 1894 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Cnot11-201ENSMUST00000003219 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Txndc5-201ENSMUST00000035988 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Nos1ap-207ENSMUST00000161966 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Spry1-202ENSMUST00000108107 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 AW047730-202ENSMUST00000181406 2579 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Klhdc1-201ENSMUST00000063445 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Mgat1-213ENSMUST00000167400 3151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Gm16061-201ENSMUST00000122167 857 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 4930544I03Rik-201ENSMUST00000181184 1276 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 AC130671.1-201ENSMUST00000227384 1237 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Birc5-201ENSMUST00000081387 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Cnpy1-201ENSMUST00000117098 2661 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Trpc1-201ENSMUST00000053785 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Gpr180-201ENSMUST00000022728 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Hoxb3os-201ENSMUST00000131275 2315 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Setd3-201ENSMUST00000071095 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Trim47-202ENSMUST00000106441 2192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Cobll1-204ENSMUST00000112430 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Syt8-202ENSMUST00000105976 1289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Syt8-205ENSMUST00000122393 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Gm2274-201ENSMUST00000184539 609 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Calml4-206ENSMUST00000215870 803 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Uchl3-201ENSMUST00000002289 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Metrn-201ENSMUST00000002344 987 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Rd3-201ENSMUST00000175680 1969 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Gnptg-202ENSMUST00000115154 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Polr3d-201ENSMUST00000000793 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Rhoa-201ENSMUST00000007959 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Ptges3l-202ENSMUST00000103102 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Hrh3-201ENSMUST00000056480 2706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Aif1l-201ENSMUST00000001920 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Gm45141-201ENSMUST00000206502 1888 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Smtnl2-201ENSMUST00000050226 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Gm10013-201ENSMUST00000106074 672 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Gm17661-201ENSMUST00000170317 270 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Mrpl28-201ENSMUST00000025014 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Clcc1-203ENSMUST00000106613 3064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Dnaja4-202ENSMUST00000120452 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Fbxl5-201ENSMUST00000047857 2858 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Rnpc3-203ENSMUST00000106536 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Gm45442-201ENSMUST00000210038 411 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Wdr74-202ENSMUST00000210512 1078 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Mtch2-205ENSMUST00000136872 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Fez2-202ENSMUST00000112487 2020 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Fbxl5-204ENSMUST00000119523 2801 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Map3k7cl-201ENSMUST00000026700 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Shox2-201ENSMUST00000029422 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Lpcat2-205ENSMUST00000210099 2179 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Klf13-202ENSMUST00000183817 599 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Vkorc1-203ENSMUST00000206053 606 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Aga-203ENSMUST00000211424 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Cnn1-203ENSMUST00000214601 1225 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Gm9745-201ENSMUST00000021573 684 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Eif3h-201ENSMUST00000022925 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Mmp11-201ENSMUST00000000924 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Pparg-202ENSMUST00000171644 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Dll3-201ENSMUST00000108315 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Cdk8-201ENSMUST00000031640 2973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Fam166b-201ENSMUST00000052829 1349 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Eif4g3-201ENSMUST00000058133 2663 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Tpbgl-201ENSMUST00000178124 3022 ntAPPRIS P1 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Ing4-205ENSMUST00000140131 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Dlgap1-209ENSMUST00000140728 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Pih1d2-201ENSMUST00000000171 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Gm7370-201ENSMUST00000219471 767 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 0610009B22Rik-201ENSMUST00000007921 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Hist1h2aj-201ENSMUST00000091710 352 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Idnk-204ENSMUST00000226010 1898 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Azi2-207ENSMUST00000134433 2499 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Palm-202ENSMUST00000105379 2519 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 4933428P19Rik-201ENSMUST00000199616 1376 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Grb14-201ENSMUST00000028252 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Gm15645-201ENSMUST00000131504 2208 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Lrch4-204ENSMUST00000176667 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Def6-201ENSMUST00000002327 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Chst8-203ENSMUST00000154629 2079 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Gm26885-201ENSMUST00000181920 1688 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 AA467197-202ENSMUST00000110512 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Lce1h-201ENSMUST00000051521 706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Eif1b-201ENSMUST00000007139 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col2a1P28481 Chtop-204ENSMUST00000107342 2411 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Col2a1P28481 Tmem47-203ENSMUST00000171953 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Col2a1P28481 Paics-203ENSMUST00000120912 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Col2a1P28481 Pxk-202ENSMUST00000112689 2840 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Col2a1P28481 4930426D05Rik-202ENSMUST00000139804 1650 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Col2a1P28481 Rhoq-201ENSMUST00000024956 4151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col2a1P28481 Acvr1c-204ENSMUST00000112608 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col2a1P28481 Prmt6-201ENSMUST00000106567 2450 ntAPPRIS P1 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col2a1P28481 Mir5130-201ENSMUST00000175160 84 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
Col2a1P28481 Arpc4-204ENSMUST00000204802 794 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col2a1P28481 Golph3-205ENSMUST00000228671 2842 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.3 ms