Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Gmcl1-201ENSMUST00000001185 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Tm2d1-202ENSMUST00000102793 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Tmbim4-201ENSMUST00000020446 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Gdf15-202ENSMUST00000110103 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Fignl2-201ENSMUST00000178140 4206 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Shank3-203ENSMUST00000109309 7365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Kif7-202ENSMUST00000178048 4524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Ccdc88a-201ENSMUST00000040182 9376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Lysmd4-209ENSMUST00000208998 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Zfp382-201ENSMUST00000098596 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Anks1b-225ENSMUST00000182966 1625 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Ube2z-201ENSMUST00000100528 3997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Tpd52l1-201ENSMUST00000000305 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Tmem8-201ENSMUST00000025010 3464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Rd3-201ENSMUST00000175680 1969 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Ube2cbp-201ENSMUST00000034986 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Slc35g1-201ENSMUST00000054098 3471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Nkd1-203ENSMUST00000211113 1474 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 1810059C17Rik-201ENSMUST00000125173 487 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 B230208B08Rik-201ENSMUST00000173049 404 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Elof1-204ENSMUST00000214394 567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Plppr4-201ENSMUST00000061071 5696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Slc25a35-202ENSMUST00000102606 1828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Sqor-201ENSMUST00000005953 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Pard3-226ENSMUST00000162907 4682 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Dao-201ENSMUST00000086599 1525 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Smim15-205ENSMUST00000225972 2097 ntAPPRIS P1 BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Sptssa-201ENSMUST00000056228 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Rac1-202ENSMUST00000100489 2325 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 2810004N23Rik-201ENSMUST00000034465 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Lrrc47-201ENSMUST00000030894 3395 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Itm2c-203ENSMUST00000185569 1465 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Myo5a-214ENSMUST00000155282 6372 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Tsnax-202ENSMUST00000212603 2169 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Gm15408-201ENSMUST00000124198 1379 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Mms22l-205ENSMUST00000138567 1350 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Gm10655-201ENSMUST00000098658 1397 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Prdm8-202ENSMUST00000210477 3316 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Vsig10-201ENSMUST00000086464 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Agbl5-215ENSMUST00000202060 3121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Znrf4-201ENSMUST00000052211 1236 ntAPPRIS P1 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Hist1h2ao-201ENSMUST00000091745 480 ntAPPRIS P1 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Ankrd63-201ENSMUST00000104937 4861 ntAPPRIS P1 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Mdfic-202ENSMUST00000120512 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Slc30a5-205ENSMUST00000225922 2722 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Cdv3-201ENSMUST00000035484 3387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Whrn-205ENSMUST00000095038 2665 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Usp49-201ENSMUST00000024779 8252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Ap2m1-202ENSMUST00000090023 2080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Pick1-201ENSMUST00000018295 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Tfap4-201ENSMUST00000005862 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Shroom3-201ENSMUST00000113051 6435 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Ddit4-201ENSMUST00000020308 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Tsc22d4-205ENSMUST00000110985 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Neurl1b-203ENSMUST00000183077 1084 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Vkorc1l1-202ENSMUST00000073945 650 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Pop5-201ENSMUST00000081497 1025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Fgf22-202ENSMUST00000219228 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Lhx6-205ENSMUST00000112967 3378 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Agfg2-201ENSMUST00000031736 2893 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 H2-DMa-201ENSMUST00000042121 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Gprin1-202ENSMUST00000135343 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Ust-201ENSMUST00000061601 4228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Nrm-201ENSMUST00000074259 1466 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 5330438I03Rik-201ENSMUST00000168347 2845 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Sertad4-204ENSMUST00000155579 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Eps8-201ENSMUST00000058210 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 H2-Q7-202ENSMUST00000076256 1523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Gm43702-201ENSMUST00000198772 2546 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Arhgef7-205ENSMUST00000110909 4926 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Zfp800-203ENSMUST00000115321 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Ost4-202ENSMUST00000132253 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Gm22325-201ENSMUST00000158904 308 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Polr2m-202ENSMUST00000163972 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Slc5a10-201ENSMUST00000051552 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Tfdp2-209ENSMUST00000188750 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Tmco4-202ENSMUST00000050949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Asb1-202ENSMUST00000086843 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Ssbp2-202ENSMUST00000042122 1633 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Papola-203ENSMUST00000163473 2544 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Baiap2-204ENSMUST00000106231 4005 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Mtrf1l-201ENSMUST00000019908 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Kdm5b-203ENSMUST00000112198 5413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Tacc3-203ENSMUST00000114426 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Lrrc14-204ENSMUST00000137649 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Fkbp11-201ENSMUST00000003445 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Gm10493-201ENSMUST00000097270 612 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Vegfc-201ENSMUST00000033919 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Noxa1-201ENSMUST00000044018 1617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Nhs-201ENSMUST00000081569 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Zswim8-201ENSMUST00000022358 6073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 2310022A10Rik-201ENSMUST00000067386 2701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Dhx30-224ENSMUST00000200066 4623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Iqsec2-203ENSMUST00000112605 6017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Diablo-203ENSMUST00000111587 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Htra3-202ENSMUST00000114233 1901 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Car11-201ENSMUST00000003360 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 1700018L02Rik-201ENSMUST00000187897 2485 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Sh2b2-204ENSMUST00000196447 1783 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Use1Q9CQ56 Strn-203ENSMUST00000145910 8629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.3 ms