Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Angptl6-201ENSMUST00000043726 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
ShhQ62226 Nin-203ENSMUST00000095666 7183 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
ShhQ62226 Rbmxl1-201ENSMUST00000049245 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
ShhQ62226 Zfp644-205ENSMUST00000112698 5689 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
ShhQ62226 Gm16262-201ENSMUST00000162306 1751 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
ShhQ62226 Kcnip2-209ENSMUST00000162528 2395 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
ShhQ62226 Dnaja4-202ENSMUST00000120452 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
ShhQ62226 Mir1199-201ENSMUST00000117015 119 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
ShhQ62226 Josd2-205ENSMUST00000120852 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
ShhQ62226 Zfp787-204ENSMUST00000207628 576 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
ShhQ62226 Nkd1-203ENSMUST00000211113 1474 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
ShhQ62226 Unc13a-208ENSMUST00000177517 5654 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
ShhQ62226 Itgb4-210ENSMUST00000169928 6160 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
ShhQ62226 Lin7a-203ENSMUST00000218031 1769 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
ShhQ62226 Gls-204ENSMUST00000114513 4966 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
ShhQ62226 Magi3-203ENSMUST00000122303 3827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
ShhQ62226 Kctd15-201ENSMUST00000032709 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Stxbp5-209ENSMUST00000141722 4702 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Txnrd2-203ENSMUST00000115606 1905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Klhdc1-201ENSMUST00000063445 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Ahr-202ENSMUST00000116436 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Phf20l1-201ENSMUST00000048188 6670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Gm11532-201ENSMUST00000128111 5272 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Cnpy1-201ENSMUST00000117098 2661 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Dusp12-201ENSMUST00000027970 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Zpbp2-205ENSMUST00000107513 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
ShhQ62226 0610010K14Rik-207ENSMUST00000108577 659 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Fxyd5-208ENSMUST00000161805 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
ShhQ62226 D330020A13Rik-201ENSMUST00000181956 1069 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Atp5c1-201ENSMUST00000026887 1060 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Snx12-201ENSMUST00000077876 1002 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Ism1-202ENSMUST00000184404 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Gab1-202ENSMUST00000210676 4985 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
ShhQ62226 4933428G20Rik-201ENSMUST00000056955 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Mon2-202ENSMUST00000073792 9301 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Kcnd3-202ENSMUST00000098761 7169 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Atox1-201ENSMUST00000108857 541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Atp5c1-203ENSMUST00000114897 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Gm14321-201ENSMUST00000127441 632 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Smim1-205ENSMUST00000131325 842 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Gm10698-201ENSMUST00000182663 604 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Gm21362-201ENSMUST00000194272 928 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Pthlh-202ENSMUST00000204197 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Josd2-218ENSMUST00000206887 693 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Naxe-201ENSMUST00000029708 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Crabp1-201ENSMUST00000034830 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Foxj1-201ENSMUST00000036215 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Gpr162-204ENSMUST00000204667 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Hmga1-202ENSMUST00000117254 1328 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Trib3-201ENSMUST00000040312 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Sh2b3-203ENSMUST00000118580 2393 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Syndig1-202ENSMUST00000109935 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
ShhQ62226 4930452B06Rik-201ENSMUST00000102996 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Smpdl3a-201ENSMUST00000020022 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
ShhQ62226 1110065P20Rik-203ENSMUST00000137769 659 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Tnfaip8l2-201ENSMUST00000013851 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Dlgap2-209ENSMUST00000152652 3842 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Gm29458-201ENSMUST00000187093 354 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Tcta-202ENSMUST00000192886 1094 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Ankrd39-202ENSMUST00000194894 664 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Pomc-204ENSMUST00000219543 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Fgfr1op2-202ENSMUST00000058245 918 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Galnt16-204ENSMUST00000218943 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Map3k1-201ENSMUST00000109267 6978 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Dpy19l1-203ENSMUST00000142064 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Sdcbp-201ENSMUST00000029912 2745 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Paics-201ENSMUST00000031160 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Bcl11b-203ENSMUST00000109891 2888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Gm5953-201ENSMUST00000220644 2616 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Casp6-201ENSMUST00000029626 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Jag1-201ENSMUST00000028735 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Prkaca-201ENSMUST00000005606 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Cdk19-201ENSMUST00000044672 5807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Dhrs7-201ENSMUST00000021512 1385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Ythdf3-201ENSMUST00000108345 5102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Itsn1-205ENSMUST00000113996 5147 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Sdf4-204ENSMUST00000105579 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Selenos-201ENSMUST00000101801 1191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Tpm1-208ENSMUST00000113689 904 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Sec11c-201ENSMUST00000025394 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Cox8a-201ENSMUST00000039758 545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Espn-202ENSMUST00000049305 1142 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Chpt1-202ENSMUST00000073783 852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Rps28-201ENSMUST00000087342 392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Tsks-202ENSMUST00000120929 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Abhd13-201ENSMUST00000048216 5074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Gfra3-201ENSMUST00000025224 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Shisa7-203ENSMUST00000119433 3481 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Cbx2-201ENSMUST00000026662 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Gm21596-201ENSMUST00000178049 1316 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Ptprf-201ENSMUST00000049074 7656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Igsf9b-201ENSMUST00000115247 2857 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Zfp467-208ENSMUST00000114564 626 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Btg1-202ENSMUST00000218953 668 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Nudt8-202ENSMUST00000025802 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Igsf8-202ENSMUST00000085912 2182 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Gm10819-201ENSMUST00000099988 561 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Man2a2-201ENSMUST00000098346 6554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Pitpnm2-210ENSMUST00000162812 6952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
ShhQ62226 Arrb2-205ENSMUST00000108568 1777 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.5 ms