Protein–RNA interactions for Protein: P43488

Tnfsf4, Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4, mousemouse

Predictions only

Length 198 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Tnfsf4P43488 Gm8969-201ENSMUST00000199694 526 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Gm10493-201ENSMUST00000097270 612 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Porcn-202ENSMUST00000082320 1883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Pdxdc1-202ENSMUST00000115802 2466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Cops8-201ENSMUST00000036153 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Cog2-201ENSMUST00000034460 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Rragd-201ENSMUST00000029946 5055 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Sprtn-201ENSMUST00000034467 4464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Pcyt2-203ENSMUST00000106188 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Acp4-203ENSMUST00000118216 1454 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Ino80e-201ENSMUST00000050833 1944 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Fam98a-201ENSMUST00000112507 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Ubald1-201ENSMUST00000037843 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Lrp5-202ENSMUST00000176867 2759 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Rcn1-201ENSMUST00000006128 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Zfp444-202ENSMUST00000108565 849 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Mpzl1-210ENSMUST00000194437 643 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Ap3s1-204ENSMUST00000225520 957 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Xxylt1-201ENSMUST00000055389 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Nrl-201ENSMUST00000062232 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Kctd13-201ENSMUST00000032924 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Gm19554-201ENSMUST00000220934 2076 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Efna4-201ENSMUST00000029674 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Gm37194-201ENSMUST00000193092 3031 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Zfp622-201ENSMUST00000061875 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Stox1-202ENSMUST00000133371 3510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Mfhas1-201ENSMUST00000037666 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Senp2-201ENSMUST00000023561 4499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Dcaf8-206ENSMUST00000192704 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Tor2a-208ENSMUST00000177382 396 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 AC099934.2-201ENSMUST00000196389 70 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 AC156953.1-201ENSMUST00000196953 70 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 AC157822.2-201ENSMUST00000200291 70 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Rnf112-202ENSMUST00000060255 3161 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Pkp4-202ENSMUST00000102754 4614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Ostm1-201ENSMUST00000040718 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Camk2d-228ENSMUST00000200171 5396 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Nfil3-201ENSMUST00000071065 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Shq1-204ENSMUST00000170667 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Crtap-201ENSMUST00000084881 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Ocel1-202ENSMUST00000110051 2179 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 2700046G09Rik-201ENSMUST00000181612 1641 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Tigd3-201ENSMUST00000055911 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Sertad4-204ENSMUST00000155579 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Ripor2-202ENSMUST00000058009 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Pdcd5-201ENSMUST00000118501 684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Gm13441-201ENSMUST00000140104 1168 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Pdlim5-202ENSMUST00000058626 873 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Jade1-202ENSMUST00000163764 5584 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Mapre3-201ENSMUST00000031058 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Yipf3-201ENSMUST00000095263 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 9930012K11Rik-201ENSMUST00000058240 1986 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Nsg1-201ENSMUST00000031009 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Col15a1-202ENSMUST00000102917 5172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Lhx6-205ENSMUST00000112967 3378 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Man1c1-202ENSMUST00000054096 4715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Best2-203ENSMUST00000209421 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Mef2d-202ENSMUST00000107558 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Atp2c1-201ENSMUST00000038118 4876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Btbd6-202ENSMUST00000165079 1975 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Cyp2u1-203ENSMUST00000200236 1716 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Pabpn1-205ENSMUST00000141446 912 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Jsrp1-201ENSMUST00000020435 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Mrpl39-201ENSMUST00000116584 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 4930503L19Rik-201ENSMUST00000067556 2291 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Vac14-201ENSMUST00000034190 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Npdc1-201ENSMUST00000055921 1412 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Ube2k-201ENSMUST00000142407 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Glra1-201ENSMUST00000075603 2037 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Hjurp-202ENSMUST00000065420 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Fam172a-202ENSMUST00000099358 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Rasl10b-204ENSMUST00000175848 3249 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Ints8-202ENSMUST00000108318 3169 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Camsap3-206ENSMUST00000207533 2584 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Tssk2-201ENSMUST00000055374 1387 ntAPPRIS P1 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Aqp5-201ENSMUST00000088200 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Ctnnbip1-201ENSMUST00000030839 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Rnf157-202ENSMUST00000106398 4553 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Zdhhc6-201ENSMUST00000076891 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Mff-202ENSMUST00000078332 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Trim24-201ENSMUST00000031859 4042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 D1Ertd622e-204ENSMUST00000153115 3495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Mff-208ENSMUST00000160786 1645 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Tnfsf4P43488 Ece2-202ENSMUST00000122306 2495 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Tnfsf4P43488 Sri-205ENSMUST00000148633 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Tnfsf4P43488 Diaph1-205ENSMUST00000115634 5666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
Tnfsf4P43488 Col4a3bp-201ENSMUST00000077672 2746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Tnfsf4P43488 Tradd-201ENSMUST00000034359 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Tnfsf4P43488 Flot1-201ENSMUST00000001569 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Tnfsf4P43488 Ebf3-204ENSMUST00000169486 4994 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Tnfsf4P43488 Eif4enif1-203ENSMUST00000110049 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Tnfsf4P43488 Chst8-203ENSMUST00000154629 2079 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Tnfsf4P43488 Tsen2-203ENSMUST00000130425 638 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Tnfsf4P43488 Ccdc85b-201ENSMUST00000179549 609 ntAPPRIS P1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Tnfsf4P43488 Gm26881-201ENSMUST00000180426 593 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Tnfsf4P43488 a-201ENSMUST00000029123 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Tnfsf4P43488 Gpr3-201ENSMUST00000052090 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Tnfsf4P43488 Matn4-202ENSMUST00000103104 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Tnfsf4P43488 Hikeshi-206ENSMUST00000153470 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Tnfsf4P43488 Itsn1-201ENSMUST00000056482 5364 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.1 ms