Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Marcks-201ENSMUST00000092584 4048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Pcnp-202ENSMUST00000114444 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Rock2-201ENSMUST00000020904 7644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Rragd-203ENSMUST00000098190 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp746-203ENSMUST00000203609 3648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 AC153881.1-201ENSMUST00000214448 284 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 AC154649.1-201ENSMUST00000227392 384 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Tm7sf2-202ENSMUST00000113543 1498 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Dpf1-202ENSMUST00000065181 1574 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Cd47-201ENSMUST00000084838 5277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 St7l-201ENSMUST00000059271 5728 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Krcc1-203ENSMUST00000204436 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Ptges3-202ENSMUST00000084771 1559 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Tpm1-204ENSMUST00000113684 887 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Gm20635-201ENSMUST00000176473 1287 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 9130019P16Rik-203ENSMUST00000185712 650 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Ube2a-208ENSMUST00000202812 719 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Hebp1-201ENSMUST00000045855 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Plpp1-202ENSMUST00000070951 1272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Itsn1-206ENSMUST00000113999 5393 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Nova2-202ENSMUST00000220302 8372 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Nova2-201ENSMUST00000032571 8372 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 4732440D04Rik-203ENSMUST00000191825 5428 ntBASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Gm45447-201ENSMUST00000209874 1805 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Map4k4-201ENSMUST00000163854 5782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp644-204ENSMUST00000112696 5785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Plk3-201ENSMUST00000076859 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Gm16054-201ENSMUST00000139469 1819 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Gm38308-201ENSMUST00000194934 1809 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Tlcd1-203ENSMUST00000108338 714 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Gm10138-203ENSMUST00000206952 366 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 4930412O13Rik-201ENSMUST00000026889 1187 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Inppl1-202ENSMUST00000165052 4730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Nptx1-201ENSMUST00000026670 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Pdzd8-201ENSMUST00000099274 7076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Smad7-201ENSMUST00000026999 4278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Nanp-201ENSMUST00000066640 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Mtx1-201ENSMUST00000073572 1617 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Ost4-201ENSMUST00000132034 576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Gm3264-202ENSMUST00000166776 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Gm8909-202ENSMUST00000097335 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Aup1-201ENSMUST00000092618 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Rtcb-201ENSMUST00000001834 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Arid1a-202ENSMUST00000105897 8175 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Nck2-201ENSMUST00000086421 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Rab3ip-201ENSMUST00000020375 2690 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Sema3c-201ENSMUST00000030568 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Tpd52l1-201ENSMUST00000000305 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Gm38345-201ENSMUST00000192635 1748 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Antxr1-201ENSMUST00000042025 5253 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Rbm43-201ENSMUST00000102767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Chst3-202ENSMUST00000135158 6108 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Pcbp1-201ENSMUST00000053015 1830 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Plekhg3-201ENSMUST00000075249 5138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Shc2-201ENSMUST00000020564 3243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Zbtb7a-201ENSMUST00000048128 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 4930461C15Rik-201ENSMUST00000133622 1302 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Gm45560-201ENSMUST00000211492 1472 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 CT010444.2-201ENSMUST00000217877 1629 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Dip2c-203ENSMUST00000174552 8023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Gm15375-201ENSMUST00000119510 849 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Sqstm1-205ENSMUST00000143379 1266 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Gm6576-201ENSMUST00000169678 883 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Gm2479-201ENSMUST00000173312 1053 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Gabarapl1-202ENSMUST00000204487 902 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem192-201ENSMUST00000026595 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Trim58-201ENSMUST00000075084 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Jag1-201ENSMUST00000028735 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 AC121961.1-201ENSMUST00000218594 1779 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Satb1-211ENSMUST00000152830 5993 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Rbm18-201ENSMUST00000028251 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Kcnip2-209ENSMUST00000162528 2395 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Lrrc75b-201ENSMUST00000051129 4601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 2510002D24Rik-201ENSMUST00000055413 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Olfr1411-201ENSMUST00000073748 972 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Npepl1-201ENSMUST00000044415 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Itsn2-215ENSMUST00000220311 6080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Ruvbl1-201ENSMUST00000032165 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem44-204ENSMUST00000140402 2405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Hapln2-201ENSMUST00000005014 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Pkp4-210ENSMUST00000168631 4484 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Asap2-202ENSMUST00000064595 5678 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Egln2-202ENSMUST00000108382 1756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Hrh3-202ENSMUST00000163215 1401 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp1r3g-203ENSMUST00000225537 2389 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Gls2-201ENSMUST00000044776 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Pxk-201ENSMUST00000036682 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Atox1-201ENSMUST00000108857 541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Mir6982-201ENSMUST00000184354 68 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Pantr1-210ENSMUST00000185599 343 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Tbc1d7-201ENSMUST00000021797 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Gnb5-201ENSMUST00000076889 1188 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Rhod-202ENSMUST00000117462 1495 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Mdfi-202ENSMUST00000066368 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Btbd6-202ENSMUST00000165079 1975 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Guca1b-202ENSMUST00000145462 1556 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Bhlhe22-201ENSMUST00000026120 3344 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Cenps-202ENSMUST00000105695 544 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Mthfsl-201ENSMUST00000113110 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Tpm1-208ENSMUST00000113689 904 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.2 ms