Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 2900072N19Rik-201ENSMUST00000123840 806 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Gm17098-201ENSMUST00000166507 628 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Smim15-206ENSMUST00000226042 1092 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Map4k5-203ENSMUST00000110570 4498 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Ptges3-201ENSMUST00000052798 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Papola-212ENSMUST00000168186 2436 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Fstl3-201ENSMUST00000020575 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Gpr137b-ps-203ENSMUST00000220758 1942 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Rpap3-201ENSMUST00000023104 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Pgf-204ENSMUST00000223220 2080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Trmt11-201ENSMUST00000019927 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Fmnl2-203ENSMUST00000090952 5414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Dlg3-204ENSMUST00000113736 4940 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Rab5c-202ENSMUST00000107364 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Unc50-203ENSMUST00000118059 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Gm17035-201ENSMUST00000170557 419 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 H2-K2-201ENSMUST00000174250 1049 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Eloc-203ENSMUST00000185771 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Nbn-201ENSMUST00000029879 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Fam57a-201ENSMUST00000094014 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Trak1-209ENSMUST00000210798 5363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Ubr5-201ENSMUST00000110336 9242 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Gm42922-201ENSMUST00000195887 2078 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Lrrfip1-201ENSMUST00000068116 2050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Polr3gl-201ENSMUST00000091924 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Erlin1-202ENSMUST00000112028 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Espn-211ENSMUST00000105657 1375 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Dlg1-202ENSMUST00000064477 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Tomm6-202ENSMUST00000113302 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Creb1-207ENSMUST00000187811 1255 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Kcnn4-203ENSMUST00000205626 461 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Aprt-201ENSMUST00000006764 849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Sptbn4-201ENSMUST00000011895 8747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Arrb2-203ENSMUST00000102563 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Fam213a-202ENSMUST00000118466 1567 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Pon1-201ENSMUST00000002663 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Zc3h14-202ENSMUST00000057000 3046 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Rae1-201ENSMUST00000029013 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem102-201ENSMUST00000051025 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Isca1-201ENSMUST00000057115 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Gm19391-201ENSMUST00000196653 999 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Cops9-201ENSMUST00000097642 438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Gm7856-201ENSMUST00000117514 1493 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Cebpg-202ENSMUST00000130491 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Mycl-202ENSMUST00000106252 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Cdkl3-203ENSMUST00000109076 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Dnaja4-202ENSMUST00000120452 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Dhrs7-201ENSMUST00000021512 1385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Fam118a-201ENSMUST00000023069 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Pdgfa-201ENSMUST00000046901 1543 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Tspan4-201ENSMUST00000026585 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Gm15378-201ENSMUST00000121894 207 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Gm38285-201ENSMUST00000192928 922 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Gm16475-201ENSMUST00000207306 512 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem91-201ENSMUST00000079439 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Cdh4-201ENSMUST00000000314 6388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Palm-202ENSMUST00000105379 2519 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Mtmr1-202ENSMUST00000114601 4640 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Sh2b2-204ENSMUST00000196447 1783 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Ccdc107-202ENSMUST00000107922 865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Tex30-204ENSMUST00000128190 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Ccdc107-201ENSMUST00000030181 817 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Gm44544-201ENSMUST00000207052 1844 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Itga9-201ENSMUST00000044165 7020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Egln1-201ENSMUST00000034469 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Gm45906-201ENSMUST00000208911 1430 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Snrnp35-202ENSMUST00000111453 1181 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 C1qtnf5-202ENSMUST00000114816 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Dohh-206ENSMUST00000131968 672 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Arhgef33-211ENSMUST00000225658 473 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Gatad2a-202ENSMUST00000116463 3363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Ccdc39Q9D5Y1 Naxd-201ENSMUST00000033901 1359 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Phldb3-204ENSMUST00000206422 2564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Cyb5r4-201ENSMUST00000168529 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Cacng4-201ENSMUST00000021066 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Mrps10-204ENSMUST00000120737 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Ccnd2-202ENSMUST00000201066 983 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Trappc6a-201ENSMUST00000002112 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Prss21-201ENSMUST00000024928 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Wdr33-202ENSMUST00000082319 1152 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Gm45736-201ENSMUST00000210592 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Ubp1-201ENSMUST00000009885 3742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Kmt5b-204ENSMUST00000113970 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Fbxo30-201ENSMUST00000070300 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Tpra1-223ENSMUST00000204765 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Epc2-201ENSMUST00000092123 4697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Thoc3-201ENSMUST00000026990 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Dkk4-201ENSMUST00000033936 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Spg7-209ENSMUST00000149248 2896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Atp5d-203ENSMUST00000105367 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Gm9194-201ENSMUST00000220749 1447 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Slc30a9-204ENSMUST00000162372 5711 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Slc29a1-201ENSMUST00000051574 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Npm3-ps1-201ENSMUST00000119728 528 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Stard10-211ENSMUST00000210192 1258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Npm3-201ENSMUST00000070215 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Pgam5-202ENSMUST00000112505 2098 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Stx18-201ENSMUST00000031008 1471 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 Stac2-201ENSMUST00000017544 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc39Q9D5Y1 4930471E19Rik-201ENSMUST00000219022 1514 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.5 ms