Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Lsm6-201ENSMUST00000051867 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Gm15645-201ENSMUST00000131504 2208 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Rhoa-201ENSMUST00000007959 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Stac-201ENSMUST00000035083 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Dnajb3-201ENSMUST00000119972 1051 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Nsg1-204ENSMUST00000201363 820 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Cmc1-202ENSMUST00000215799 531 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 AC156016.1-201ENSMUST00000227190 1035 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Otx2os1-204ENSMUST00000227221 751 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Mrps28-201ENSMUST00000042148 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Adcy9-203ENSMUST00000120080 4974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Tagln-201ENSMUST00000034590 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Trim63-202ENSMUST00000105875 1886 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Cdca4-202ENSMUST00000220899 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Syndig1-202ENSMUST00000109935 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Gm3331-201ENSMUST00000183423 1017 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Btg1-202ENSMUST00000218953 668 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Timm23-208ENSMUST00000226683 750 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Gm10273-201ENSMUST00000092511 1126 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Tmem80-201ENSMUST00000026578 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Zfp943-202ENSMUST00000153985 1598 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Gm10575-201ENSMUST00000097947 1671 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Rap1b-201ENSMUST00000064667 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Txndc5-201ENSMUST00000035988 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Rab1b-201ENSMUST00000025804 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Tsks-201ENSMUST00000080233 1806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Gm17484-201ENSMUST00000167899 2322 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Mir9-3hg-206ENSMUST00000182937 636 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Flywch2-201ENSMUST00000024704 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Tollip-202ENSMUST00000055819 1100 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Car2-201ENSMUST00000029078 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Rasgef1a-201ENSMUST00000164960 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Gm10616-201ENSMUST00000205285 2127 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Slc25a31-201ENSMUST00000091184 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Coq5-201ENSMUST00000040421 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Tbx3os2-201ENSMUST00000135385 1345 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Atf6b-201ENSMUST00000015605 2566 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Ncoa5-202ENSMUST00000121377 2930 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Tatdn2-201ENSMUST00000089018 3096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Uqcr11-201ENSMUST00000020372 445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Farsa-201ENSMUST00000003906 1826 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Parp12-201ENSMUST00000038398 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Trim28Q62318 Trim14-201ENSMUST00000046897 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Tuba3b-201ENSMUST00000087445 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Gm37820-201ENSMUST00000194021 2147 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Rhbdf1-201ENSMUST00000020524 2946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Il4i1-201ENSMUST00000033015 2048 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Brd1-203ENSMUST00000109381 4886 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Fam83d-201ENSMUST00000029183 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Nudt19-201ENSMUST00000040962 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Chtop-204ENSMUST00000107342 2411 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Nrn1-202ENSMUST00000122286 691 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Rcbtb2-217ENSMUST00000167401 868 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Gm43799-201ENSMUST00000201845 579 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Acp5-204ENSMUST00000213815 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Acp5-206ENSMUST00000217643 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Clk4-201ENSMUST00000093132 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Ccnd3-215ENSMUST00000183044 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Mthfd2-201ENSMUST00000005810 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Lancl2-201ENSMUST00000050077 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Tha1-201ENSMUST00000033230 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Zbtb4-203ENSMUST00000108640 4067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Phgr1-202ENSMUST00000130293 542 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Nsl1-203ENSMUST00000139340 837 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Sct-202ENSMUST00000167790 507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Gm42738-201ENSMUST00000201813 439 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Ppic-201ENSMUST00000025419 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Atp23-201ENSMUST00000026504 903 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Sct-201ENSMUST00000046156 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Tmem196-201ENSMUST00000058644 1678 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Cables2-201ENSMUST00000108891 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Fam193b-201ENSMUST00000021957 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Zfp800-203ENSMUST00000115321 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Noxa1-201ENSMUST00000044018 1617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Xkr4-201ENSMUST00000070533 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Arf1-202ENSMUST00000163300 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Dcxr-202ENSMUST00000106148 830 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Gm10517-202ENSMUST00000192970 758 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Cib1-207ENSMUST00000206084 772 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 4932443I19Rik-204ENSMUST00000214337 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Cib1-202ENSMUST00000071457 702 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Zc3h14-202ENSMUST00000057000 3046 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Pknox2-201ENSMUST00000039674 3632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Prmt6-201ENSMUST00000106567 2450 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Nck2-201ENSMUST00000086421 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Snx5-202ENSMUST00000110030 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Hpn-202ENSMUST00000108102 1830 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Mark2-206ENSMUST00000164205 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Eif4g3-201ENSMUST00000058133 2663 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Tnnt2-202ENSMUST00000112085 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Tnnt2-203ENSMUST00000112086 1094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Tnnt2-204ENSMUST00000112087 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Bex3-202ENSMUST00000113112 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Gm13401-201ENSMUST00000117074 291 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Gm20403-201ENSMUST00000173803 372 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Tnnt2-206ENSMUST00000178854 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim28Q62318 Tnnt2-211ENSMUST00000189355 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.3 ms