Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Ttc13-201ENSMUST00000041614 3038 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
Usp4P35123 Cirbp-202ENSMUST00000105365 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
Usp4P35123 Arpc4-201ENSMUST00000156898 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
Usp4P35123 Sqor-201ENSMUST00000005953 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
Usp4P35123 Yipf2-202ENSMUST00000078572 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
Usp4P35123 Apbb1-214ENSMUST00000189378 2878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
Usp4P35123 Col4a3bp-202ENSMUST00000109444 5285 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
Usp4P35123 Capn1-202ENSMUST00000164843 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
Usp4P35123 Ercc6l2-203ENSMUST00000067821 2743 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.62
Usp4P35123 Pkp4-210ENSMUST00000168631 4484 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Sh2b2-204ENSMUST00000196447 1783 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Fam241b-209ENSMUST00000142821 1283 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Smim1-209ENSMUST00000145527 562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Tmem42-202ENSMUST00000213514 631 ntTSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Jkamp-201ENSMUST00000057257 1292 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Nectin2-202ENSMUST00000108450 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Gm29394-202ENSMUST00000176935 1326 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Synm-205ENSMUST00000208815 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Exoc3l2-202ENSMUST00000137613 4016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Haus8-201ENSMUST00000035960 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Nfil3-201ENSMUST00000071065 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Scly-201ENSMUST00000027532 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Arpc1a-201ENSMUST00000031625 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Msx2-201ENSMUST00000021922 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Itsn2-201ENSMUST00000062580 5987 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Zfp697-201ENSMUST00000056096 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Tha1-201ENSMUST00000033230 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Lrp5-202ENSMUST00000176867 2759 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Acss2-201ENSMUST00000029135 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Sh3gl2-203ENSMUST00000107188 2286 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 D1Ertd622e-204ENSMUST00000153115 3495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Zfp467-201ENSMUST00000101443 599 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 0610010K14Rik-202ENSMUST00000021181 779 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 AC107452.1-201ENSMUST00000227963 481 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Hist1h2ag-201ENSMUST00000091741 485 ntAPPRIS P1 BASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Osgin2-201ENSMUST00000037198 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Tgds-204ENSMUST00000228543 1594 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Noxa1-201ENSMUST00000044018 1617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Zdhhc1-201ENSMUST00000044286 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Arrb2-204ENSMUST00000102564 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Mtmr1-201ENSMUST00000015358 4634 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Vsig10l-204ENSMUST00000203769 2473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Fam104a-201ENSMUST00000120194 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Klf14-201ENSMUST00000101589 3056 ntAPPRIS P1 BASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Ppm1m-203ENSMUST00000140761 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Gas5-217ENSMUST00000161005 430 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Cox16-207ENSMUST00000169124 685 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Nrxn1-217ENSMUST00000174337 3021 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 0610038B21Rik-202ENSMUST00000184762 1524 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Gpx1-202ENSMUST00000191997 787 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 D830036C21Rik-201ENSMUST00000207444 453 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Gm44899-202ENSMUST00000209433 511 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Cox4i1-201ENSMUST00000034276 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Hsd17b2-201ENSMUST00000034304 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Faim-201ENSMUST00000035038 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Rmnd1-201ENSMUST00000042251 3139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Fbxo6-202ENSMUST00000056965 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Nsmf-202ENSMUST00000074422 2824 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Ppm1h-201ENSMUST00000067918 6369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Sntg2-201ENSMUST00000021004 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 9030624G23Rik-201ENSMUST00000101538 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Gxylt1-201ENSMUST00000049484 6611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Podxl2-202ENSMUST00000061262 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Adrb2-201ENSMUST00000053640 2143 ntAPPRIS P1 BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Kcnj4-201ENSMUST00000057801 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Schip1-203ENSMUST00000170788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Capzb-204ENSMUST00000102508 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Stac2-201ENSMUST00000017544 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Gm26507-201ENSMUST00000181838 1410 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Fam98a-201ENSMUST00000112507 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Hoxb4-201ENSMUST00000049241 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Erh-205ENSMUST00000218740 981 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Gar1-201ENSMUST00000029643 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Gm10602-201ENSMUST00000098239 609 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Dnaja3-202ENSMUST00000115854 2505 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Ocel1-202ENSMUST00000110051 2179 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 3110043O21Rik-203ENSMUST00000108127 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Myo1b-203ENSMUST00000114537 4618 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Ecel1-201ENSMUST00000027463 2695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Misp-205ENSMUST00000219305 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Mbd6-202ENSMUST00000119078 4287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Cep57-208ENSMUST00000147115 2262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Ddx28-201ENSMUST00000058579 2262 ntAPPRIS P1 BASIC18.85■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Vsig10-201ENSMUST00000086464 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Gm26858-201ENSMUST00000180608 2040 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Gng2-202ENSMUST00000159028 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Gm27801-201ENSMUST00000184174 223 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Camkk2-202ENSMUST00000196742 1084 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Mrpl52-204ENSMUST00000199195 463 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Ccdc84-211ENSMUST00000217270 681 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Lrrfip2-202ENSMUST00000098340 3191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Best2-203ENSMUST00000209421 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Scn1b-203ENSMUST00000211945 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Dlgap1-206ENSMUST00000133717 2355 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
Usp4P35123 P2rx5-201ENSMUST00000006104 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Mff-202ENSMUST00000078332 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Smarca4-201ENSMUST00000034707 6354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Zfp800-203ENSMUST00000115321 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Tmem132d-201ENSMUST00000044441 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Usp4P35123 Bpifb4-203ENSMUST00000109759 2115 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.9 ms