Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Plekhh1-201ENSMUST00000039928 6439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 Sumf1-201ENSMUST00000032191 2593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 Cebpa-201ENSMUST00000042985 2626 ntAPPRIS P1 BASIC19.22■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 Iars2-203ENSMUST00000110975 2801 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 D330020A13Rik-201ENSMUST00000181956 1069 ntAPPRIS P1 BASIC19.22■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 Arl4c-203ENSMUST00000187810 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 Clint1-202ENSMUST00000109261 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 Psmd4-202ENSMUST00000107237 1332 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 Mdfic-202ENSMUST00000120512 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 Chst7-201ENSMUST00000044138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 Cisd2-202ENSMUST00000120988 1363 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 Syde1-201ENSMUST00000040580 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 Tpra1-223ENSMUST00000204765 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 Calu-208ENSMUST00000173694 611 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 Gm16475-201ENSMUST00000207306 512 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 4930554C24Rik-202ENSMUST00000216019 1159 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 1700020N01Rik-201ENSMUST00000057341 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 Shkbp1-201ENSMUST00000003857 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Sf3b1Q99NB9 Tmem102-201ENSMUST00000051025 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Lsp1-204ENSMUST00000105967 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Guca1b-202ENSMUST00000145462 1556 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Acvr1b-201ENSMUST00000000544 4413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Gm7628-201ENSMUST00000134690 2010 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Tsks-202ENSMUST00000120929 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Gm7856-201ENSMUST00000117514 1493 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Gm19426-201ENSMUST00000181711 726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Usf3-201ENSMUST00000088356 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Stk11-201ENSMUST00000003152 2566 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Espn-206ENSMUST00000103196 1323 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Eva1a-201ENSMUST00000042974 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Igf2bp2-201ENSMUST00000100052 3899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Fam57a-201ENSMUST00000094014 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Hs3st5-202ENSMUST00000167191 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Tlcd1-201ENSMUST00000092880 2700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Pcnp-202ENSMUST00000114444 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Gm15375-201ENSMUST00000119510 849 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Rapgef1-203ENSMUST00000102872 6402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Arrb2-204ENSMUST00000102564 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Dpf1-203ENSMUST00000108230 1553 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Snx15-201ENSMUST00000025702 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Espn-211ENSMUST00000105657 1375 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Cyp4f13-204ENSMUST00000139353 1389 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Ndufv1-202ENSMUST00000128787 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Ndufv1-207ENSMUST00000134479 1438 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 6030445D17Rik-201ENSMUST00000084593 1728 ntAPPRIS P1 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Actl6a-201ENSMUST00000029214 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Fmnl2-204ENSMUST00000127122 5508 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Smtnl2-201ENSMUST00000050226 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Lrrc36-202ENSMUST00000109355 2411 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Pon1-201ENSMUST00000002663 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Setd3-201ENSMUST00000071095 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Irak1bp1-202ENSMUST00000113245 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Lpin2-213ENSMUST00000156570 1586 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Cldn14-205ENSMUST00000177648 1266 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Gm9484-201ENSMUST00000195892 1159 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Fgfr1op2-202ENSMUST00000058245 918 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Nr1h3-204ENSMUST00000111356 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Pknox2-201ENSMUST00000039674 3632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Rbmxl1-201ENSMUST00000049245 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Tymp-201ENSMUST00000023285 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Nanp-201ENSMUST00000066640 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Mchr1-201ENSMUST00000166855 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Dnaja4-202ENSMUST00000120452 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Edn2-201ENSMUST00000030384 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Pou2f2-205ENSMUST00000108417 1937 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Dpf1-202ENSMUST00000065181 1574 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Sh2b3-203ENSMUST00000118580 2393 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Zpbp2-205ENSMUST00000107513 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Gm20878-202ENSMUST00000108028 339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Gm13836-201ENSMUST00000121159 501 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Gm12979-201ENSMUST00000145488 405 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Cox7a2l-202ENSMUST00000167741 1147 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Krtap5-1-202ENSMUST00000188274 742 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Gm45337-201ENSMUST00000210537 1267 ntAPPRIS P1 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Cmc1-202ENSMUST00000215799 531 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 AC175538.1-201ENSMUST00000225343 1269 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Nubp1-201ENSMUST00000023146 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Nudt10-201ENSMUST00000103006 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Cachd1-201ENSMUST00000030257 5765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Dap3-201ENSMUST00000090938 4760 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Pex11b-202ENSMUST00000118557 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Gm20403-201ENSMUST00000173803 372 ntAPPRIS P1 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Mir5122-201ENSMUST00000175004 89 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Wnk2-204ENSMUST00000110096 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Minpp1-201ENSMUST00000025827 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Src-203ENSMUST00000109529 2020 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Spsb4-201ENSMUST00000055433 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Pgf-204ENSMUST00000223220 2080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Krt4-201ENSMUST00000023797 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Gm45560-201ENSMUST00000211492 1472 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Scamp3-201ENSMUST00000029684 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 B3gat2-202ENSMUST00000140583 1737 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Tmem145-202ENSMUST00000119703 1781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Nsmf-206ENSMUST00000114388 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Aldh7a1-206ENSMUST00000172734 1880 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Rab5c-202ENSMUST00000107364 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Ppp1r21-201ENSMUST00000038551 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Tmem44-204ENSMUST00000140402 2405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sf3b1Q99NB9 Snx4-201ENSMUST00000023502 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.3 ms