Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 AC121577.1-201ENSMUST00000227302 707 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Tmem62-201ENSMUST00000067582 2921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Rbm18-201ENSMUST00000028251 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Tmed3-201ENSMUST00000058488 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Lhx2-203ENSMUST00000143783 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Hmgxb3-201ENSMUST00000091884 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Naxd-201ENSMUST00000033901 1359 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Smarcd3-208ENSMUST00000195943 1712 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Smarcd3-201ENSMUST00000030791 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Mxi1-201ENSMUST00000003870 5156 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Tmie-201ENSMUST00000050958 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Gart-202ENSMUST00000120450 1865 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Grk2-202ENSMUST00000088737 3376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Snapc2-201ENSMUST00000011981 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Gm37563-201ENSMUST00000192580 1513 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Ccdc3-201ENSMUST00000027988 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Gpr137-203ENSMUST00000099776 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Adamtsl5-201ENSMUST00000095446 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Socs6-203ENSMUST00000125362 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Gm15853-202ENSMUST00000195518 2041 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Actl6a-201ENSMUST00000029214 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Gm11747-201ENSMUST00000142751 1648 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Aunip-201ENSMUST00000105866 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Mrps10-201ENSMUST00000060752 1109 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Mdfi-201ENSMUST00000035375 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Gorasp2-202ENSMUST00000112201 2417 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Sulf2-201ENSMUST00000088086 3927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Arrb1-210ENSMUST00000179755 7135 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Arrb1-202ENSMUST00000098266 7132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Wnt10b-203ENSMUST00000226610 2217 ntAPPRIS P1 BASIC16.85■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Arid3c-204ENSMUST00000171251 1751 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Nat9-201ENSMUST00000103038 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Tlcd1-203ENSMUST00000108338 714 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Psenen-201ENSMUST00000043898 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Mtmr14-201ENSMUST00000113146 2676 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Uck1-201ENSMUST00000002625 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Pgs1-203ENSMUST00000132676 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Edn2-201ENSMUST00000030384 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Scn1b-203ENSMUST00000211945 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Hsdl1-201ENSMUST00000036049 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Cep57-209ENSMUST00000148086 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Nbl1-201ENSMUST00000042844 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Yipf2-203ENSMUST00000180365 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Zfp821-206ENSMUST00000212964 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Pcnp-202ENSMUST00000114444 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Ssx2ip-204ENSMUST00000106153 3446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Gm6627-201ENSMUST00000218299 2386 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Pdxdc1-203ENSMUST00000115803 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Gm2559-201ENSMUST00000201323 363 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Rps16-201ENSMUST00000082134 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Psmd6-201ENSMUST00000022256 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Gm10167-201ENSMUST00000150411 1479 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Ppm1m-203ENSMUST00000140761 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Gm3164-201ENSMUST00000168866 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Gm4779-203ENSMUST00000147742 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Pgf-204ENSMUST00000223220 2080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Myo1b-203ENSMUST00000114537 4618 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Dcun1d1-201ENSMUST00000108182 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Negr1-202ENSMUST00000074015 4983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Neurl1b-201ENSMUST00000053020 6195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Cnot11-201ENSMUST00000003219 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Slc30a9-201ENSMUST00000113676 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
ShhQ62226 Dstn-201ENSMUST00000103172 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Ica1-203ENSMUST00000115519 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Slc35a2-203ENSMUST00000115663 1527 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Fzd5-202ENSMUST00000116133 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Gm16192-201ENSMUST00000148357 937 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Leng1-201ENSMUST00000019878 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Cfap36-201ENSMUST00000020754 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Adap2-201ENSMUST00000021050 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
ShhQ62226 AC165249.1-201ENSMUST00000220031 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Fam105a-203ENSMUST00000226170 3043 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Krt4-201ENSMUST00000023797 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Ppm1n-201ENSMUST00000032560 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Olig2-201ENSMUST00000035608 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Sigmar1-202ENSMUST00000071561 1547 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Atf6b-201ENSMUST00000015605 2566 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Trmt11-201ENSMUST00000019927 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Dbr1-201ENSMUST00000066650 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Ptges3-201ENSMUST00000052798 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Kcnk3-201ENSMUST00000066295 3811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Mapre3-202ENSMUST00000200692 1816 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Arrb2-202ENSMUST00000084954 1732 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Eif3b-201ENSMUST00000100507 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Unc50-203ENSMUST00000118059 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Gm11713-201ENSMUST00000139941 523 ntTSL 3 BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Gm37055-201ENSMUST00000191866 133 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 1810059H22Rik-205ENSMUST00000204570 690 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Nt5c-201ENSMUST00000021082 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Gm9987-201ENSMUST00000069768 567 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Psmd4-201ENSMUST00000071664 1276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Stim2-204ENSMUST00000201469 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Gcgr-201ENSMUST00000026119 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Gm3020-202ENSMUST00000167430 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Gm10409-201ENSMUST00000170123 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 C230037L18Rik-201ENSMUST00000136218 1886 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Zbtb7a-201ENSMUST00000048128 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Nt5c3b-204ENSMUST00000107398 1635 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Pno1-201ENSMUST00000020317 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
ShhQ62226 Nptx1-201ENSMUST00000026670 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.4 ms