Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Cnot11-201ENSMUST00000003219 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Trim3Q9R1R2 Golga7-201ENSMUST00000051094 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Trim3Q9R1R2 Pcdhac2-201ENSMUST00000047479 5888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
Trim3Q9R1R2 Nfix-204ENSMUST00000109764 5476 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
Trim3Q9R1R2 Cd37-209ENSMUST00000211373 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Unc50-201ENSMUST00000027285 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Snx20-201ENSMUST00000034087 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 S100a6-201ENSMUST00000001051 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Oxld1-201ENSMUST00000044007 813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Eif2b4-201ENSMUST00000077693 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Rbm43-201ENSMUST00000102767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Pgam5-202ENSMUST00000112505 2098 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Socs6-203ENSMUST00000125362 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Krt4-201ENSMUST00000023797 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Mdfi-201ENSMUST00000035375 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Gm38534-201ENSMUST00000206566 1909 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Tada2b-201ENSMUST00000031097 3791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Pcnx-204ENSMUST00000221721 8318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Uhmk1-201ENSMUST00000027979 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Scn1b-203ENSMUST00000211945 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Ube2q2-201ENSMUST00000059555 3456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Fbxo44-201ENSMUST00000057907 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 A830035A12Rik-201ENSMUST00000147445 861 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Ccdc85b-201ENSMUST00000179549 609 ntAPPRIS P1 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Krtcap3-205ENSMUST00000201625 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Gm44238-201ENSMUST00000203300 353 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Arl10-201ENSMUST00000026988 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Tceanc2-201ENSMUST00000030362 935 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Leng1-201ENSMUST00000019878 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Prmt3-201ENSMUST00000032715 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Tmem214-202ENSMUST00000201203 6110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Gls-204ENSMUST00000114513 4966 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Ptprf-201ENSMUST00000049074 7656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Dach1-202ENSMUST00000071533 5219 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Asap2-204ENSMUST00000101562 5552 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Scrib-201ENSMUST00000002603 5599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Sigmar1-202ENSMUST00000071561 1547 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Smarca4-201ENSMUST00000034707 6354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Grk6-206ENSMUST00000224995 2971 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Tmem127-201ENSMUST00000035871 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Tmem131-208ENSMUST00000194563 6698 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Tmem203-201ENSMUST00000104998 854 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Gm15155-201ENSMUST00000112542 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Gm12216-203ENSMUST00000121435 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Smim1-209ENSMUST00000145527 562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Gm6420-201ENSMUST00000193885 723 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Gm42555-201ENSMUST00000199304 1039 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Gm30085-201ENSMUST00000209694 594 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Pts-208ENSMUST00000215416 439 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Gucd1-211ENSMUST00000219774 806 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 6230400D17Rik-202ENSMUST00000224976 1019 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Dkk4-201ENSMUST00000033936 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Arx-201ENSMUST00000046565 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Fam46a-202ENSMUST00000187711 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Igsf8-202ENSMUST00000085912 2182 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Mex3a-201ENSMUST00000172699 5778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Mzt1-201ENSMUST00000042662 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Nol7-201ENSMUST00000071926 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Mael-201ENSMUST00000038782 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Pacsin3-203ENSMUST00000111349 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Cct4-201ENSMUST00000020562 1634 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Kdm2a-202ENSMUST00000075856 7242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Miga1-201ENSMUST00000068243 2689 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Spata2l-202ENSMUST00000166768 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 C230062I16Rik-202ENSMUST00000207746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Ndufa5-201ENSMUST00000023851 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Vax2-201ENSMUST00000037807 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Pop5-201ENSMUST00000081497 1025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Hes3-201ENSMUST00000094438 1829 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Zfp804a-201ENSMUST00000047527 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Gm3020-202ENSMUST00000167430 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Gm10409-201ENSMUST00000170123 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Galnt1-206ENSMUST00000170243 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Mrm1-201ENSMUST00000018549 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Pgrmc2-201ENSMUST00000058578 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Phf20l1-201ENSMUST00000048188 6670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Nrm-201ENSMUST00000074259 1466 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Esrrb-201ENSMUST00000021680 2136 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Gpr137-203ENSMUST00000099776 1569 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Schip1-201ENSMUST00000029346 2201 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Atp9a-211ENSMUST00000178504 3668 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Ahcyl2-202ENSMUST00000102995 5155 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Runx1-203ENSMUST00000168195 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Hsp25-ps1-201ENSMUST00000109187 630 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Foxi3-202ENSMUST00000163089 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Foxi3-201ENSMUST00000069634 1206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 C1qtnf12-201ENSMUST00000024338 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Rcc1-201ENSMUST00000030726 2278 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Sbf1-201ENSMUST00000123791 6190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Ube2d2a-201ENSMUST00000167406 2393 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Cdo1-201ENSMUST00000035804 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Atp2c1-204ENSMUST00000112558 5642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Gm45606-201ENSMUST00000209836 2795 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Tcf7-202ENSMUST00000109071 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Nudt10-201ENSMUST00000103006 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Sdc3-201ENSMUST00000070478 4973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Aebp2-202ENSMUST00000087614 3727 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Mink1-201ENSMUST00000072237 4994 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Mrpl52-201ENSMUST00000010550 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trim3Q9R1R2 Nespas-201ENSMUST00000143738 1083 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37.2 ms