Protein–RNA interactions for Protein: P59114

Pcif1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 706 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Pcif1P59114 Gm45472-201ENSMUST00000211295 1426 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Npdc1-201ENSMUST00000055921 1412 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Plk3-201ENSMUST00000076859 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Krcc1-203ENSMUST00000204436 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Scarb1-201ENSMUST00000086075 2521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Gnb2-204ENSMUST00000111027 1610 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Anks1b-225ENSMUST00000182966 1625 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Rusc2-201ENSMUST00000035645 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Gm2399-201ENSMUST00000104944 225 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Trim58-201ENSMUST00000075084 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Pxk-201ENSMUST00000036682 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Nlgn2-201ENSMUST00000056484 5003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Shc2-201ENSMUST00000020564 3243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Xkr6-201ENSMUST00000119973 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Cacul1-203ENSMUST00000166712 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Azi2-207ENSMUST00000134433 2499 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Rrp9-201ENSMUST00000047721 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Zfp382-201ENSMUST00000098596 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Tsc22d1-214ENSMUST00000177207 1476 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Itsn2-201ENSMUST00000062580 5987 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Eva1a-201ENSMUST00000042974 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Gfer-201ENSMUST00000046839 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Bmp8a-202ENSMUST00000102641 1917 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Iscu-202ENSMUST00000112311 1395 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Hist1h4c-201ENSMUST00000102967 820 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Gm6270-201ENSMUST00000132731 559 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Alcam-206ENSMUST00000168071 878 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Gm45906-201ENSMUST00000208911 1430 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Olig2-201ENSMUST00000035608 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Ppp1r3g-203ENSMUST00000225537 2389 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 A630072M18Rik-201ENSMUST00000190567 5410 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Mrpl9-202ENSMUST00000196143 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 4930471E19Rik-201ENSMUST00000219022 1514 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Paics-203ENSMUST00000120912 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Tcf7l1-202ENSMUST00000114053 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Fgfr1-215ENSMUST00000179592 5041 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Dio3-201ENSMUST00000097228 1449 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Cnot11-201ENSMUST00000003219 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Arl2bp-202ENSMUST00000109527 1133 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Gm11527-201ENSMUST00000153795 596 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Gm42882-201ENSMUST00000201788 506 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Cck-204ENSMUST00000216138 799 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 D130020L05Rik-202ENSMUST00000220889 769 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Nrn1l-201ENSMUST00000060167 617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Pgf-204ENSMUST00000223220 2080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Crtap-201ENSMUST00000084881 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Upf1-201ENSMUST00000075666 4618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Baz1a-201ENSMUST00000038926 6188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 4931413I07Rik-201ENSMUST00000173637 764 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Pard3-219ENSMUST00000162309 5659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Chtop-204ENSMUST00000107342 2411 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Rxra-201ENSMUST00000077257 4905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Arx-201ENSMUST00000046565 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Tmem102-201ENSMUST00000051025 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Bhlhe22-201ENSMUST00000026120 3344 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Tmem145-202ENSMUST00000119703 1781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Fstl3-201ENSMUST00000020575 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Znrf1-205ENSMUST00000172856 4600 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Marcks-201ENSMUST00000092584 4048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Nipa2-202ENSMUST00000117812 3039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Tpbgl-201ENSMUST00000178124 3022 ntAPPRIS P1 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Hpca-202ENSMUST00000095807 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Znhit6-201ENSMUST00000098534 2339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Selenos-201ENSMUST00000101801 1191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Dnajc19-204ENSMUST00000120805 551 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Gm15847-201ENSMUST00000121417 1065 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 2700033N17Rik-201ENSMUST00000140185 721 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 B230208B08Rik-201ENSMUST00000173049 404 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 AC135637.1-201ENSMUST00000227750 365 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Ckm-201ENSMUST00000003643 1235 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Dnajb2-201ENSMUST00000055223 1199 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Mtmr9-201ENSMUST00000058679 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Traf3-203ENSMUST00000117269 6972 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Dapk1-207ENSMUST00000226059 5009 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Taf4b-201ENSMUST00000169862 5149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Pcif1P59114 Trmt11-201ENSMUST00000019927 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Gm11769-201ENSMUST00000140273 1657 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Tfdp2-209ENSMUST00000188750 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Scaf11-201ENSMUST00000047835 5766 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Aup1-201ENSMUST00000092618 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Trmt13-210ENSMUST00000198454 880 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Elof1-204ENSMUST00000214394 567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Hsbp1-201ENSMUST00000034300 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Zfp746-203ENSMUST00000203609 3648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Fam117b-201ENSMUST00000036540 5532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Nlgn2-202ENSMUST00000108634 5568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Gatad2a-202ENSMUST00000116463 3363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Vstm2b-203ENSMUST00000205845 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Rpl38-202ENSMUST00000082092 345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Cacul1-202ENSMUST00000111460 5561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 S1pr4-201ENSMUST00000053646 2386 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 AL591207.1-203ENSMUST00000222401 1380 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Ergic3-201ENSMUST00000006035 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Gm9194-201ENSMUST00000220749 1447 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 C430049E01Rik-201ENSMUST00000207913 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Dennd2a-201ENSMUST00000036877 4468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Rps14-202ENSMUST00000118551 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Wnt10b-205ENSMUST00000226846 1204 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Cdk11b-202ENSMUST00000105598 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Pcif1P59114 Gm16054-201ENSMUST00000139469 1819 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.4 ms